オブライエンとの戦いの末、ついに覇王十代からもとにもどった十代。だが、覇王として戦った影響などから高熱を出し、たおれてしまう。看病するエドと亮は、モンスターにおそわれているクロノス教諭とエコーを見かける。エコーが落としたペンダントを見つけたエドは、そのペンダントの中にアモンの写真が入っていることに気づくのだった。
　亮・エド・クロノス・エコーたちが話をしていると、急に霧が発生。その霧が晴れると、そこはまったくちがう場所だった。そしてそこには、アモンが立っていて…。

エドVSアモン。アモンは「封印されしエクゾディア」を解放するため、手札補充の戦略でデュエルをしていた。それに気づいたエドは、手札を4枚しか持つことができない「フォースオブフォー」を発動する。あくまでもエクゾディアを手に入れたいアモンは「究極封印解放儀式術」を発動、「エコー」を生贄にささげる。そして、究極封印神「エクゾディオス」を召喚させるのだった。
　エクゾデォオスは攻撃するたびに「封印されし」と名のつくカードを墓地に送る。いっぽうエドも、「ディスクガイ」「ダイヤモンドガイ」「ダンクガイ」を生贄に、「ドグマガイ」を召喚し…。

アモンにやぶれ、エドを失ってしまった十代は、闘う気力をなくし、ただヨハンをもとめて前に進むことだけに精一杯。そんな十代を見た亮は、「ここでオレとデュエルをしろ」と言いはじめる。しかたなくデュエルをおこなう十代だったが、そのようすはいつもとちがう。亮のはげしい攻撃に対し、その場しのぎをするだけなのだ。そして亮は、十代が融合のカードを使えなくなっていることに気づき…。

十代が「融合」のカードを使えないことを知ったバオウが、デュエルをいどんできた。バオウは、「レベル包囲網ーグラビティ・ゲインー』を発動し、レベル4以下のモンスターが攻撃できないようにして十代を追いこむ。戦いの最中に合流した三沢とタニヤにはげまされた十代は、なんとかこのデュエルに勝利。だが、まだ「融合」のカードは使えないままだった。いっぽう、亮は地下デュエルの影響で心臓病にかかっていた。そんな彼の前にあらわれるヨハン。以前おこなった次元を超えた戦いの決着をつけようと、亮はヨハンにデュエルをいどむが…。

亮VSヨハンのデュエル。亮は「サイバー・ドラゴン」の2連打をヨハンに浴びせる。だがヨハンは、トラップカード「虹の行方」を発動して亮の攻撃を封じ、さらに究極宝玉神「レインボー・ダーク・ドラゴン」を特殊召喚し、攻撃する。追いこまれた亮は「サイバー・レーザー・ドラゴン」を召喚して反撃に出るが、「レインボー・ダーク・ドラゴン」の効果により破壊を無効にされてしまう。あきらめない亮は、ひたすら「レインボー・ダーク・ドラゴン」の破壊を行うデュエルを展開するが…。

亮との戦いで力を消耗したヨハンは、いったん十代の前からすがたを消し、ユベル城にもどる。だが、その最上階の玉座には、エクゾディアを手に入れたアモンが待っていた。自分こそが王であることを証明するため、ヨハンにデュエルをいどむアモン。そしてアモンVSヨハンのデュエルがはじまった。
　ヨハンは1ターン目から「降雷皇ハモン」を召喚。またエクゾディア対策として手札団殺を発動させる。そしてアモンは、「エクゾデュオス」を召喚し、対抗する。いっぽうそのころ、亮の戦いや三沢の言葉にはげまされて決意を新たにした十代が、ヨハンのもとにむかっていた…。

アモンVSヨハンのデュエルはつづく。ヨハンは3幻魔を融合した究極の幻魔「アーミタイル」を召喚し、アモンの「エクゾディア」召喚を封じた。だが、アモンはそれに動じることもなく、フィールド魔法「霧の王城」を発動させ、「霧の王」を召喚。逆に「アーミタイル」を消滅させるのであった。いっぽう、ヨハンのもとにむかう十代は、ユベル城にたどり着いていた。そこで十代が見たものは…。

アモンとの戦いに勝利し、力を回復したヨハン。そこにたどりついた十代は、ヨハンに取りついたユベルから彼を救出するため、「デュエルの力」を信じてデュエルディスクを展開する。そしてはじまる十代VSヨハン（ユベル）のデュエル。
ヨハンはアドバンスド宝玉獣「コバルト・イーグル」を召喚させる。いっぽう十代は、融合のカードをドロー。意を決して「融合」を発動させ、「フレイムウイングマン」を召喚し、攻撃するが…。

十代VSヨハンのデュエルはつづく。ヨハンは究極宝玉神「レインボー・ダーク・ドラゴン」を召喚させ、ネオスを破壊。ピンチにおちいる十代だったが、それをしのぎ、なんとか反撃に出る。その戦いの最中、十代は、ヨハンの魂が「レインボー・ダーク・ドラゴン」の中にあり、元の「レインボー・ドラゴン」にもどすことでヨハンを救出することができると宝玉獣たちから教えられる。そして、「アクアドルフィン」、「エア・ハミングバード・ネオス」を召喚させ、究極のトリプルコンタクト融合で「ストーム・ネオス」を召喚させるのであった。

ヨハンを救出するため、「超融合のカード」を使って「レインポー・ドラゴン」と「ネオス」を融合した「レインボー・ネオス」を召喚させた十代。無事ヨハンを救出することはできたが、「超融合のカード」がユベルのものとなってしまった。そして、最後の決着をつけるべく、十代はユベルとデュエルをすることに。いっぽう、翔もこの戦いの唯一の目撃者となるために、十代の後を追ってユベルのもとに向かう。そして、ついに十代とユベルのデュエルが開始。ユベルは、「サクリファイス・ロータス」を召喚するが…。

十代VSユベルのデュエル。ユベルへの攻撃はすべて相手プレイヤーへのダメージとなるため、苦しむ十代。意を決した十代は、自分の中で死んだ「覇王十代」の心をよみがえらせ、ユベルと向かい合う。そして、ネオスペーシアンたちの力を借り、ユベルに攻撃するが、ユベルもトラップカード「ゼロ・ホール」や「ヘイト・バスター」の効果で対抗するのだった。そんな中、ユベルはある呪文をとなえ…。

ユベル城屋上で、果てしなく続く十代とユベルの死闘。一進一退の闘いが展開される。お互いに様々なカードを駆使し、さらに、レインボー・ネオスを使って、何とか相手より優位に立とうと、闘いが繰り広げられる。やがて、十代がユベルの隙を突いて、追い詰めた、と思った瞬間、ユベルは第2形態から究極の最終形態へと変化していった。その名も“ユベル・ダス・エクストレーム・トラウリヒードラッヘ”。果たして、究極完全体に進化したユベルに十代は勝利することができるのだろうか!?