BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

木ノ葉隠れ（このはがくれ）の里で、最近世間を騒がせている“白夜団（びゃくやだん）”の仕業と思われる事件が起こった。白夜団は金持ちから金銭や金目のものを盗み、困っている人々に配る“義賊”としてあちこちの里を荒らしまわっている盗賊団。義賊と言っても他人からものを盗み、ときには関係のない人々まで巻き込む彼らに嫌悪感を抱くボルトは、友達のシカダイに同意を求めるが、シカダイはボルトの言うことに「善悪で計れないこともあるんじゃないか」と答える。　一方、事件現場で奇妙なものを見つけたサラダは、犯人の手がかりをつかもうと考え……。

初任務以来、任される任務はすべて地味で簡単なものばかりだと不満気なボルト。そんなボルトと第七班に「銀行立てこもり犯人を捕まえろ」という任務が言い渡された。久しぶりに派手に活躍できるとばかりに張り切るボルトだが、現場に駆けつけたボルトたちが目にした立てこもり犯は、最近、理不尽な理由で会社をクビになったばかりの気弱そうな男で……。　だがこの事件に、ある組織が絡んでいる可能性が浮上する――！

盗賊を装った忍者に伎璃がさらわれた。本来、下忍（げにん）であるボルトたちには他の忍者と戦うような任務は与えられないが、村人たちの依頼と木ノ葉丸の判断で、第七班は、“盗賊撃退”の任務を“伎璃の救出”に変更。初任務でいきなり強力な幻術使いや剣の使い手の忍者と戦うことになる。木ノ葉丸の指示に従い伎璃の奪還に成功するボルトたち。ところが、敵に木ノ葉丸がとらえられ、伎璃を守りながら、下忍の三人だけで戦わなければならなくなる。

“第七班”としてスリーマンセルのチームを組むことになったボルト、サラダ、ミツキが、上忍の猿飛木ノ葉丸（さるとび　このはまる）の指導のもと初任務につくことになった。任務を依頼してきたのはとある村で、内容は、最近たびたび村を襲う盗賊を撃退し二度と近づけないようにすること。早速村に向かったボルトたちは、村長だった父を突然亡くし、そのあとを継いだばかりの伎璃（キリ）と、まだ若い彼女を支える側近たちと対面するが、伎璃の話からこの任務が、最初の予定よりも厳しく難しいものになることが判明する。

もとは他里である音隠れ出身だが、ボルトたちと出会い、自分自身の意志で木ノ葉隠れの忍者となることを決めたミツキ。そのミツキはかつてすべての記憶を奪われ、自分が何者なのか、何をしたいのかもわからないまま、見知らぬ研究所で目覚めたことがあった――。
ミツキがたびたび口にする“親”とともにある人物を追い詰めた過去。　その中でミツキ自身が選んだこと。　謎に包まれたミツキをめぐるさまざまな思いが明らかになる。

晴れて見習い忍者・“下忍（げにん）”としての第一歩を踏み出したボルトたちは、まず、任務を行うための基本チーム“三人一組（スルーマンセル）”の班を組むことになる。班分けはそれぞれの能力や相性によって行われるが、仲のよいシカダイと一緒の班を望んでいたボルトの期待ははずれ、シカダイは、いのじんやチョウチョウとともに父や母と同じ“猪鹿蝶（いのしかちょう）”トリオを組むことに。一方ボルトのチームメイトはサラダとミツキになる。これに不満を持つボルトとサラダは、唯一この決定を覆す救済措置“火影に直接、直訴状を手渡す”という方法に打って出る。

試験官のカカシのもとに一番乗りし、果敢に戦いを挑んだものの動きを封じられ、自分だけでなくクラスの仲間たちまで非難されたボルトは悔しさでいっぱいになる。そこに遅れてきたクラスメイトたちが合流し、みんなの手助けでボルトはカカシから逃れる。自分のふがいなさを思い、珍しく落ち込むボルト。そんなボルトにクラスメイトたちが喝を入れ、やっといつもの調子を取り戻したボルトはみんなにある作戦を持ちかける。
果たして、念願の“忍者”になるのは!? 　クラス全員がそろって卒業するための反撃が始まる！

いよいよ卒業試験が始まった。第一関門の筆記試験を終えたボルトたちは、次に実技試験に臨むことになる。その内容とは、先代、六代目火影・カカシとアカデミーの先生たちを相手に行う実戦形式の“鈴とり”だった。カカシが持っているたったひとつの鈴を奪うため、我先にと飛び出す生徒たち。だがカカシの護衛役の先生たちも、簡単には先に進ませてはくれない。そんな中、何とかカカシのもとに一番乗りしたボルトは、手加減なしのカカシに苦戦したうえ「お前は忍者に向いていない！」と冷たく言い放たれる。

卒業試験前に、それぞれの進路を確認する三者面談が行われることになった。だが“忍術科”で成績優秀なボルトは、授業で苦労したこともなく、“忍者”になることに特にこだわりもなく過ごして来たことに気づく。そんな中、卒業試験を控えたアカデミー生たちを取材しているというフリージャーナリスト・スケアと出会ったボルトは彼に協力することになるが、スケアは、ボルト自身が、“忍者”としての将来についてどこか気楽に構えていることに危うさを感じ、ある忠告をする。

ボルトは、「一度食べたら永遠に忘れられない美味しさ！」と言われる幻の魚“エイエンゴイ”を釣り上げるため、クラスメイトたちと一緒にキャンプにやってきた。もうすぐ卒業を控え、おそらくこれがクラスのみんなで集まる最後の機会になると考えるボルトは、思い出作りのためにも、何としてもエイエンゴイを釣り上げようとする。だが、“幻”と言われる魚がそう簡単に見つかるはずも捕まるはずもない。クラスメイトたちがあきらめ始める中、それでもあきらめたくないボルトは？