冒険心にあふれる少年シュウは、幼馴染のクルックらと共に、のどかな生活を送っていた。
ある日、村を訪れた二人組の剣士と出会うシュウ達。そこに突如、強大なグランキングダムの軍隊がやってきて、村を襲い始めるのだった。
村の一大事に、シュウは二人組の剣士に手助けを頼むも、断られてしまう。自分達の手で護るしかない、そう決意するシュウの必死の抵抗も、軍の力の前にはどうすることも出来ない。
しかし、クルックや村のみんなの身に危機が迫った時、「護りたい！」と強く叫ぶシュウの身体に異変が起きる。

ブルードラゴンという影の能力を手にしたシュウは、ゾラからこの世界を支配しようと企むグランキングダムの王・ネネの野望を阻止するための戦いを強制される。
勝手な言い分に反発するシュウ。しかし、力を持った自分が居る事で、村が危険にさらされると聞き悩む。そしてその言葉通り、グランキングダムの新手が現れ再び村を襲う。

"ゾラ指導の元、いまだ影を出す事すらままならないシュウの修行が始まる。シュウはジーロへのライバル心から、足手まといにならぬよう必死についていく。ジーロもまた、シュウに感化され、互いに競い合っていく。
束の間の休息。少しでもみんなの役に立てればと料理に腕を振るうクルック。やってきたジーロにふと彼の旅の目的を聞くが、思いも寄らぬ答えに言葉を失ってしまう。
そこへ、グランキングダムの新たな刺客である影使い・ドルスクが現れる。"

"破壊された街へきたシュウ達。そこに新たな影使い・マルマロが現れ、敵と思い込んで襲いかかってくる。説得を試みるシュウ達だが失敗に終わってしまう。
しかし、シュウ達の言葉に迷い始めていたマルマロ。その迷いも、駐屯した軍の兵と捕えられた街の人々を見つける事で振り払われ、単身で乗り込んでいく。そこへシュウ達も駆けつけ共に戦うのだが、敵の影使いイワノフ・グスタフ兄弟の攻撃に翻弄され続け"

グランキングダムの前線基地へとやってくるシュウ達。一行は、連れ去られた捕虜の奪還と、そこにいる敵遠征軍の中心人物ゼネラル・ロギを倒すために乗り込む。
しかし、ロギの圧倒的な強さの前にゾラさえも敗れ、一同は窮地に陥る。そしてロギはイワノフ・グスタフに後を任せ、ネネの待つ本国へと帰還していく。
ロギとの戦闘で既に傷ついた一同は、兄弟の攻撃に成す術がない。自らの意思でブルードラゴンを発動できないシュウは完全に足手まとい。目の前で倒れていく仲間の姿を、シュウはただ見ていることしか出来ないのだった。

レゴラスを連れジブラル城を目指す事となったシュウ達。立ち寄った村で絡まれていたウエイトレスのブーケを助け、そのお礼を受ける一行だったが、ことごとく悲惨な目に遭い追い返してしまう。だがブーケ本人に自覚は無く、落ち込む所かさらにやる気を出す。
村を後にするシュウ達の前に、今度はモンスターが現れる。各々の影で戦い始める一行だが、何か様子がおかしい事に気付く。

ジブラル城へたどり着くシュウ達。しかし街では今幽霊騒ぎが起きていた。そして、レゴラスがその騒ぎの容疑者として連行されてしまう。実は、レゴラスは死亡した事になっていたのだ。レゴラスにジブラルへ送り届ける報酬として王との謁見を頼んでいたゾラはその手立てを失ってしまうのだが、シュウの提案でレゴラスの濡れ衣を晴らす事でその目的を果たそうと犯人探しを始める。

ジブラル王と謁見するシュウ達。そこでゾラは「はじまりの書」と呼ばれる世界最古の本の閲覧を希望し、王よりその許可を得る。一方シュウは、王の傍らにいた人物コンラッドこそが憧れのナイトマスターであると知り、胸を躍らせていた。
そこへグランキングダムのドラグノフ部隊が攻めて来る。応戦するコンラッド率いるジブラル軍だが、敵の新兵器である本体を持たない影部隊・影黒壱式の投入により危機的状況に陥る。

奪われた文書は「エクストラセブン」と呼ばれる世界に二つと存在しない７ページ。そこには影にまつわる重大な事が記された可能性があり、ゾラの目的はまさにそれだった。だが現状どうすることもできず、ゾラ一行はグランキングダムへの侵攻作戦を進めていると云うコンラッドらと互いの健闘を祈り、一路グランキングダムを目指し海へ出る。
船上で海にまつわる噂話を耳にするシュウ達。そこにシュウを追って船に忍び込んでいたブーケが姿を現す。

ミーティア共和国に上陸するシュウ達。そこはグランキングダムの隣国で、一行は警備の薄い渓谷からの越境を始める。しかし、そこにネネからシュウ達の討伐を命じられたゼネラル・ロギが部下のギリアム、シンシアら五人の影使いを率いて姿を現す。
予期せぬ事態に戸惑うシュウ達は敵の攻撃によって戦力を分断されてしまう。

ロギと対峙したシュウは、動く事さえもできなかった以前とは違い、ブルードラゴンと共に戦いを挑む。しかし、ロギの力にはまだ到底及ばず、そればかりかブルードラゴンの力を引き出しきれていない自分の未熟さに迷いばかりが生じていた。一方、各所の戦闘も激しさを増していく中、ゾラはルメールを倒し先に行かせたシュウの後を追う。
いまだ攻略の糸口を見つけられず、ロギの言葉に翻弄され続けるシュウ。そんなシュウの様子を見かねたブルードラゴンが檄を飛ばす。すると、その言葉でシュウは迷いを振り払い、ブルードラゴンの秘めた力の一部を引き出すのだった。その力を目の当たりにしたロギの表情からそれまでの余裕は消える。ついにロギが本気の力でシュウに襲い掛かろうとした瞬間、そこにゾラが現われる。

ロギ部隊の突然の撤退により危機を逃れたシュウ達。散り散りとなった各々が集合地点を目指す中、シュウは無人の村で敵の司令官ドラグノフと出会う。しかし、ジブラルでの戦闘で対峙する事の無かった二人は、互いの素性を知らないまま行動を共にする。するとそこに、ゾラ達と交戦を始めたグランキングダム軍からの通信が入る。打ち解けかけた相手が敵だと分かり、戸惑いながらも戦闘態勢に入ろうとするシュウに、ドラグノフはその意思を見せない。さらに戦場では容赦しないと告げシュウの前から去っていくのだった。
そしてドラグノフ指揮の下、新たに影黒弐式も投入された部隊にゾラ達は苦戦を強いられる。そこへ駆けつけたシュウは、いまだドラグノフと戦う事に戸惑いを見せるも、ついにその覚悟を決め一騎打ちを始める。

ネネの居城までやってきたシュウ達。間近に迫った決戦の時に、ネネへの復讐を抱くジーロの胸中は穏やかではない。その様子を心配したクルックはジーロの口から幼い頃にネネによって家族を殺されていた事を聞く。
一方、付近では既にジブラル連合軍がグランキングダムと戦闘を始めていた。その戦いに紛れて内部に侵入するシュウ達は、奇妙な装置のある部屋へ辿り着く。するとそこへメカ将軍のザボが現われ、一同はその装置が影の力を吸収する機械であり、これまで連れ去られた人々がこの機械の餌食になっていた事を知る。さらに、ジーロの村を襲った中にザボがいた事も分かると、ザボの挑発に乗せられて怒りに我を失ったジーロが装置の中に取り込まれるのだった。