正式に鉄道部の一員となったタイセイは、高輪にERDA（エルダ）を案内してもらい、シンカリオンが開発された理由、そして行方不明の姉・イナがかつてシンカリオンの開発に関わっていたことを知る。
そんな中、アンノウンが今度はリョータの故郷、敦賀に出現。故郷を自身の手で守りたいリョータだが、彼の適性値は足りておらず……。

「シンカリオン Ｅ５はやぶさ」に乗り、初めての戦いにのぞむタイセイ。慣れない運転に苦戦を強いられるも、高輪の指示でビークル合体を果たし、なんとかアンノウンの撃破に成功する。
しかし、幼い頃、イナと一緒にＥ５系の陸送を見学した思い出の歩道橋を守ることができなかったと、タイセイは責任を感じてしまい……。

鉄道好きの中学2年生・大成タイセイは、行方不明の姉、イナの手がかりを求めて進開学園へと転入する。
九頭竜リョータ、青梅マイと出会い、2人が所属する鉄道部で 心を躍らせている矢先、街には10年ぶりにアンノウンが出現。
偶然にもタイセイがシンカリオン運転士として高い適性値を持つことが判明し、闘う決断を迫られることとなる。