町を走るラボからロベットが転がり落ちた。様子を見に来たアルマジランに、ロベットは友達になりたいと言う。何でも命令を聞くロベットを最高の相棒だと大喜びするアルマジランだったが・・・。

アウレットとゲッコーを助けるために月の城へ行こうとするキャットボーイ。しかし上手くいかず、宇宙空間に放り出されてしまった。そんな時パジャロボが助けに来てくれた！月の大事件は無事に解決できるかな！？

月のクリスタルを手に入れて、次々と町から物を盗むルナ・ガールを止めるために、二手に別れるパジャマスク。しかし、月の城に忍び込んだアウレットとゲッコーはルナ・ガールに捕まってしまい・・・。

盗んだお菓子を山分けするところで悪者たちが揉めている間に、パジャマスクはお菓子を取り返した。誰が一番活躍したかで揉めていた悪者たちをみて、ヒーローとして大切なことに気がついたゲッコー。みんなで楽しいハロウィーンを過ごすことができるかな！？

ハロウィーンの仮装をした子供たちからお菓子を盗もうとするルナ・ガール、ナイトニンジャ、オオカミ団から子供たちを守らないといけないパジャマスク。けれど、悪者たちがお互いに協力しているのに気づかずに、油断してしまったパジャマスクは、子供たちを危険な目に合わせることに…！

パジャマスクにいつも負けてばかりのロミオ、ルナ・ガール、ナイトニンジャの3人は、手を組んで、盗んだ月の石でラボのパワーを満タンにして、パジャマスクたちを捕まえた！けれど、ヒーローになると決めたアルマジランがパジャマスクたちを助けにきてくれて…！？

ロミオのロボットが浴びせた「さかさまビーム」によって、正反対の性格になってしまったキャットボーイとアウレット。いつも仲間の二人と戦わなければいけなくなったゲッコーは、大苦戦…！

パジャマスクの基地からクリスタルのパワーを盗み出したロミオは、そのパワーを使って遊園地のゲームを乗っ取り、ロミオに騙されて遊園地に集まった悪者たちを攻撃する。パジャマスクも罠にかかって苦戦するけれど、悪者たちと手を組んで、ロミオに立ち向かう！

キャットボーイは、ゲッコーに一人で謎の山へニンジャリーノを追いかけるように作戦を伝えたけれど、ゲッコーは自分の任務は重要じゃないと思って、途中で勝手に町へ戻ろうとしてしまう。だけどその後、山にナイトニンジャの飛行機が現れて大ピンチ…！

ドラゴンのドラを、真夜中の鐘が鳴り終わる時に特別なバチで叩くと、中からドラゴンが現れ、バチの持ち主に従うと言う。博物館からドラゴンのドラとバチを盗み出したナイトニンジャは、本物のドラゴンを目覚めさせて、自分に従わせ始めた。パジャマスクはドラゴンを自由にするためにナイトニンジャに立ち向かう！