「握って食べて！寿司モンスター！」
回転寿司屋にあらわれた寿司モンスターが、どのネタが一番なのかをめぐってあらそいはじめた。そして、寿司を食べてもらおうとして人々にせまったため、東京CITYはパニックに。寿司モンスターたちをたおそうとするパワパフガールズＺだったが、あまりにも数が多すぎて…。

「ピーチとサファイア！」
さわぎを起こしていたプリンセスをつかまえたガールズ。ケミカル素粒子光線で彼女を白金姫子にもどして家に帰すついでに、博士たちとディナーを食べに行くことに。留守番をしていたピーチの前に、姫子のペットのネコのサファイアがあらわれた。性格が悪いネコだと聞かされていたため警戒するピーチだったが、いっしょに遊んでいるうちにサファイアに恋してしまい…。

「レディース・タッグバトル！　その１」
東京CITYでは黄金のパワパフガールズＺ像が寄付されるという話でもり上がっていた。それをおもしろく思わない白金姫子は、きんとき堂に特製イチゴ大福姫子スペシャルを注文してうさをはらすことに。そこへ、アメーバボーイズのレディがガールズにふっとばされて転がりこんできた。さらに、イチゴ大福をとどけにきた桜子が、プリンセスに変身した姫子に口紅でイタズラされてセデューサに変身。３人の女のモンスターがそろうが…。

「レディース・タッグバトル！　その２」
黄金のパワパフガールズＺ像の除幕式がおこなわれる中央公園に、三方向からロボットが攻めてきた。むかえうつガールズは、ロボットをたおすことに成功。だが、実はそのすきに、ガールズの像はレディースモンスターズの像にすりかえられていて…。

「歯医者さんへ行こう！」
あまいものが大好きなももこは、街中のお菓子をとりよせて食べまくっていたら、虫歯になってしまった。歯医者へ行くと、同じようにお菓子を食べすぎて虫歯になってしまったモジョが、変装して来ていた。同じ理由で歯医者に来たということで意気投合した２人は、治療の痛みにたえるために協力することに。ところがモジョは、痛みにたえきれずに暴れ出し…。

「サタデー・パワパフ・フィーバー！」
会社員の寅坊竜太の唯一の楽しみはディスコでおどること。ところが、休日出勤のためにディスコに行けず、ストレスがたまっていた。そこに、カレの黒い粉が近づいてきた。いっぽうガールズは、ダンスイベントのゲストとしてディスコでおどることに。そこへ、上司に連れられた寅坊竜太がディスコにやって来た。そして彼は、モンスターフィーバーマンに変身してしまい…。

「ガールズとカレ！その１」
石棺からひさしぶりに目覚めたカレは、すっかり変わってしまった東京CITYを見ておどろく。そして、白い光の気配を感じたため、以前まきちらした黒い粉をよび集めて、情報を聞き出すことに。そのころユートニウム博士は、新しいタイプのモンスターのナゾをさぐるべく、黒い粉を調べていた。そして、カレのよびかけで動き出した黒い粉を追いかけるパワパフガールズＺだったが…。

「ガールズとカレ！その２」
ずっとむかし、国際科学研究所のもとになった大江戸蘭学所を作った平賀ケン内は、大江戸にあらわれたモンスターをたおすために「ケンナイニウム へ」を作り出して３人の女の子にあたえ、「大江戸チャキチャキ娘」を生み出した。そして、つかまえたカレの黒い光を「ケンナイニウム へ」をぬった箱に封印して海に捨て、肉体は石棺に入れて上野神社の地下に封印したのだった。そして現代。ユートニウム博士が上野神社に行ってみると、神社はすでになく、博物館ができていた。その博物館で羊飼幽霊と戦うガールズ。そこへ、白い光を感じたカレがあらわれ…。

「フン太のコロガシ魂！」
黒い光を浴びたフンコロガシのフン太は、フンをころがすことをやめて旅に出るが、国際科学研究所にまよいこみ、東京CITY昆虫園に入れられることに。そこでメスのフンコロガシのコロ子に出会ったフン太は、彼女とともに昆虫園をぬけ出した。そして、プロポーズするために大きなフンのかたまりを作ろうとして、街をこわしはじめる。出動するパワパフガールズＺだったが…。

「セデューサの恋の駆け引き！」
失恋して、きんとき堂でヤケ食いしようとするももこ。すると、何やら桜子のようすがおかしいことに気づく。桜子は、最近荘一郎が店に来ないので、きらわれたのではないかとなやんでいたのだ。荘一郎がプレゼントしてくれた口紅を使い、セデューサに変身してしまう桜子。セデューサは荘一郎の気を引こうと、あの手この手でせまるが、全然相手にされなくて…。

「ももこに首ったけ！その１」
恋多き乙女、ももこは、今日も先輩や生徒会長、バスケ部のキャプテンと、イケメンにときめいていたが、同じクラスにはいい男がいないことをなげいていた。彼女と同じクラスの坂本は、女の子にイタズラばかりするやっかい者。みやこもかおるも姫子も坂本の被害にあっていたが、なぜか彼はももこにだけは手を出していなかった。きらわれていると思ったももこは、「自分にもイジワルをしろ」と坂本にせまるが…。

