廃棄データに飲まれたビーナと対峙する全シンカリオン。総力をあげ、敵の猛攻を凌いでいく。「シンカリオンSRG」に合体し、アカネ・リョータと共に、ビーナに立ち向かうタイセイだったが、ダメージを受けてもすぐに再生する敵に、厳しい戦いを強いられる。そこに、レイジの乗る「カオスシンカリオン」が現れて……。

ビーナがアンノウンを出現させていたことがわかり、ERDAはビーナを排除対象と宣言。
タイセイとイナは、メタバース内での痕跡を追い、ビーナの意識が廃棄データに取り込まれていたことを知る。ビーナの意識を取り戻そうとするタイセイだったが、「廃棄データを救いたい」というビーナの想いを知り……。

メタバース内の廃校で、ビーナの姿を目撃したタイセイ。アンノウンを出現させていたのはビーナの可能性があるということにショックを受ける。
そんな中、イナがビーナのアクセスログを発見。そこは、タイセイのメタバースの駅だった。すぐにビーナを探しに行くタイセイだったが、目の前に現れたビーナの様子は、どこかおかしくて……。

ビーナが姿を消して２週間が経ち、タイセイとイナは行方を追っていた。
一方リョータは、療養中のレイジを訪ね弟子入りを志願。しかしレイジには断られてしまい、ERDAは縮小されることになったと聞かされる。
後日、ERDA縮小に伴い「指令員と運転士は解散」と正式に通達されるが、リョータだけは受け入れることができず……。

突如ガンマから鉄道部のメタバースに招集された運転士たち。「地元の新幹線とシンカリオン」についてプレゼン対決することになり、何とか魅力を伝えようとするタイセイ達だったが……。
個性あふれるプレゼンを通して、新幹線やシンカリオンの魅力を改めてお届けする特別編。

「カオスシンカリオン」との戦いで激しく消耗し、医務室で眠るタイセイ。目を覚ますとその隣には、意識はメタバース空間に残されたまま、眠るレイジの姿があった。
一方メタバース内に残されたレイジは、テンダーにこれまでERDAを攻撃してきた真の目的を問いただす。自身の過去を語り始めるテンダー。そこで明かされたこととは……。

突如現れた「カオスシンカリオン」の攻撃に、苦戦を強いられる「シンカリオンSRG」。「E５はやぶさ」と「グレートドクターイエロー」も駆けつけ、激しいバトルが繰り広げられる。
互いに譲れない想いがあるタイセイとレイジ。戦いはさらなる激しさを増していく。
一方イナは、内側から「カオスシンカリオン」を破壊すべく、テンダーのいるメタバースへとアクセスするが…。

アンノウンとの戦いで、負傷してしまったアカネ。タイセイは自分を責めるが、アカネとリョータは「納得いくまで考えればいい」「俺たちはお前を待っている」と言う。「何かを守れるカッコイイ人」になりたいと思い続けてきたが、その「何か」とは何なのか、自問自答するタイセイ。
様々な人たちの想いを胸に、タイセイが導き出す答えとは……。

タイセイ達が持ち帰ってきた情報により、過去の事故が原因で、レイジの意識が7年間メタバースに取り残されていたことが発覚する。
直後、本部長の浜が車に乗りERDAから逃走。レイジの事故について何か知っていると踏んだイナと高輪は、浜を追う。
浜がやってきたのはとある山奥のセーフハウス。そこで２人が目撃したものは……。

「ドクターイエロー」との戦いで、苦戦を強いられたレイジ。テンダーは、「ハーデスシンカリオン」のアップデートと、タイセイたちの戦意を削ぐ作戦に出る。
一方ERDAでは、シンカリオンの運転士がメタバースで戦闘訓練を行っていた。　訓練を終え、皆が次々にログアウトしていく中、タイセイ・リョータ・アカネ・モリトはエラーにより、メタバース空間に閉じ込められてしまう。そんな彼らの前に現れたのは……。