モリトが撃破したアンノウンの正体は、イドだった。悲しみに暮れ、自分を責めるモリト。シンカリオンに乗るべきじゃなかったという激しい後悔が、彼を襲う。
一方イナは、何があったのかを調べるためイドの部屋に向かい、イドがモリトへ遺した最期のメッセージを見つける。
そんな中、大宮には「ハーデスシンカリオン」が現れ……。

モリトを傷つけてしまったと反省するタイセイたちは、名古屋へ向かう。
もう会いたくないと言うモリトに、タイセイは渡したいものがあると1台のスマホを差し出す。それは、イナが開発したイドの部屋にだけ通じる特別なスマホだった。
初めて外に出たことを喜び、興味津々なイド。タイセイとモリトはビーナの後押しもあり、イドと一緒に鉄道見学に向かうが、使われなくなった車両を見たイドの言葉にモリトは反発してしまい……。

黒いシンカリオンの運転士が、かつて「シンカリオン ０」に乗っていた工部レイジだと聞かされ、驚愕するタイセイたち。高輪率いる ERDA は引き続き、レイジへ警戒態勢を取ることに。
高輪は、敵への新たなる対抗手段として「シンカリオン ドクターイエロー」が完成したことを運転士に告げる。果たしてその運転士候補は……。

TVアニメ『シンカリオン チェンジ ザ ワールド』はどのように生み出されているのか？
大成タイセイ役・石橋陽彩が、アニメ制作現場に初潜入！
ナビゲーターはナビゲートAIのビーナが務める。
アニメ制作の裏側をお届けする特別編。

「シンカリオン ０」の運転士としての初陣を勝利で飾ったレイジ。ERDAに戻ると、セキュリティを突破して指令室に侵入したイナがいた。本部長である鍋島チクゴに憧れていると語るイナ。彼女も半ば押しかけるような形でERDA所属となり、2人のERDAでの日々が始まる。
少しずつ絆を深め、ERDAでも存在感を増していく2人だったが、ある日、レイジはどこか様子のおかしい鍋島に遭遇し……。

進開学園中等部入学式の日に出会ったイナとレイジ。２人の担任となった高輪は教師として働きながら、「シンカリオン ０」の運転士としてアンノウンと戦う日々を送っていた。
適性値が下がりつつある彼は、機体と自分の体が限界に近づいていることを自覚しており、そんな時、新たな運転士候補が見つかるが……。

「シンカリオンに乗る」という夢を叶えたヤマト。そんな彼は、『全国高校ロボットコンテスト』優勝というもう一つの大きな夢を叶えることを決意する。
ヤマトの夢を応援するタイセイたちは、部活の手伝いや、シンカリオンの訓練に付き合うことに。そしていよいよロボットコンテスト当日を迎えるが、そこにアンノウン出現の報せが入って……。

京都にアンノウンが出現。タイセイたちは応援のため、ERDA京都指令室へ向かう。
京都駅に着いたタイセイたちを待っていたのは、「シンカリオン ５００こだま」の運転士候補生・西大路ヤマトだった。見た目はいかついが、心優しいヤマト。夢中になれるものがあり、仲間にも慕われる彼の適性値がなぜ足りないのか、不思議に思うタイセイだったが……。

リニア・鉄道館の新しいメタバースと互換性がないという理由で、一ヶ月後にイドが利用停止となることが決まってしまう。
デルタはイドを守るため、専用のメタバースの構築を決意し、その手伝いを、タイセイに相談するのだった。
一方イナは、かつての仲間・工部レイジのお墓を訪れ……。

進開学園では文化祭が開催され、タイセイたちのクラスは喫茶店をすることに。リョータの料理とアカネのカフェ店員姿で、人気投票一位に与えられる称号「SOP賞」を狙う。
文化祭当日、突如アンノウンが出現。リョータとアカネがクラスから離れられない中、遊びに来ていたテン、シオンとともに戦うタイセイは、イナのアイデアで、あるエルダビークルを借りることに……。