「ガールズとテレビとプレゼント！？その１」
テレビドラマに出演することになったパワパフガールズＺは、テレビ局へ。そこには、クイズ番組に出て自分の教養をアピールしようとするモジョのすがたがあった。しかし、モジョは１問目で失格。罰ゲームでフラフラになったモジョは、階段から落ちたはずみに子供番組のマスコットキャラクター、ウッキーの着ぐるみに入ってしまい…。

「ガールズとテレビとプレゼント！？その２」
ガールズが出演するテレビドラマは、白金グループの提供で、主役はなんと白金姫子だった。大きなメロンから生まれた姫子が本当の親をさがす旅に出る、というストーリー。ガールズは、その旅のとちゅうに姫子の家来になるという役だった。そしてそのドラマには、アメーバボーイズやファジー、さらにはモジョまで出演していて…。

「出ましたっ！　シロガネーＺ」
イギリスに留学していた白金姫子の姉・神子が一時帰国した。姫子にパワパフガールズＺの人気ぶりをきいた神子は、モジョと手を組んでガールズと戦わせ、その能力を分析したデータを白金科学研究所で開発したスーツに組みこんだ。そしてそのスーツを着た神子は「シロガネーＺ」となり、ガールズに勝負をいどむ。

「ガールズ、転身！」
ファジーと戦ったガールズは、ふっとばされて頭を強く打ってしまい、みやこはももこに、ももこはかおるに、かおるはみやこに、心と体が入れかわってしまった。最初はこまってしまう３人だったが、けっきょくこの状況を楽しむことにする。

「パワパフ・ラウディ・ボーイズ！その１」
東京CITYのマナー向上キャンペーンのキャンペーンガールになったパワパフガールズＺ。ＣＭに出演することになるが、服がよごれていたため、ユートニウム博士に洗ってもらうことに。だが、干してあった彼女たちの服をラウディラフボーイズにぬすまれてしまい…。

「パワパフ・ラウディ・ボーイズ！その２！」
ガールズの服を着たラウディラフボーイズは、パワパフガールズＺとしてイベントに出ることに。そこへやって来たガールズは「自分たちが本物だ」とアピールするが、服がちがうので、観客はまったく信じてくれない。そしてラウディラフボーイズは、ガールズの評判を下げるため、下品なことをくりかえし…。

「さらわれた博士たちを救え!」
みやこたちが研究室をおとずれると、ちらかっていて、だれのすがたもなかった。そこにカレから通信が。カレは、ユートニウム博士たちをたすけたかったら時間内に３つのものを用意しろという。パワパフガールズＺは、カレの要求である「北極のダイヤモンド」、「月の真珠」、「地底のサンゴ」を手にいれるため、出動することに。

「ウソつきももこの災難！」
ラブレターをもらうみやことかおるを見て、うらやましがるももこ。姫子に「モテない」と指摘されてくやしくなった彼女は、「じつはモテまくっている」とウソをついてしまう。さらにウソをかさねたももこは、彼氏をみんなに紹介しなくてはならなくなるが…。

「かおるは上腕二頭筋がお好き！　その１　」
かおるの父は、覆面レスラーのマスク・ド・トキオ。かおるは、いつでもマスクをはずさない父の素顔をわすれてしまっていた。そんなおり、かおるは登校中に出会った筋肉のたくましい先輩、成島ナルオに一目ぼれ。ももことみやこは、かおるの恋をみのらせるため、いろいろと手伝うことに。そのかいあって、かおるは成島といっしょにプロレスの試合を見に行くことになるが…。

「かおるは上腕二頭筋がお好き！　その２　」
今度の試合に負けたら父は引退するつもりだと知ったかおる。父のマスクは、メキシコでの修業中に出会った恩人の思いがこめられた、「男のプライド」そのものだと聞かされ、彼女はますます父のことが好きになるのだった。そしていよいよ試合開始。だが、カレが父の対戦相手であるジャイアントパンダマスクに黒い粉をのりうつらせ…。

「ももことカエルの王子様！」
とつぜん、空からカエルのモンスターが降ってきた。女の人たちにキスをせまるカエルモンスター。さっそく出動したパワパフガールズＺは、モンスターを研究所に連れていく。「自分はカエル王子で、愛する人のキスでもとのすがたにもどれる」というカエルモンスターの言葉を聞いたももこは、むかし読んだ絵本におなじような話があったことを思い出し…。

「セデューサが消える日！？」
荘一郎に会うために大学をおとずれた桜子。だが、その場の空気におされて、おちこんでしまう。そこで、自分もさっそうとした知的美人になろうと考え、口紅をつかってセデューサに変身してしまった。それを目撃した荘一郎は、桜子がモンスターだったことにショックをうけ…。

