ロミオは、アウレットの大切なフロッシー・フラッシュの人形を改造して、発明品にしてしまう。その人形から出るビームによって、キャットボーイとゲッコーが人形にされてしまった！元に戻すには、フロッシー・フラッシュの人形を壊すしかない。アウレットは友達を守るため、自分の大切な人形を壊す決心できるかな…！？

アルマジランを捕まえたロミオは、アルマジランのパワーを「破滅の吸い取り機」を使ってラボに移し無敵のラボを作ろうとする。パワーアップしたラボはとても強く、力任せではとても敵わない！みんなで力を合わせて戦えるかな！？

隕石が街を破壊するのを阻止したアルマジランは、基地の中までついてきて、このまま仲間になると言い始めた。ゲッコーがそれを否定すると、怒ったアルマジランは街を壊しはじめてしまい…！？

何者かがライオネルを盗もうとした！パジャマスクは、犯人はオオカミサウルスを作ろうとしているオオカミ団の仕業だと決めつけてしまって、正しい判断ができない。ターゲットをライオネルから変更した真犯人のロミオは、まんまと博物館から恐竜の骨を盗み出し…！？

風の強い冬の日にオオカミ団の仕掛けた攻撃は、風を扱うのが得意なアウレットに、阻止されてしまう。リップはアウレットの羽を使って飛び、より強い攻撃をすることを思いつく。自ら危険を犯したくないリップは、ハウラーとケビンに空を飛ばせる。けれど、これが思わぬ事態を招いてしまい…！？

オオカミ団のケビンは、グレッグと意気投合。悪いことをしなくても楽しく遊べることに気づき、良いオオカミになろうとする。けれど、それをよく思わないリップとハウラーに、オオカミ団から追い出されてしまい…！？

オオカミ団は、パジャマスクの基地の中に入って、パジャロボをペット扱いしたり、やりたい放題！ついには基地を発射すれば月にも行けることに気がついてしまう。それを止めるためにパジャマスクは、基地を守るかパジャロボを守るかのどちらかを選択しなければいけなくなってしまい…！？

博物館から盗み出した大きな望遠鏡を使って「ルナ・ポータル」を作り、月へ行こうとしていたルナ・ガール。止めに入ったパジャマスクだけど、アウレットが間違えて望遠鏡を壊してしまった！自分の失敗を言い出せないアウレットは、ルナ・ガールのせいだと嘘をついてしまい…！？

パジャマスクのクリスタルをエネルギー源にする水草を奪って、悪巧みをしているロミオ。ロミオの発明した「水草パワーツール」で動けなくなったキャットボーイとアウレットに変わり、水中が得意なゲッコーは、一人でロミオに立ち向かう！

ナイトニンジャがアルマジランに、本屋からフロッシー・フラッシュの新刊を全て盗んだのはパジャマスクだと信じ込ませて、パジャマスクの基地に巨大な自分の像を建てるのを手伝わせようとしている…！悪巧みに気づいたパジャマスクとアルマジランは、力を合わせてナイトニンジャを倒すことができるかな！？