BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

やっとのことでオオノキのところにたどり着いたボルトたちだったが、なぜかオオノキに協力を拒まれてしまう。それだけでなく、突如現れた“芥”たちと「空（くう）」と呼ばれる人物の襲撃によって離れ離れとなり、それぞれが別々に集合場所を目指すことになる。
その頃、コクヨウたちのアジトにいたミツキは、セキエイから“友達”として迎え入れられ、アジトの中を案内してもらっていた。

幼い“芥”にすっかりなつかれた様子のいのじんを緊急事態が起きたときのために残し、岩隠れの里を目指すことにしたボルトたちは、五影会談のときに知り合った先代の土影、オオノキを頼ることにする。何とかしてオオノキの居場所を探ろうと里の中に潜入したボルトたちだが、その様子をある人物が見ていた。
一方、木ノ葉隠れの里では、土の国に向かった先発の捜索班と連絡が取れなくなるなどの事態を受け、さらなる情報を得るために後続を送ることが決まる。その任務に自ら志願したのは、ミツキやボルトたち第七班の担当上忍（たんとう　じょうにん）である木ノ葉丸だった。

ミツキを連れ戻すことができないままボルトがケガを負い、ボルトとサラダは、シカダイたちとともに一旦避難することになる。だが、他国である土の国の近くにいる間は、突然の襲撃を受ける可能性もある。安全のため、付近の様子を探りに行くいのじんとチョウチョウ。その途中いのじんが、“土”から生まれたおかしな生き物（？）になつかれる!?　コクヨウたちに従う生体兵器“芥（アクタ）”によく似たそれを見て警戒する一同だが……？
そんな中、ケガの影響か、気を失ったままのボルトは、もうろうとする意識の中で夢を見ていた――。

自分を連れ帰ろうとするボルトたちと一緒に里には帰らず、ミツキはそのままコクヨウたちと行動をともにする。　そんな中セキエイのからだの具合が悪くなり、その症状は悪化して行く。苦しむセキエイを助けるため、コクヨウが仲間のところに行っている間、ミツキに「人間について教えてほしい」と言うセキエイ。　ミツキはそんなセキエイに人間についていろいろな話をする。
その頃、体調を崩した祖父、オオノキを見舞った四代目土影・黒ツチ（くろつち）は、謎の人物たちの襲撃を受ける。

ミツキを追うボルトたちの前に、コクヨウが立ちふさがった。　“強くなること”だけを求めるコクヨウは、木ノ葉隠れの里がミツキ捜索のために放った上忍たちをも倒すほどの実力を持ち、強さの追求のために手を抜くことなく、一方的にボルトたちを追い詰める。そこに頼れる助っ人が現れた！　何とかコクヨウを振り切ったボルトたちは、やっとのことでミツキに追いつくと、念願の再会を果たすことになる……。

“岩隠れ（いわがくれ）の里”の忍者、コクヨウやセキエイらに連れられ木ノ葉隠れの里を出発したミツキは、彼らの故郷“土の国（つち　の　くに）”を目指していた。
一方、白蛇仙人の力によって、ミツキが岩隠れの忍者とともに土の国へ向かったという情報を手に入れたボルトたちもまた、ミツキを追って土の国へと向かっていた。
それぞれの思いを抱きながら、同じ地を目指す彼らは、無事に再会することができるのか？
先を急ぐボルトたちとミツキの距離が、少しずつ、縮まってゆく……。

何としても逆鱗を手に入れるため、協力してガラガを追い詰めようとするボルトたち。だが敵の居場所を敏感に察知し、相手を石に変えてしまう力を持つガラガに苦戦する。
戦いの最中、ガラガの動きにある違和感を覚えたボルトたちは、作戦を立て、やっとのことでガラガを追い詰めることに成功。そんな中、不思議な感覚にとらわれたボルトが垣間見たのは――？　そしてボルトは、ガラガにある提案をする。

白蛇仙人も手を焼く乱暴者の大蛇ガラガから、“逆鱗（げきりん）”と呼ばれるウロコを奪い取ってくるよう言われ、龍地洞を行くボルトたちの前に、とてつもなく巨大な蛇が現れた。この蛇こそガラガだったが、ボルトたちはその巨体と凶暴さに圧倒されピンチに陥ってしまう。
一方、木ノ葉隠れの里では、モエギの報告から、ミツキの失踪に里の重要機密を知り得る何者かが関わっている可能性が浮上し……。

白蛇仙人に会うため龍地洞を目指すボルトたち。だが、どこにあるのか、どんなところなのかもわからない場所を見つけ出すのは簡単ではない。あてもなくさんざんさまよい歩き、疲労も空腹も限界に達した頃、突如ボルトたちの目の前に龍地洞が現れ、謎の美女が出迎える。呆気にとられるボルトたちだが、白蛇仙人に会うためにはこの先数々の試練を乗り越えねばならず……。　果たしてボルトたちは、無事、白蛇仙人に会うことができるのか？

ミツキの手がかりを求め、大蛇丸から聞いた“龍地洞（りゅうちどう）”に棲む“白蛇仙人（はくじゃせんにん）”のもとを訪ねることにしたボルトとサラダの前に、モエギ率いる第十班が立ちふさがった。許可なく里を出たボルトたちが“里抜け（さとぬけ）”の罪に問われることがないように、何としても連れ帰ろうとする第十班。だが何があってもミツキに会って本当のことを聞き出したいボルトたちがおとなしく従うわけもなく、互いに策を駆使した戦いに突入することになる。