博物館からドラゴンのどらが盗まれた。ナイトニンジャの仕業だ。どらのドラゴンを呼び出して、謎の山の塔に隠された山の秘密を盗み、史上最強のニンジャになろうと企んでいるのだ。止めようとするパジャマスクだが、ナイトニンジャに操られたドラゴンに吹き飛ばされてしまう。そんな時、ひとりの少女が現れて・・・。

蛾が出て行き、独りぼっちになってしまったと泣くルナ・ガール。かわいそうに思ったアウレットはルナ・ガールと友達になり、基地で楽しくおしゃべりをする。しかし、全て基地を奪おうとするルナ・ガールの企みで、パジャマスクは追い出されてしまう。そんな時、基地に小惑星がぶつかってしまい・・・。

ライオネルが突然、すごいパワーを身につけた。離れた場所から物を動かす念動力だ。大喜びのゲッコーはライオネルもパジャマスクの一員にしようと、訓練を始める。しかしそれは、謎の山から噴き出したベタベタ・ネチョスペシャルを偶然食べたことで得られたパワーで、そのことを知ったナイトニンジャは、パジャマスクを捕まえようと、ライオネルを操り・・・。

ロミオがよく弾むボールで町を攻撃し始めた。コナーが蹴り返したボールがロボットに当たり、ロボットが壊れてしまう。「ただのロボットだし」と、ロミオを追いかけることを優先するパジャマスク。しかし、その言葉を聞いたパジャロボはショックを受けて基地から出て行ってしまう・・・。

様子がおかしい先生を探るパジャマスク。ナイトニンジャと一緒に行動しているところを見つけて追いかけるが、謎の山の牢屋に閉じ込められてしまう。実は全部ナイトニンジャの罠だったのだ！パジャマスクは先生を元に戻すことはできるかな！？

機械を故障させる虫型の小型装置を発明し、町にばらまき始めたロミオ。アマヤのアウル・グライダーもその装置にやられて壊れてしまう。ロミオに仕返しがしたいアウレットは、同じ被害にあっているルナ・ガールと手を結ぶ。

宇宙に謎の彗星が現れた。その彗星はパジャマスクの基地にパワーを送っているらしい。彗星を調べるため、基地の宇宙船に乗って出発するパジャマスク。しかし、その彗星はロミオの罠で・・・。

新型ベタベタ手裏剣にケビンの毛がついてしまったため、オオカミニンジャに変身してしまったニンジャリーノ。仲間が増えて大喜びのオオカミ団は、縄張りを広げようと謎の山に向かった。その様子を見たナイトニンジャとパジャマスクの三人も慌てて後を追うが・・・。

ハウラーが完全なオオカミになったと勘違いして、その方法を聞き出そうと犬のラッフルズを追いかけ回すリップとケビン。その様子を見たパジャマスクはラッフルズを助けようと出動するが、その先にはルナ・ガールがいて・・・。

ナイトニンジャたちに攻撃されて怒ったアルマジランが暴れて公園の遊具が壊れている。アルマジランを落ち着かせるために山へ一緒に行くキャットボーイ。しかし、そこでもナイトニンジャたちが来てアルマジランを怒らせてしまい・・・。