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限界が近づくラッシュロボ。みんなを脱出させ、オーティスとの決戦へ向かおうとする遊我にルークが待ったをかける。カードで語り合う二人。親友とのデュエルを楽しむ遊我…しかし、その心には悲壮(ひそう)な決意を秘めていた。いくぞ！ラストラッシュデュエル！

ゴーハ社長６兄弟の力を借りてラッシュデュエルロボを起動させた遊我たちは、危険な状態のデュエルプログラムを救うため、最後の試練、オーティスロボに立ち向かう！２体の巨大ロボが繰り広げるド迫力スケールのスペースバトル。激闘！ラッシュロボデュエル！

すべての制御システムが停止したゴーハ市は静かな闇に包まれていた。デュエルプログラムを守るために月へと向かうことを決意する遊我たち。仲間たちと家族の想いを胸に秘めて重力を振り切る遊我たちだったが、宇宙にはまたしても“あの男”が待ち構えていた。

パウリエフェクトの力を増大する“何か”を見つけられないでいた遊我に「お前はただの無力な小学生」と言い放つタイガー。その言葉に怒ったルークは、最強の姉、タイガーにデュエルで挑みかかる。壮絶(そうぜつ)な姉弟ゲンカデュエルは、謎の光とともに意外な結末を迎える！

増え続ける新デュエルルールは月面に刻まれたデュエルプログラムそのものを崩壊(ほうかい)させようとしていた。ネイルはデュエルプログラムの崩壊を阻止するために制御システムの完全停止を提案する。システムを停止させるためにはルークの中に潜(ひそ)むあの力が必要だった。

「私が勝ったら、デュエルは諦(あきら)めて音楽の道へ進む。あなたが勝ったら…その時はあなたが決めた道を進みなさい」プリンセスＧの強い想いにデュエルで応えようとするロミン。最高潮のギターバトルデュエルの末に、ロミンが決めた“わたし”の進むべき道とは…。

ロード研究所に集まり、ロミンのソロデビューを喜ぶ遊我たち。しかし、ルークだけは、仲間との思い出が欠けたロミンの笑顔を認められないでいた。一人、夕暮れの部室でふさぎこむルークに対し、ゴーハ・ユウガに記憶を奪われたバクローがデュエルを仕掛ける。

シークレットライブのステージで熱いデュエルを繰り広げる遊我とロア！闘いのさなか、遊我に思惑(おもわく)を見破られ自らをあざけり笑うロアだったが、ミミたちロアロミンファンの声援に“らしさ”を取り戻す。「今日はオレ様がたっぷりおまえたちを可愛がってやる！」

ロアロミンのシークレットライブに向けて練習に打ち込むロア。ガクトたちと同じく、ロアもラッシュデュエルの記憶を失っているようだった。「君の記憶を取り戻しに来たんだ！」ロアにデュエルを挑む遊我。共演デュエル再び。あの日の七冥館ライブが今蘇る…っ！

ラッシュデュエルでガクトの記憶を取り戻そうと奮闘する凛之介。ギャリアンとセバスチャンはそんな凛之介の姿に触発され、ガクトと同じく記憶を失っていたそれぞれの主人、アサナ、ネイルとデュエルを繰り広げる。仲間たちを想う熱いデュエルが奇跡をもたらす…！