「ももこに首ったけ！その２」
ももこが坂本に恋をしていると知り、とまどうみやことかおる。坂本に積極的にアプローチするももこは、デートしている自分たちのすがたを妄想していた。そして、坂本といっしょに帰ろうとしたところに、モジョが暴れているという知らせが。「いつまでも待っている」という坂本の言葉を信じて、出動するももこだったが…。

「ももこの家出とナポリタン！」
喫茶店のスパゲッティナポリタンにカレの黒い粉がとりつき、モンスターナポレターノになってしまった。ナポレターノは自分がイタリア料理ではなかったことになやみ、ほかのイタリア料理に八つ当たりする。そして、自分がリーダーであることを誰もみとめてくれないことに怒って家出したももこと出会う。「自分の居場所はここにはない、どこか別のところへ行く」というナポレターノに共感したももこは、自分もついて行くことにする。

「キーンの同情、モジョの愛情！」
自分にやさしくしてくれたキーン先生をデートにさそおうと、モジョはオシャレして学校の前に車で乗りつける。キーン先生がモジョの車に乗っていくところを見たももこたちは、先生がさらわれたとかんちがい。変身して後を追いかけることに。モジョは、映画、海辺、高級レストランへキーン先生を連れて行き、いい雰囲気になろうと必死だったが…

「お化けが住む家！？その１」
みやこの家に呼ばれ、大そうじの手伝いをたのまれるももことかおる。みやこの家は和風の大きなお屋敷。みやこのおばあちゃんに、「家にも感情があるので、やさしくていねいに」と教えられたももことかおるは、それでは時間が足りなくなってしまうと、変身してそうじをすることに。２人は、２階の奥の部屋の存在に気がつかなかったが…。

「お化けが住む家！？その２」
みやこの家に泊まることになったももことかおるだったが、その夜、あやしい音にビクビクしてねむれない。そしてついに、ホウキ、バケツ、ハタキがおそいかかってきた。逃げ出して２階に上がった３人は、奥の部屋に閉じこめられてしまう。窓から脱出した３人は、家の２階がモンスターになっているのを発見。変身して戦うことにするが…。

「オレたちゃ雑草じゃない！」
公園で撮影しているモデルたちにバカにされた雑草がモンスター化。自分たちにも名前があるのだからちゃんと呼んでほしいとうったえだした。雑草モンスターの気持ちを理解したパワパフガールズＺだったが…。

「モンスター、憐れみの令！」
バカンスを楽しみながら時代劇を見ていたカレ。そして、「生類憐みの令」を作った５代将軍徳川綱吉の霊を呼び出してメイヤー市長にのりうつらせ、「モンスター憐れみの令」を出させた。そして東京CITYはモンスターの楽園となってしまい…。

「ガールズ、解散！？その１」
東京CITYに残してきた黒い粉から、パワパフガールズＺたちの正体が普通の人間であるという情報を聞いたカレ。さらに、みやこがオクティーと仲がいいと知ったカレは、黒い粉にオクティーをあやつらせて、ガールズを解散させようとたくらむのだった。

「ガールズ、解散！？その２」
カレの作戦が成功し、険悪なムードになってしまったガールズの３人。そこへ、モジョが街であばれているという知らせが。さっそく現場に向かうガールズだったが、モジョを前にしてケンカをはじめてしまうのだった。

「飛び出すマンガのモンスター！」
少女マンガ家をめざしている手津数ムサオは、原稿をバカにされたのがくやしくて、その思いをスケッチブックに落書きしてはらしていた。そこにあらわれたカレの黒い粉が、スケッチブックに描いたものを現実化させる力をあたえてしまった。そして東京CITYに怪獣が出現。パワパフガールズＺが出動するが、いつもとはちがう迫力におどろくことに……。

「ガールズ、休業！」
期末試験をちゃんとうけないと落第すると校長に言われたももこ、みやこ、かおるは、試験中はガールズに変身しないことにする。そしてその間は、ユートニウム博士とケンとピーチが東京CITYの平和を守ることに。モジョがあばれているとの連絡をうけたユートニウム博士は、準備していた強化服を着て「ユートニムＺ」になり、戦いはじめるが…。

「ふたりはトリマキーズ！その１」
白金姫子の取り巻き、中目黒華代と碑文谷文佳。屋上でのセレブランチに姫子といっしょにいた２人は、パワパフガールズＺを目撃して、はしゃいでしまった。それに腹を立てた姫子は、２人を取り巻きにすることをやめてしまうが…。

「ふたりはトリマキーズ！その２」
姫子といっしょにパーティに出席したももこたち３人は、黒いオーラの反応があるという連絡をうけ、ガールズに変身する。あらわれていたのは、華代と文佳が変身してしまったモンスター、トリマキーズ。彼女たちは強い者の取り巻きになるため、ガールズをおだてはじめるのだった。

「小さなケンの大きな願い！」
ももこたちと遊園地へ遊びに行くケンだったが、背が低いという理由でジェットコースターに乗ることができなかった。その夜、流れ星に「大きくなれますように」とお願いするケン。ところが、その流れ星は黒い粉だった。そしてケンは、モンスター化して巨大になってしまう。

「ガールズ、飛行禁止令！」
月まで競争して、いきおいあまって月を真っぷたつに割ってしまったパワパフガールズＺは、飛行することを禁止されてしまう。それを知ったモジョは、ギャングリーンギャングを千葉CITYに、アメーバボーイズを名古屋CITYに、ファジーを北海道CITYに向かわせた。出動するガールズだったが、電車や船で移動するしかなくて…。