２年生に進級する十代たち。十代は、おとなしそうな新入生とデュエルをすることに。新入生のデッキは強力ではなかったが、それもそのはず、直前に売店で買った８パックで40枚に間に合わせた即興のものだった。それでも新入生は、「大天使ゼラート」で十代のＬＰを1200までに下げるが…。

中等部でトップの成績だったエリート新入生の五階堂とデュエルする万丈目。かつては中等部でトップだった万丈目だが、いまやレッド寮でおジャマモンスターを使っている。そんな彼に、五階堂は「落ちぶれた」という言葉を投げかける。万丈目は、XYZコンボでカッコよく先制攻撃をするが…。

イエローの１年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルをいどんできた。元・番長だった剣山は、十代をたおして、アカデミアでもカリスマであることを証明したいと考えていたのだ。恐竜が大好きな剣山は、恐竜デッキを使う。そして剣山は、フィールド魔法「ジュラシック・ワールド」で、恐竜族・鳥獣族をパワーアップさせ…。

翔にイエロー寮昇格の話が持ち上がる。その条件は、クロノスが用意した、ブルー寮の胡蝶蘭という少女にデュエルで勝つこと。おびえる翔だったが、十代たちの言葉にヤル気を出しはじめる。翔はビークロイドデッキで、蘭は昆虫デッキで戦うことに。蘭は翔のフィールドにアリを増殖させ、それを攻撃することで、「インセクト・プリンセス」の攻撃力を2900まで上げる。いっぽうの翔は……。

プロのデュエルリーグで、カイザー亮とエド・フェニックスがデュエルする。エドのデッキは、Ｅヒーローデッキだが、十代とはちがうカードや戦術をもち、「フェニックスガイ」を融合召喚する。いっぽうのカイザーは、サイバードラゴン系でむかえうつ。十代たちは、かつての戦いぶりから、エドを強くないと思っていたが…。

どちらが真のヒーロー使いか決着をつけるべく、十代VSエドのデュエルがはじまった。十代は「フレイム・ウィングマン」で先制攻撃。するとエドは、すぐにおなじ融合素材から「フェニックスガイ」を召喚し、あいうちをねらう。さらに戦いは、「シャイニング・フレア・ウィングマン」VS「シャイニング・フェニックスガイ」の上級融合Ｅヒーローの戦いになるが…。

十代ＶＳエドのデュエル。エドはフィールド魔法「幽獄の時計塔」を発動させ、ぶきみに運命の時をきざむ。さらに「Ｄヒーロー」シリーズのモンスターをつぎつぎと召喚。それはディスティニー（運命）にみちびかれた、Ｅヒーローよりも上級のモンスター群で、時間を自由にあやつるという。十代は自軍のヒーローを消されて数ターン先に飛ばされてしまうが…。

エドに負けた十代は、カードが白紙にしか見えなくなっていた。いっぽう、クロノスたちの命をうけ、吹雪が妹の明日香とデュエルすることに。吹雪は明日香を説得し、兄妹でコンビを組んで芸能界デビューしたいと考えていた。吹雪はフィールド魔法「究極のステージ衣装」を発動し、モンスターを3000ポイント上昇させる。しかし、衣装が大きすぎて身うごきがとれなくて…。

万丈目の前にあらわれた神秘的な男・斎王。ふたりはデュエルすることに。斎王は手札のカードをテーブルにふせたままにし、万丈目にデッキをシャッフルさせて、引いたカードによって万丈目の運命を見通すという、まさにタロットのような戦いかただ。運命を絶対とする斎王と、運命をみずから切り開いていくという万丈目の対決。そのゆくえは…？

亜空間をさまよう十代。フレンドリーなイルカ型宇宙人のみちびきで、かつて十代が子供時代に描き、海馬コーポレーションが宇宙に打ち上げたイラストカードに再会する。それは宇宙意思の力により、完全なるカードに進化していた。そして十代は、敵性宇宙生物とデュエルすることになるが…。

イエロー寮長の樺山教授は、カレーをえさに、レッド寮に入りびたりっぱなしのティラノ剣山たちをイエロー寮に連れもどそうとする。そしてはじまる剣山ＶＳ樺山のデュエル。樺山は永続魔法「カレーポット」を発動させ、ニンジン、ポテト、玉ねぎを順にゲームから除外させて、ついに「カレー魔人　ルー」を召喚する。さらにルーの攻撃力は、スパイスカードにより4100にまで上がり…。

十代の留守中に、翔とティラノ剣山が、「十代の弟分」の地位をめぐってケンカをはじめた。そして、翔ＶＳ剣山の、アニキへの熱き想いをかけたデュエルが開始される。まず剣山の主力モンスター「ダークティラノ」が、翔にダイレクトアタックを決める。いっぽうの翔は、永続罠「サイバー・サモン・ブラスター」で、剣山のライフを少しずつうばっていくが…。

プロリーグでエドに負けて以来、カイザー亮は元気がない。そんなカイザーは、あやしいプロモーターにさそわれ、地下デュエルに出場することに。あらっぽい観客の前で行われる、体をはった見せもの的な要素の強いデュエルだ。そしてはじまるカイザー亮ＶＳ犬飼のデュエル。サイバードラゴンなどの機械族をサビつかせる「酸のラストマシンウィルス」により、カイザーはモンスター召喚を封じられた上に、ダメージを受けるが…。