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激闘が続く“クローバー城”に、封じられていた古の魔法空間“影の王宮（かげ　の　おうきゅう）”が出現。嫌な予感を覚えたヤミ団長は、ジャック団長とともに王宮に乗り込もうとするが、行く手をエルフの民に転生した魔法騎士団員に阻まれてしまう。そこにラデス、サリー、ヴァルトスの３人と手を組んだアスタら“黒の暴牛”団の仲間が駆けつける！　襲ってくる騎士団員たちを転生魔法から解放しようとするアスタたちだが、そんな中、エルフの民として転生した“珊瑚の孔雀”団の団長、ドロシー・アンズワースがついに目覚める！

ミモザ、キルシュ、エンの三人が、エルフの民から、ヴァーミリオン邸で暮らす人々を守り避難させていた頃、国王がいる王宮に、エルフの民に転生したランギルスが現れた。国王の命を狙い、魔法で広間を空間ごと抉り取りながら迫るランギルス。そのすさまじい魔法に誰も恐怖する中、フィンラルが、ふたりの魔法騎士団団長・ヤミとジャックとともに駆けつけた！　弟との実力差を痛感するフィンラルは、ヤミ団長とジャック団長をサポートしながらランギルスを追い詰めてゆくが、フィンラルの捨て身の策もランギルスには決定的なダメージを与えられず……!?

兄であるノゼル団長やゾラとともに、生まれ育ったシルヴァ邸に駆けつけたノエルは、エルフの民・キヴンと戦うことになる。だがキヴンが放つ強大な魔力が邪魔をし、魔法をうまく使うことができない。それでも機転を利かせ、兄と連携しキヴンの魔法を封じるノエル。ところがそれも束の間、ノゼル団長が瀕死の重傷を負ってしまう。追い詰められるノエルだが、魔法騎士団員としての誇りと自信、兄姉を守りたいという強い思いが、ノエルに新たな魔法を発動する力を与えることになる。

フィンラルを連れ、ヤミ団長がエルフの民たちが集結しつつある王族の居住地にやってきた。だが、魔法騎士団団長のヤミであっても、強大な魔力を持つ複数のエルフの民を相手にひとりで戦うのは困難だと思われた。そこにジャック団長が現れる。フィンラルのサポートと息の合った攻撃で、次々とエルフの民たちを倒してゆくヤミ団長とジャック団長。だが、ライアや、甦った本物のエルフ族の長・リヒトがいる浮遊魔宮（ふゆうダンジョン）が王都にその姿を現し……。

“黒の暴牛”団のアジトに戻ったアスタたちが、アジトに残っていた“黒の暴牛”団の仲間たちと合流。ヘンリーが“組換魔法（くみかえ　まほう）”でつくり出した“黒の暴れ牛号（くろ　の　あばれうし　ごう）”に乗って王都を目指す！　一方、ヴァンジャンス団長の人格が完全に消え去ったことで転生を完成させたエルフ族のパトリもまた、最も憎むべき人間の“王族”を滅ぼすべく王都へと向かっていた。　そんな中、激しい憎悪によって死の淵から甦った者たちがいた――。

魔導書（グリモワール）から現れた新たな剣を手に、アスタがマグナたちのもとに駆けつけた。マグナやバネッサと協力し、転生魔法からラックを解放しようとするアスタだが、今のラックには以前にも増して強い魔力があり、激しい反撃にあうことになる。それでもあきらめず“もとのラック”に戻そうとするアスタたち。　果たして、アスタ、マグナ、バネッサは、その強い思いで、大切な仲間を取り戻すことができるのか!?

さらなる力をつけるため、バネッサに協力してもらい猛特訓に励んでいたマグナだが、そんなふたりが異変に気付き、ある町へと急行する。そこで町を破壊し人々を攻撃していたのは、エルフの民に転生した“黒の暴牛”団の団員・ラックだった。何とかしてラックを止めようとするマグナとバネッサ。だが別人となったラックはマグナとバネッサをも攻撃する。おまけに運命を変えることができるバネッサの魔法“運命の赤い糸（うんめい　の　あかいいと）”は、無条件で“黒の暴牛”団の仲間を守ってしまうため、ラックに攻撃を当てることができず追い詰められる。

エルフの民へと転生した“紫苑の鯱（しおん　の　しゃち）”団の団員が使う“毒草魔法（どくそう　まほう）”の毒に苦しむオルジや村人たち。何とかしてみんなを救いたいアスタとユノだが、魔法を解く方法が見つからない。そんな中、浮遊魔宮（ふゆうダンジョン）での戦いの最中、エルフ族の長・リヒトが床から引き抜いた剣がアスタの魔導書（グリモワール）から現れる。思わず手に取るアスタだが、剣には簡単には制御できないほどの強い力が宿っていた。驚き戸惑うアスタだったが、試しに剣をオルジに突き立てると――!?

エルフの民によって窮地に陥った故郷、ハージ村に、アスタとユノが帰ってきた。ふたりは浮遊魔宮（ふゆうダンジョン）から脱出したノゼル団長やノエルらとともに王都に向かう途中でハージ村の惨状を目にし、彼らの許しを得て故郷に立ち寄ったのだ。　村人たちを護るため、強大な魔力を持つエルフの民に立ち向かうアスタとユノ。ふたりを育てた神父のオルジ・オーファイは、立派に成長して帰ってきたアスタとユノを誇らしげに見つめるが……。

転生魔法の影響を受けながらも、ユノが奇跡的に自我を取り戻した。そんなユノとともに戦うアスタだが、ふたりの前に、ついにエルフ族の長・リヒトが立ちはだかる！　リヒトはアスタから奪った剣といつの間にか現れた剣を巧みに使い、アスタたちを翻弄。苦戦を強いられつつも、必死で渾身の攻撃を放つアスタとユノだが……!?
一方、最果ての地にあるアスタとユノの故郷ハージ村にも転生したエルフの民が現れ、“人間”たちへの復讐のため村人たちに襲いかかる！