「絶体絶命！？ガールズＶＳカレ！その１」
東京CITYにもどってきたカレは、黒い粉に命じて、パワパフガールズＺに変身する前の３人をおそわせる。信号機を操作して交通事故をおこしてももこをねらったり、マンホールのふたをはずしてかおるを落とそうとしたり、工事現場のクレーンをあやつってみやこを鉄骨の下じきにしようとしたりするが、その作戦はすべて失敗。そこでカレは、つぎの作戦に出るが…。

「絶体絶命！？ガールズＶＳカレ！その２」
研究所をおそってケミカルＺをうばうカレ。出動したガールズは、カレをおいかけて八本木ヒルズにたどりつく。黒い粉の攻撃をしりぞけ、カレと直接戦うガールズだったが、武器をうばわれてしまった。カレはうばった武器でエネルギーボールを作りだして攻撃を開始。ガールズは絶体絶命のピンチにおちいってしまう。

「旅は道連れ、モジョとキーン！」
パワパフガールズＺにかんたんにやられてしまったモジョは、「いつものように遠くに飛ばしてくれ」とヤケクソになった。あわれに思ったガールズは、何もせずに帰っていく。今度はかなしい気持ちになったモジョは、旅行にでも行きたいと思い、旅行代理店にやって来た。そこには、地底人の上野くんにふられたキーン先生のすがたが。そして2人は、いっしょに温泉に行くことに…。

「いきなり登場！パワパフキッズ！」
カレがキャンディーにしこんだ黒い粉により、幼児になってしまったパワパフガールズＺ。これで勝てると思ったモジョだったが、彼女たちのパワーはすごくて、やられてしまう。そこでモジョは、彼女たちを遊園地であそばせて、そのスキに攻撃しようとするが…。

「シャボン・フリーダムの奇跡　その１」
みやこがモンスターとなってしまった初恋の相手・タカアキと再会してから約半年。タカアキの情報をつかんだというユートニウム博士の知らせをうけたパワパフガールズＺは、彼が入院していた病院へむかう。そのころタカアキは、かつてみやことシャボン玉であそんだ公園にやって来ていたが…。

「シャボン・フリーダムの奇跡　その２」
変身をといて、タカアキの前に立ったみやこは、子供のころのシャボン玉の思い出を話す。そして、「病院にもどって病気をなおそう」と彼に言うが、二度と病院にもどりたくないタカアキは、黒いオーラに心を支配され、あばれだしてしまうのだった。

「一撃必殺！？ラブラブビーム！」
強敵と戦うにはまだまだパワーが足りないと考えたパワパフガールズＺ。ユートニウム博士は、そんな彼女たちのために新しい必殺技「ラブラブビーム」を考えた。愛の力で黒いオーラをつつみこむワザだ。ガールズはさっそくラブラブビームの訓練をはじめることに…。

「モジョのナースな一日！」
モジョロボの下じきになって入院したモジョを見はることになったガールズ。ナースのナナコを気に入ったモジョは、彼女がサルを好きだと聞き、すっかりその気になっていた。しかし、ナナコのかわりにガールズがナースとしてモジョの世話をすることになり…。

パワパフガールズＺをたおすには、飛びちってしまった「黒い光」のパワーをもう一度自分の体にとりもどす必要があると考えたカレは、モジョたちモンスターを集合させ、「打倒パワパフガールズＺ協同組合」を設立。し、モジョたちにある作戦をさずけるのだった…。

ユートニウム博士が新たに作ったメカ「ダイナモＺ」は、タイムマシン。パワパフガールズＺはそれに乗って江戸時代にむかうことに。かつてカレはケンの先祖・平賀ケン内に封印されていた。そこで、カレをふたたび封印する手がかりを得るため、ケン内に会いに行こういうのだ。
ぶじに江戸時代にたどりつき、ケン内に出会うことができたガールズ。だが、カレを封印するために必要な「白い光」をあつめるため、今度は原始時代にむかうことに…。

カレを封印するのに必要な「白い光」を持ち帰ることができたパワパフガールズＺ。
いっぽうそのころ、カレはモンスターたちからあつめた「黒い光」の力をつかい、富士山を噴火させていた。早くカレを封印しなくては、東京CITYは流れ出した溶岩で火の海になってしまう。
しかしガールズは、カレを封印するには彼女たちとピーチの体内にも存在する「白い光」が必要だと聞かされ、ショックを受けていた。「白い光」をとり出すと自分たちはもうパワパフガールズＺにはなれないのだ。でももう迷っている時間はない。ガールズはカレを封印し、東京CITYをまもることができるのか!?