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アスタたちがファナと戦っていた頃、ファンゼルは、かつて所属していたダイヤモンド王国軍の前にひとり立ちはだかっていた。ファンゼルはその中に教え子だったマルスとラドロスの姿を見つける。　現在のダイヤモンド王国の政策とは対立する考え方を持ち、国を捨てたファンゼルだったが、以前は軍の参謀を務め、才能ある子供たちを育てる教育係をしていた。　目の前の教え子たちを説得しようとするファンゼル。だが構わず放たれたラドロスの攻撃をきっかけに、ファンゼルは、かつての教え子たちとの戦いを覚悟する。

森のあちこちで燃え盛る炎の消火を“水魔法”を使うノエルに任せたアスタ、フィンラル、バネッサは、海底神殿で戦ったヴェットと同じ“三魔眼（サードアイ）”のひとりファナと戦っていた。アスタはこれ以上ムダな戦いをしないためファナと話し合おうとするが、ファナは話を聞こうともせず、従えた火の精霊“サラマンダー”とともに強力な攻撃を繰り出してくる。　アスタたちがサラマンダーの放つとてつもない熱気におされて反撃もままならない中、さらにファナは、“炎魔法”とは異なる属性の魔法攻撃を仕掛けてくる。それはアスタにとって見覚えのあるもので……!?

アスタたちが魔女王と対峙していた頃、“白夜の魔眼”の一団とダイヤモンド王国の軍勢が魔女の森に迫っていた。森を破壊し魔女たちを傷つける敵の横暴を見かねたノエルたちは、これに対抗するため、アスタが戦えるよう腕の呪術魔法を解くよう魔女王に要求。アスタの持つ反（アンチ） 魔法の剣に興味を持った魔女王の力によって、アスタは元通り剣を握れるようになる。そしてアスタと仲間たちは、別方向から迫る２組の敵をとめるため、二手に分かれ、それぞれ因縁の相手に立ち向かう！

アスタの腕を治すため、アスタの剣の師匠、ファンゼルに助けを求めたノエルとフィンラルは、ファンゼルの婚約者ドミナの提案で、古代の“呪術魔法（じゅじゅつ　まほう）”を解除する方法を知る“魔女の森（まじょ　の　もり）”の女王、“魔女王（まじょおう）”のところへ行くことになる。　魔女の森出身のドミナの案内のもと、アスタを連れてファンゼルやファンゼルの教え子マリエラとともに目的地に潜入するノエルたち。ところが途中でアクシデントが起き、潜入がバレてしまう！　仕方なく強行突破で魔女王のもとにたどり着いた一同だったが、そこにはすでに先客がいた。それはドミナと同じく魔女の森出身のバネッサだったが……。

魔法騎士団入団試験を目指すアスタが、剣の特訓中に出会ったファンゼルに稽古をつけてもらってから数ヵ月後、アスタは、ヤミが団長を務める “黒の暴牛”団の一員となっていた。そんな中 “黒の暴牛”団のアジトに、偶然ファンゼルがやってくる。ファンゼルは、ノエルが魔法のコントロールのために使っている杖に見覚えがあった。それは行方知れずの婚約者ドミナが作った魔導具で、彼女の行方を知る手がかりをつかみ喜ぶファンゼル。ところがそこに再び、ファンゼルを狙う者が現れる！

アスタがその男ファンゼル・クルーガーと出会ったのは、魔導書（グリモワール） 授与式の少しあとだった。魔法騎士団入団試験に向け、唯一の武器である“反（アンチ） 魔法の剣”を使いこなす特訓をしていたアスタは、離れ離れになった婚約者、ドミナント・コードを探すファンゼルと偶然出会う。物体に纏わせた“風魔法”を剣のようにして使うファンゼルは優れた剣術の使い手で、アスタは彼の指導の下、さらなる特訓に励むことになる。　そんな中、ファンゼルを狙う者が現れる。

キテンの町での攻防が終わり、アスタがヤミ団長の紹介で、魔法帝（まほうてい）直属の回復魔道士（かいふくまどうし)、オーヴェンに両腕のケガを診てもらうことになった。オーヴェンはクローバー王国一の回復魔道士といわれる医者だが、そのオーヴェンからアスタに下された診断はあまりにも残酷なものだった……。　偶然そのことを耳にしてしまったフィンラルから事情を聞き、ショックを受ける“黒の暴牛（くろ　の　ぼうぎゅう）”団の仲間たち。それでもアスタは諦めも絶望もせず前を向こうとする。そんなアスタの姿に仲間たちは？

ダイヤモンド王国との戦いの最中、敵の副将ロータスの攻撃から、“金色の夜明け”団のヴァンジャンス団長を助けたヤミ団長。ヴァンジャンス団長と一対一で対峙したヤミ団長は、以前から心に引っかかっていたことを確かめるため、彼にいつもつけている仮面をはずすよう詰め寄る。
一方、人々を護って町中を駆け回っていたアスタたちはユノと出会うが、そこにフィンラルの異母弟、ランギルス・ヴォードが現れる。幼い頃から才能を認められ、エリート魔法騎士団“金色の夜明け”団の副団長にまでなったランギルスは、いまだにうだつの上がらない兄、フィンラルを見下していたが、そんな弟にフィンラルが言い放った言葉とは？

ダイヤモンド王国に攻め込まれたキテンの町を救うため、現場へと急行した“金色の夜明け（こんじき　の　よあけ）”団。彼らを援護すべく、ヤミ団長とともにアスタたちも現場へと駆けつける。　風の精霊であるシルフの「ベル」と協力し、より強力な魔法を使えるようになったユノは、ダイヤモンド王国の八輝将（はっきしょう）、ラガスと戦うことになり、両腕のケガで戦うことができないアスタはフィンラルやチャーミーとともに人々を避難させるため町中を駆け回る。　魔法騎士団員（まほうきしだんいん）たちがそれぞれの戦いを繰り広げる中、ヤミ団長が向かったのは？

魔法帝ユリウスから依頼された任務が終わり、報告のため、ヤミ団長とともに、アスタ、フィンラル、チャーミーが王都へとやってきた。ユリウスは無事に任務を終えた“黒の暴牛”団をねぎらうと、かつて、ヤミ団長を魔法騎士団員にしたときのこと、団長へと推薦したときのことをしみじみと思い出す。　そんなユリウスにヤミ団長は……？
一方その頃、隣国ダイヤモンド王国がクローバー王国へと攻め込む事態が発生。ダイヤモンド王国で最強といわれる“八輝将（はっきしょう）”を含む軍勢が押し寄せた“キテン”の町は騒然とする。