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ゴーハ社の前でルークたちに出会ったハントは、取材でゴーハ社を訪れていたバクローたち７小新聞部も引き連れて『お金の匂い』がするゴーハ社の地下階へと向かう。最深階層で謎の廃工場を掘り当てたハントたちは、そこで夢のような“ある機械”を発掘する…。

ゴーハ社員食堂で働くことになったロミン。自慢のカレーを作るも売れ行きはさっぱり…。食べてくれると信じていたミミにも裏切られたロミンは、カレーを食べてもらおうとミミにデュエルを申し込む！思いがけず、その闘いがゴーハの存亡を懸けた闘いとなる…。

ゴーハ５小昆虫デュエルクラブ。風変わりな部員たちの中にはテントウ虫帽子の少女、七星(ななほし)ナナホの姿もあった。遊我を知っている様子のナナホは、グルグルに案内され遊我の元を訪ねる。しかし、遊我はナナホを前にすると突然様子がおかしくなり…。

ゴーハ・コーポレーション統括本部総務部庶務６課所属、フラッシュ海深子(うみこ)。彼女のずさんな仕事ぶりは目に余るものがあった。ひょんなことから海深子と再会したガクトは、彼女のガサツな勤務態度を改めさせるためにデュエルで勝負をすることとなる。

ユウオウは悩んでいた。とある日、珍しくゴーハ社長としての予定が何も無かったユウオウは、一人ゴーハ社をあとにする。公園でブランコに揺られているユウオウ。いやに兄弟たちが優しいのだ。そこへ、謎の美少女と謎の博士がユウオウの前に現れる。

ゴーハ星人の卑劣(ひれつ)な手段によって闘うことになってしまった、ザ☆ルークメンとザ☆ユーガメン。なぜ正義と正義がぶつからねばならない？葛藤(かっとう)に苦しみながらも全力で闘う２人の宇宙戦士。次の瞬間、夜空にきらめく流星が正義のデュエリストたちに奇跡をもたらす！

ラッシュデュエルを懸けたゴーハ社長６兄弟との闘いも、ついに最終戦を迎える！遊我は、ユウオウの背後に姿を現したザ☆ルークメンにデュエルを挑む。遊我とのデュエルを前にして、パーフェクトモードへと変身したザ☆ルークメンを打ち倒すために、遊我のとった驚くべき作戦とは!?

無茶な修行をしているタイガーを止めるためにマキシマム山へ向かった遊我たち。意識を失いかけていたタイガーを介抱(かいほう)していると、突然ロクロスが現れる！勝負を迫るユウオウに対し、ふらふらの状態でも戦意を見せるタイガーに代わり、デュエルに挑むアサナ。ユウオウがアサナの対戦相手として指名した人物は…。

ルークの住む上城家の屋敷『カミジョウ・ギヤ・カンパニー』を訪れた遊我たち。そこへタイミング悪く帰ってきたルークがタイガーにつかまり、姉弟デュエルスタート！すると、タイガーの猛攻を受けるルークに変化が…。

ルークに起きた異変について調べていたロアは、ミミからの情報を頼りに、ミミとグルグルと共にゴーハ社へ向かう。なんとか社内へもぐりこみ、社長室を目指すロアたちの前に、『ゴーハ社長６兄弟』の“最後の一人”が立ちふさがる！