舞が、闇を操るプレイヤーキラーに襲われ、スターチップを失ってしまった。遊戯が立ち向かうが、特殊なデュエルリングでの卑怯な決闘に引きずり込まれてしまう。

千年リングの闇の力で遊戯たちはカードに封じ込まれてしまう。それはデュエルでの死が現実の死につながる闇のデュエルだった。

レアカード・時の魔術師の力で城之内が竜崎を下す。その夜、舞とひとときの休息を取る一行。そこに現れたのは、なんとクラスメイトの獏良だった。

舞のしもべとなった竜崎と城之内のデュエル。準優勝者竜崎の恐竜デッキに歯が立たない城之内を救ったのは、本田からもらったカードだった。

ペガサスの陰謀を知った海馬は、コンピュータネットで遊戯のデュエルに介入しようとしたが、ペガサスに阻まれる。海馬のカードの前に遊戯は絶体絶命の危機！

ペガサスから刺客・物真似師が差し向けられた。海馬の姿と声に遊戯は動揺する。そして海馬の青眼の白龍が遊戯に襲い掛かる。

海馬の弟・モクバが現れた。彼は参加デュエリストから盗んだデッキで遊戯に挑戦する。遊戯たちは海馬コーポレーションを乗っ取ろうと企むペガサスの陰謀を知る。

遊戯たちの前に現れた梶木漁太は海のデッキを操るデュエリスト。海フィールドでの決闘は圧倒的に遊戯が不利だった！追いつめられた遊戯に逆転の秘策はあるか!?

孔雀舞が現れ、デュエルの相手に城之内を指名。伏せたままでカードがわかる舞に城之内は苦戦する。しかし、失明寸前の妹のため城之内は負けられない!

羽蛾の必勝コンボ・グレートモスが炸裂！遊戯は劣勢を跳ね返せるか!?勝利を手にすることができるのか!?