「ガールズ、参上！」
幼稚園にサルのモンスター・モジョがあらわれた。東京CITYの市長メイヤーからの連絡を受けたユートニウム博士は、さっそくガールズに出動指令。ももこ、みやこ、かおるの３人は、授業をぬけ出して変身することに。そしてガールズは、園児たちを鳥かごにとじこめたモジョと対決する。

「ガールズ、誕生！」
とつぜん東京湾に氷山が出現した。北沢ケンは、父親のユートニウム博士が研究していた化学物質「ケミカルＺ」を使い、氷山を消すことに成功。ところがその時、いくつもの白い光と黒い光が飛びちることに。そして、白い光を浴びた赤堤ももこはハイパー・ブロッサムに変身。博士の作ったデジタル犬・ピーチは言葉が話せるようになるのだった。いっぽう、黒い光を浴びた動物園のサルは、悪いことを考えるモンスター、モジョ・ジョジョに変身してしまい…。

「ほんわかバブルス！　その１」
自分がなぜスーパーヒロインに変身できるようになったのか調べるため、ユートニウム博士の研究所へ行くことにするブロッサム。そのとちゅう、ケミカルＺによってローリング・バブルスに変身した豪徳寺みやこを発見。彼女も調べようと、みんなで追いかけることに。いっぽうモジョは、ブロッサムにしかえししようとたくらんでいたが…。

「ほんわかバブルス！　その２」ブロッサムとバブルスの腰に巻かれていたベルトに付いているコンパクトは、ピーチの吠える声に反応する変身アイテムだった。自分が正義のスーパーヒロイン、パワパフガールズＺになれたことをよろこぶブロッサム。ところが、バブルスがロッドのパワーをためしているすきに、つかまえていたモジョに逃げられてしまい…。

「ガールズ、結集！　その１」
３人目のパワパフＺ・パワード・バターカップに変身した松原かおるは、ももこ、みやこと同じ中学に通っていた。メイヤー市長から東京CITYの平和を守ってほしいとたのまれる３人だが、バターカップだけはことわることに。そして彼女は、変身のかけ声をかけるピーチに腹を立てて追いかけ回し、研究所をメチャクチャにしてしまうだった。

「ガールズ、結集！　その２」
３人が学校へ行くと、とつぜんクラス替えがおこなわれて、みんな同じクラスになった。市長の秘書ミス・ベラムが手配したのだ。お昼になって３人がお弁当を食べようとした時、変身ベルトが光った。そしてガールズは、レストランをおそっているモジョと対決することに。

「ガールズ、家族の絆！　その１」
昼休みにケンの部屋で、テレビを見たり、お菓子を食べたり、ファッションをチェックしたりする３人。さすがに腹を立て、ユートニウム博士に抗議するケンだが、３人はウソ泣きをして、「ケンが悪い」と言い始める。「母親がいないせいで甘やかしてしまった」とあやまる博士。それを聞いたガールズは、ケンには母親の存在が必要だと考え、交代でママになってあげることにする。

「ガールズ、家族の絆！　その２」
公園で家族の団らんをさびしそうに見ていたケンを発見したモジョは、モジョメットスーパーをかぶせて、ケンをチビモジョにしてしまった。言葉が話せなくなった上に電撃のお仕置きを受け、やむを得ずモジョの家来になるケン。いっぽう、ケンをさがしていたガールズは、モジョ出現の連絡を受けて遊園地に向かうが…。

「モジョの復讐だモジョ！」
フルーツ店にあらわれたモジョは、オレンジを食べて、自分が東京CITY動物園のサル山のサルだったことを思い出す。彼はそこで、エサを見せびらかすだけでくれないといういじわるをされて、人間をうらむようになったのだ。そのいじわるをしていたのはフルーツ店の店長だったが…。

「展望タワー・クラッシュ！」
建設中のタワーに「スパイダーシューズ」をとどけることになったガールズ。そのシューズは、ケミカルＺで強化した磁石を利用して簡単にカベを登ることができるというもの。ところが、タワーをアジトにしようと考えたモジョが、シューズをうばってしまい…。

「ファジー・ラムキンス！」

山へ調査に出かけたガールズたちの前に、ファジー・ラムキンスというモンスターがあらわれた。縄張りに入らなければおそってこないと判断した博士は、ピクニックを楽しもうとするが、ファジーは「山も湖も自分の縄張りだ」と言い張って、みんなのジャマをするのだった。しかたなく街にもどるガールズたち。すると、いろんな場所にファジーの縄張りをしめす手形が押されていて…。

「姫子なプリンセス！」
お金持ちの娘・白金姫子は、注目されるのが大好き。でも学校では、パワパフガールスＺの話題で持ちきりで全然目立てない。そして彼女は、怒りのあまり、プリンセスに変身してしまう。実は彼女は以前、ペットの白猫サファイアといっしょにケミカルＺの黒い光を浴びていたのだ。巨大ロボットをあやつって街を破壊し、それをたおして正義の味方として目立とうと考えたプリンセスだったが…。

「かなえ！ももこの恋」
ヒーロー番組『ミラクルファイティングＡ』の主役・ヒロに恋しているももこは、研究所でもビデオを見てばかり。そんな時、東京CITYの一日市長を務めるヒロの護衛の依頼が舞い込んできて、彼女は大よろこび。ところがヒロは、モジョの人質にされてしまい…。

