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氷魔法を使うヒース・グライスとその部下から村人たちを守るために戦うアスタ、ノエル、マグナだが、強い魔力を持つ敵に苦戦していた。不意をついたアスタ渾身の攻撃も届かず、マグナの魔力も残りわずか。ノエルも防御に特化した新しい魔法“水創成魔法・海竜の巣（みずそうせいまほう・かいりゅう　の　す）”の発動には成功するが、村人たちを守ることに精一杯で……。　そんな中マグナが起死回生の策を思いつく。マグナの策は敵に一矢報いることができるのか？　そして、彼らの目的とは？

ヤミの命令で、アスタとノエルが、マグナとともに初任務のイノシシ狩りに行くことになった。無事任務を済ませ、依頼主である“ソッシ村”の村長・セイヒのところに向かう三人。ところがなぜか、村を覆う魔法の霧に行く手を阻まれることになる。戸惑いつつ魔法を斬ることができるアスタの剣で霧を斬り裂きながら先へと進んだ三人は、やっとのことでたどり着いた村の広場で目にした光景に、思わず絶句する。

魔法騎士団――　それは国中の人々が尊敬し憧れる、国を護る英雄たちである――　はずだが、新人のアスタはいまだに任務といえる仕事もなく雑用をこなす毎日。一方、黒の暴牛団の先輩たちも相変わらずのマイペースさで、“英雄”とはかけ離れた日々を過ごしていた。
そんなある日、新人のアスタとノエルに初任務が与えられる。それは、ヤミとマグナが気合十分で街に出かけたことから始まった――。

黒の暴牛団の一員として、狭いが初めて“自分ひとりの部屋”を与えられて大喜びのアスタ。マグナの案内でアジト内を見学することになったアスタは、すべてが物珍しく目新しく見えるアジト内にテンションは上がりっぱなし。その途中アスタは、もうひとりの新入団員、ノエル・シルヴァと出会う。王族出身だというこの少女は、アスタを「小虫」と呼び、なぜか突然マグナに水魔法をぶつけて謝らないなど、生意気で高飛車な態度でふたりを困惑させる。　だがノエルには、人には言えない秘密があって……。

団長であるヤミ自ら「最低最悪の魔法騎士団」と言ってのける黒の暴牛団のアジトへとやってきたアスタ。そこにいたのはアスタが呆気に取られるほどの個性を持った団員たち。さらには黒の暴牛団のローブを手に入れるため、炎魔法を使うマグナ・スウィングと “洗礼の儀”と称した勝負をするハメになる。魔法を斬り裂く力を持つ大剣を使って、マグナの炎魔法を斬ろうとするアスタ。だが、思った以上のスピードと威力で迫る魔法に焦るアスタは!?

すべての試験が終わった――。　魔法騎士団に入れるかどうかは各団長たちがその受験生を自分の団に入れたいかどうかで決まる。全課題で天才的なセンスを見せたユノは、すべての団長から入団を希望されるが、次期魔法帝の第一候補との呼び声も高いウィリアム・ヴァンジャンス率いる“金色の夜明け団（こんじき　の　よあけ　だん）”を選ぶ。ユノに遅れをとるわけにはいかないと考えるアスタだが、魔力を持たないアスタの入団を希望する団長はひとりもおらず……　そして、呆然と立ち尽くすアスタの前に、突然、黒の暴牛団のヤミが立ちふさがり……!?

初めて訪れた王都の賑わいに目を輝かせながら、アスタとユノは魔法騎士団入団試験を受けるため、試験が行われるコロシアムへと向かっていた。
訪れたコロシアムには、ふたりと同じように魔法騎士団への入団を夢見る大勢のライバルが集まっていたが、最果て出身のアスタとユノは、彼らの冷たい視線にさらされる。その中には、少しでも注目を集め、より有力な団に入ろうと考えるセッケ・ブロンザッザもいた。　そんな中、筋骨隆々で眼光鋭いひとりの男に因縁をつけられるアスタ。　身体能力には自信があるアスタでさえも威圧感と力で押さえつけるその男は、魔法騎士団のひとつ“黒の暴牛団（くろ　の　ぼうぎゅうだん）”団長ヤミ・スケヒロで……!?　

“魔法騎士団”――　魔法帝直属の九つの騎士団から成る戦闘に特化した魔道士軍団であり、国中の人々が尊敬し憧れる、国を護る英雄たちである。
魔法帝になるための第一歩として、まずは魔法騎士団の入団試験を目指すことにしたアスタとユノ。グリモワールを手にしたものの相変わらず魔法が使えないアスタは、手にした大剣を使いこなそうとさらなる厳しい特訓に励む。一方ユノは、四つ葉のグリモワールを使い、風魔法の腕をいっそう磨いていた。
――いよいよアスタとユノが入団試験に挑むときがやってきた。　家族のように過ごしてきた教会の人々に見送られ、ふたりの少年は、魔法帝になる夢を胸に、王都へと旅立つ！

授与式でユノが授かったグリモワールは、選ばれし者だけが手にできる幸運の“四つ葉のグリモワール”だった。それを狙う盗賊・レブチに襲われ危機的状況に陥るユノ。そこにアスタが駆けつけた。だが魔力がなく、授与式でグリモワールを手にできなかったアスタは、魔法で戦うことも防ぐこともできない。それでも諦めず戦うアスタ。そのとき、どこからともなく謎の “五つ葉のグリモワール”が現れ、その中から古い大剣が!?　手にした大剣でレブチに立ち向かうアスタの姿を見たユノは、幼い頃からありえないことをやりとげてきたライバル、アスタとともに、魔法帝を目指した日を思い出す――。

そこは、誰もが“魔法”を使える世界――　“クローバー王国”と呼ばれる国に、最強の魔道士“魔法帝（まほうてい）”を目指すふたりの少年・アスタとユノがいた。
最果ての地“ハージ村”にある教会に、同じ日に捨てられたアスタとユノは、それからずっと兄弟のように過ごしてきた。ところがなぜかアスタは、いつまでたっても魔法を使うことができない。一方、同い年のユノは、すでに“風”の魔法を使いこなしていた。
“魔導書（グリモワール）”がもらえる年齢、15歳になり、いよいよ授与式の日がやってきた。アスタはグリモワールの授与で、自分に秘められた魔力が開花し、魔法が使えるようになると信じ胸を弾ませるが……。