モクバと遊戯、城之内の３人に、孔雀舞がパーティに加わった。捕らえられた海馬の情報を求めて旅を続ける一行。生け贄と間違われてモクバが魔物にさらわれる。

海馬瀬人は会社に戻り、ビッグ5と対決。彼らが作ったアドベンチャーゲームを評価するため、バーチャル世界に入った海馬は罠に捕らえられてしまう。モクバは遊戯たちに助けを求める。

少女・レベッカは双六の友人の孫娘だった。ブルーアイズを奪われたと信じ込んでいたのだ。遊戯はレベッカに勝ちを譲る。そこに彼女の祖父が現れ、誤解を解く。新たな友情に結ばれる遊戯とレベッカ。

王国から帰還した遊戯たちは、魂を取り戻した双六を囲んで喜ぶ。そこに少女が現れ、「ブルーアイズを返せ」と双六に迫る。双六のかわりにデュエルを受ける遊戯。

ペガサスを探す遊戯たち。しかし､闇の獏良がペガサスの千年眼を先に奪い取ってしまった。ペガサスの日記を見つけて、一行は秘密を知る。遊戯は闇の力により謎の男シャーディーと邂逅する。

杏子たちの願いが遊戯に届き、ペガサスのマインドスキャンを封じることができた。遊戯はマジシャン･オブ･ブラックカオスを召喚、ペガサスを打ち倒す。ショックのペガサスは消えてしまった。

本田は獏良の力の源・千年リングを棄て、モクバの救出にも成功。しかし、闇の魔力の前に表遊戯が力尽き倒れてしまった。絶体絶命の遊戯。杏子たちは闇の中の遊戯を必死で応援する。

ペガサスの攻撃がはずれた！マインドスキャンの効果を消すために、ふたりの遊戯がマインドシャッフルをしていたのだ！トゥーンワールドを粉砕されたペガサスは、闇のゲームへと遊戯を引きずり込む。

ミレニアムアイの力によって戦略を見透かされている遊戯にはなすすべがない。ペガサスのトゥーンワールドの前に戦意を喪失する。一方、本田は獏良がみせる闇の力に驚愕する。

双六の魂を取り戻すため、海馬とモクバを救うため、そして城之内の妹の手術代のため、遂に遊戯とペガサスのデュエル開始。本田と獏良は海馬兄弟を救い出すため城に潜入する。