デュエルが強くなれないことを気に病んで塞ぎ込むツトム。そんな彼の前に一枚のカードが。やがて、そのカードの中から“ミスターＴ”が現れる。闇を友にせよ、と言い、ツトムをダークネスの世界へと誘うミスターＴ。一方、デュエルアカデミアでは、鮫島校長から“卒業デュエル”の開催が伝えられた。下級生が卒業生に挑戦するルールだ。優勝者には、武藤遊戯のデッキのレプリカが贈られることを聞いた生徒達は、俄然、やる気に。早速、十代は空野からの挑戦を受けることになる。

偽ツトム達を追ってきたオブライエンの目の前で、偽ツトムの形は“ミスターＴ”へと姿を変えていった。童実野町の人々の行方を尋ねるオブライエンに、ミスターＴは「それを知りたければ、デュエルで聞くのだな」と答える。早速、デュエルを開始する。当初、オブライエンとミスターＴは互角のバトルを繰り広げる。ところが、途中から様相が一変する。ミスターＴと戦っていたハズが何と、オブライエンの前に彼の父親が姿を現した!?　そして、父親の言葉に翻弄され始めるであった。

ニセのオブライエン達に囲まれた十代。追るニセオブライエンを振り切り、走る十代。その時、ニセの十代が十代の行く手を塞ぐ。“ダークネス”の世界へ誘いをかけてくるニセ十代達。間一髪、トラックがすべり込んできて、フルフェイスのヘルメットをつけた男が十代を救う。その様子を見つめる複数のミスターＴ。フルフェイスの男に連れてこられたのは、“海馬コーポレーション”であった。男がヘルメットを取ると、何と十代の目の前に斎王が現れた。ホッとしたのも束の間、斎王は十代にデュエルを申し入れてきたのであった。

海馬コーポレーションには、斎王によってトラップが仕掛けられており、十代は脱出することができない。そんな状態の中、妹・美寿知を人質に取られている斎王は、彼女を救うため、執拗に十代へ攻撃をかけてくる。一方、十代は、斎王が十代のデッキに仕掛けた“愚者の種蒔き”によって、思うように攻撃ができないでいた。苦境に立たされる十代。その時、十代の前に“ハネクリボー”が現れた。十代の脳裏にひとつの作戦が閃く。果たして、十代は斎王とのデュエルに勝機を見出すことができるのであろうか!!