カイとスズを故郷の伊王島に送るため、高速船に乗るツクモとタイセイたち。
突如現れたアンノウンと対峙し、エルダフェリーとのビークル合体を成功させる「シンカリオン Ｎ７００Ｓかもめ」だったが、海上での戦いに苦戦を強いられる。タイセイたちがツクモに理由を聞くと、海に対してどうやらトラウマを抱えているようで……。

九州の小倉駅にやってきたタイセイたちを待っていたのは、「シンカリオン Ｎ７００Ｓかもめ」の運転士・海風ツクモだった。早速、模擬訓練を開始するタイセイたち。だが、訓練の最中、ツクモのビークル合体は失敗してしまう。
原因は、ツクモではなく、新人オペレーターである香月と足立だった。そんな2人の教育係に任命されたのは、大宮指令室の落合で……。

タイセイはメタバースで「デルタ」と名乗る人物と出会い、デルタの友達であるリニア・鉄道館の宣伝AI、イドを紹介される。
デルタは、自分のメタバース内に理想の鉄道を作っているタイセイにとって、憧れの人物だった。
同日夜、鉄道部のメンバーは夏祭りを訪れていた。屋台を楽しむ運転士たちだが、タイセイはカタヌキがうまくできず苦戦。そんな中、またしてもアンノウンが襲来し……。

突如襲い来るアンノウンとシンカリオンとの飽くなき戦い！日本の平和と安全を懸けた激闘の数々！たとえ苦戦を強いられても決して屈せず立ち上がり続けたシンカリオンの数多の雄姿をもう一度！福澤朗アナウンサーの実況と共に、これまでの戦いを振り返る特別編。

いまだタイセイ・リョータとSRG値を揃えることが出来ないアカネ。その理由に思い悩んでいたとき、カケルから正式に陸上部に来てほしいと頼まれる。その様子を陰で見ていたタイセイとリョータがアカネ送り出すことを決意したとき、再びハーデスシンカリオンが現れる。ERDAに居合わせたガンマ、テン、シオンがすぐに応戦するが……。

1人SRG値が揃わないアカネが自責の念に駆られる一方で、タイセイとリョータも陸上部に行く回数が増えているアカネを心配していた。　
さらに、アカネの心が陸上に傾きつつあるような発言を聞き、3人の関係性はギクシャクするようになってしまう。そんな中、突如現れた謎の敵――「ハーデスシンカリオン」。その圧倒的な強さにタイセイたちは苦戦を強いられ、頼みの綱である3両合体を試みるが……。

晴れて運転士となったガンマが鉄道部に入部。鉄道部ではお昼ごはんを一緒に食べることになっていると聞き、ガンマは部室にやってくるが、そこにアカネの姿はなかった。
一方ERDAでは、イナが「Ｅ５はやぶさ」「Ｅ６こまち」「Ｅ７かがやき」で行う3両合体「SRGシステム」を開発。成功の条件は、3人の「SRG値」の一致だという。そこで、早速シミュレーションを行う三人だったが……。

高輪は「シンカリオン Ｅ８つばさ」の運転士候補だとわかったガンマを迎え入れようとするが、きっぱりと断わられてしまう。
一方、部活動存続の危機に瀕する鉄道部。存続させるために、生徒会長であるガンマの説得を試みるタイセイ達に対し、ガンマは「守りたいなら、それ相応の力を付けるべきだ」と言い放つ。この言葉には、彼のとある過去が関係しているようで……。

意識を取り戻したイナに対し、取り調べを行うERDA。
高輪は、「ファントムシンカリオン」を回収していった者こそがイナを洗脳していたと推測する。
一方進開学園では、鉄道部が廃部になるかもしれないと告げられ、タイセイたちに激震が走っていた。
その矢先、高輪の元に「シンカリオン Ｅ８つばさ」の運転士候補が見つかったとの知らせが入り……。

「どうしてこんなことになっちゃったんだろう…私は、一体どこでなにを…」
ファントムシンカリオンの運転士として、タイセイ達の前に立ちはだかったイナ。タイセイ達との戦いの裏で、イナは何をしていたのか……。
イナの視点からこれまでを振り返る特別編。