ポケットモンスター

サトシたちを乗せてクチバシティの港を出港したサントアンヌ号。船上パーティーはやはりロケット団の陰謀であった。そのドタバタの最中、いつのまにか湾外に出たサントアンヌ号は嵐に遭難。乗客、乗員は救命ボートで脱出したが、サトシ、ピカチュウ、カスミ、タケシ、そしてロケット団のムサシ、コジロウ、ニャースは船内に取り残され船は沈没してしまう。
サトシたちとロケット団の決死の脱出劇がはじまる。

海上で竜の怒りの竜巻に吹き飛ばされたサトシ、カスミ、タケシとロケット団たち。サトシは竜巻の中でピカチュウとヒトカゲ、ゼニガメ、フシギダネが入ったモンスターボールを失ってしまう。そしてサトシたち3人、ピカチュウ、ヒトカゲ、ゼニガメ、フシギダネの4匹、ロケット団2人はそれぞれある島の別々の海岸に打ち上げられる。
かくして主人たちとポケモンたちはお互いに探そうとするが、なにやら妙な島。巨大ポケモンがたくさん棲息していそう。いったいこの島はどこなのか？

サトシたちは本土へ戻れる連絡船が出ているハトバーポートにやってきた。そこにはアオプリコにいたオババの従兄弟オババがいた。地元のオババは成金で、美しい湾の珊瑚礁地帯に巨大な豪華ホテルの建設をして一大リゾート地にしようとしていた。
しかし、そこはタッツーやメノクラゲなどの海のポケモンたちにとって大切な珊瑚礁地帯だった。メノクラゲの大群はオババのホテル建設を妨害する。オババと海パン少年軍団はメノクラゲ撃退のキャンペーンを張る。メノクラゲの大群を退治した人には賞金100万円が送られるというものだ。当然、ロケット団のムサシとコジロウも乱入。ロケット団がクラゲ退治用に海に撒いた三杯酢は逆にメノクラゲを巨大なドククラゲにしてしまった。
巨大ドククラゲの人間たちへの大逆襲が始まる。

サトシたちはヤマブキシティを目指してアオプルコ島を離れてようやくある湊町にたどり着く。港は夏祭の真っ最中だった。サトシたち一行は旅の疲れを癒すため、ロケット団のムサシとコジロウは小銭を稼ぐため夏祭に参加する。
タケシとコジロウは、祭りの日に開帳されるある神社の秘宝絵巻に魅入ってしまう。それは岬にある“乙女が岩”の言い伝えにまつわる美少女の絵だった。神主の説明によると、その絵は2000年前に戦場に捕らえられた恋人を待ち尽くして岩になって死んだ乙女だという。そして、毎年この季節になると、その乙女の幽霊が男の旅人の精気を奪うという。
タケシとコジロウもその幽霊にとりつかれてしまう。果たして幽霊の狙いは何か？そしてその正体は･･･？

ヤマブキシティを目指して旅するサトシたちは断崖絶壁が続く道に出た。一行がそこに見た物は海の上で群れをなして飛ぶバタフリー。ポケモンブリーダーのタケシ日く、バタフリーの産卵の季節なのだ。バタフリーはこの季節になると子孫繁栄のため相手を見つけて海を渡るのだ。
サトシは自分のバタフリーを取り出して群れへと向かわせた。サトシのバタフリーはピンク色したバタフリーに求愛のダンスを贈るが、どうやらふられた様子。サトシ、カスミ、タケシはふられたバタフリーを励ますが、バタフリーはショックで立ち直れない。
そこへロケット団がバタフリーの大群を乱獲しに現われた。サトシのバタフリーがお気に入りのピンクバタフリーもロケット団に捕獲されてしまう。バタフリーは救出するためロケット団に立ち向かう。果たしてバタフリーはピンクバタフリーをゲットできるか…？