４人のカメ、レオナルド、ラファエロ、ミケランジェロ、ドナテロ。
彼らタートルズはスプリンター師匠とともに、下水道の隠れ家で暮らしていた。
しかし、ある日突然、マウサーロボに隠れ家を襲われ、
スプリンターと離れ離れになってしまう。
果たして、タートルズはスプリンターと再会する事ができるのか？

タートルズの隠れ家を襲ったマウサーロボは
天才科学者、ストックマン博士によって開発された凶悪ロボだった！
タートルズはストックマン博士の居場所を見つけ出し、
陰謀を止める事ができるのか！？

マウサーロボに襲われているところをタートルズに助けられたエイプリル。
タートルズの姿に驚きを隠せないエイプリルに対し、
スプリンターは彼らの秘密の過去について語り始める。
ついにタートルズの出生の秘密が明らかになる！

ラファエロは修行中にトラブルを起こし、街へ飛び出してしまう。
そこでケイシー・ジョーンズというマスクをかぶった男と出会う。
なぜか、彼はパープルドラゴンを異常なまでに憎んでいた。
一体、ケイシーはタートルズの敵なのか？味方なのか？

アンティークショップで働き始めたエイプリルを手伝うタートルズ。
しかし、そこに泥棒が入ってきた。
それは斬っても斬っても再生するふしぎな物体だった！
やがて、そいつは巨大化しはじめた！
タートルズあやうし！

停電の調査をしていたタートルズは
盗みを働くフットソルジャーを発見する。
フットソルジャーが盗み出していた物は
衝撃波を発する不思議な刀、テングソードだった
テングソードを使い、不思議な実験をするフット団を
タートルズは止めることができるのか！？

サイバーアーマーを装着する事により透明になる能力を身に付けたハイテクフットソルジャーがラファエロを連れ去ってしまった。果たしてタートルズはラファエロを救う事ができるのか！？
また、姿の見えない敵に対して、どうやって戦うのか！？

ケイシーの近所に住む女の子、エンジェル。
彼女はギャング団、パープルドラゴンの入団テストを受けていた。
それを止めるために、アジトに潜入したケイシーはハンに捕まってしまう。
自分が間違っている事に気づいたエンジェルはタートルズに助けを求める。
果たして、タートルズはケイシーを助け出す事ができるのか？

ニューヨークの路上で夜中に人がさらわれる事件が頻発していた。
ついにはタートルズの友人もさらわれてしまった。
事件を調べるうちにタートルズは怪しいゴミ収集車を発見する…

サキ・オロクという人物がレオナルドを味方にしようと近付いてきた。
まさにその男こそ、フット団の首領でスプリンターの宿敵、シュレッダーだった！
スプリンターから過去の話を聞いたレオナルドは
サキ・オロクの仲間になることを思い直し、フット団と対決することを決意する。

フットソルジャー、ハンを倒したタートルズ。
残る敵はシュレッダーだ。しかし、シュレッダーの
あまりの強さに圧倒されてしまう。
命からがら逃げ延びたタートルズはスプリンターと合流し、
再びシュレッダーと相対する。
スプリンターとシュレッダーの一騎打ちの行方は？

スーパーヒーローに憧れるミケランジェロ。エイプリルに見立ててもらったコスチュームを着てニューヨークの街をパトロールするも、なかなかうまくいかない。そんな中、本当のヒーロー、シルバー・センチュリーと協力して凶悪な科学者、マリグナス博士と戦うことになる。ミケランジェロの活躍に乞うご期待！

ドナテロが見つけた謎のクリスタルが共鳴し、今は使われていない地下鉄で異常が発生した。
原因を突き止めるために地下の奥へと進み探索するタートルズ。そこで化学反応で溶けた見慣れない穴を見つける。
さらに奥へと突き進むタートルズの前に現れたのは、恐ろしいモンスターだった…！