「極悪トリオ？アメーバボーイズ！」
ケミカルＺの黒い光と犬の唾液の化学反応でモンスターになってしまったアメーバ３人組のアメーバボーイズ、シルクハット、ポンチョ、レディ。大悪党になるために街にやって来た彼らだったが、銀行強盗をしようしても警備員に軽くあしらわれてしまう。そこにガールズもやって来るが、あまりに弱そうなアメーバボーイズのすがたに、やる気が出ない。ところがその直後、彼らは巨大化してしまい…。

「魅惑の乙女！ セデューサ その１」
和菓子の店、きんとき堂で働いている桜子は、ケミカルＺの黒い光を浴びていた。彼女はお店の常連の壮一郎のことが好だったが、「地味な自分ではダメだ」と、告白できないでいた。それを知ったももことみやこは、かおるを巻き込んで、恋の手助けをしようと考える。だが、桜子が口紅をぬった時、モンスターのセデューサに変身してしまい…。

「魅惑の乙女！ セデューサ その２」
荘一郎をデートにさそおうとするセデューサだったが、断られてしまう。もっとセクシーにならないとダメだと思い込んだ彼女は、ドレスを盗もうと考える。いっぽう、モンスターが化粧品やアクセサリーを盗んでいくという事件を解決するため、ガールズが出動することになるが…。

「コーチかおるの特訓サッカー！」
モジョを追っていたガールズは、サッカーの練習をしている少年、伸一に出会う。「おじいさんの形見のシューズをはいて試合で活躍したい」という彼にコーチをたのまれたかおるは、引き受けることにする。そして試合の当日、特訓の成果で上達した伸一だったが、出番がやって来ない。そこへ、モジョロボがあらわれて暴れ始め…。

「恋するファジー！」
ミス・ベラムのことが忘れられないファジー・ラムキンスは、思いあまって彼女を誘拐してしまう。出動するガールズだったが、ファジーが恋していることを知り、手助けをすることに。３人の話を聞き、お腹をすかせたミス・ベラムに森のランチを差し出すファジーだったが…。

「カリスマ美容師モンスター！　その１」
自分のことを天才だと思い込んでいる見習い美容師ミッシェルは、お客さんをとんでもなくセンスの悪いヘアスタイルにして、いつもしかられてばかり。ところが彼は、ケミカルＺの黒い光を浴びてグレートミッシェルに変身。催眠術を使ってみんなをあやつり、超カリスマ美容師になるのだった。彼はカリスマヒロインと呼ばれるガールズに対抗心を燃やし…。

「カリスマ美容師モンスター！　その２」
ハードジェルで武器を使えなくされ、さらにはバターカップまであやつられてしまうガールズだったが、なんとかグレートミッシェルをつかまえて、元にもどすことに成功する。すると、みんなの催眠術がとけて、カットされた人たちが怒っておしかけてきた。みんなにボコボコにされたミッシェルは、またモンスターに変身してしまい…。

「宇宙までプリンセス！」
いつもだれよりも目立ちたいと思っている白金姫子。授業中、おやじモンスターがあらわれたという連絡が入り、ガールズの３人はいつものようにいろんないいわけを言いながら授業をぬけ出した。３人が自分より目立とうとしているのだと思いこんだ姫子は、彼女たちの行く先についてまわるが、まったく相手にされない。すると彼女は、くやしさのあまりにモンスタープリンセスに変身してしまい…。

「ケーキ泥棒を追え！」
ケンの特大ケーキをこっそり学校に持ってきてしまったブロッサム。その時、街にあらわれたモジョロボがケーキ屋をおそいはじめた。ブロッサムは、自分のことはたなに上げて、ケーキをぬすんでいるモジョに、はげしく攻撃。負けたふりをしたモジョは、ガールズの３人をケーキの入った冷凍庫に閉じこめて、こおらせてしまう。

「初恋のシャボン玉　その１」
学校でモテモテのみやこだが、誰ともお付き合いをしようとしない。そのワケは、小さいころに好きな初恋の人がいたから。その人は、６才のころ、公園で遊んでいたみやこたちを、イジワルな男の子たちから助けてくれた、タカアキという少年だった。みやこは、シャボン玉をうまく作ることができたその少年と、ずっと会うことができなかったが…。

「初恋のシャボン玉　その２」
重い病気のため、ずっと入院生活をしていたタカアキは、ケミカルＺのパワーでモンスターになっていた。病院からぬけ出して街中を飛び回るモンスター。みやこたちはガールズに変身してモンスターをつかまえようとするが、すごいパワーとスピードのため、逃げられしまう。追いかけた彼女たちは、公園でモンスターがシャボン玉で遊んでいるのを見つけ…。

「モジョに弟子入り！アメーバボーイズ」
ふたたびあらわれたアメーバボーイズ。しかし、相変わらずどんな悪いことをすればいいのかわからず、ガールズに相手にしてもらえない。そこにあらわれたモジョは、悪いことを教える先生になってやると言い出した。実はモジョは、アメーバボーイズを利用してガールズをさそい出し、やっつけようと考えていたのだが…。

「カメラモンスターの逆襲！」
メイヤー市長の体の色がなくなってしまった。その原因をガールズたちが調べていると、そこにカメラモンスターがあらわれた。このモンスターは、まだ使えるのに捨てられた白黒カメラが、ケミカルＺの黒い光をあびて変身したものだったが…。