BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

自来也から出された課題をやり遂げるため、ボルトと少年のナルトは再び修業を開始する。徐々に成果も出始めうれしいふたりだが、そんな中ボルトは思い切ってナルトに、仲間だったサスケがなぜ、里を抜けたのかを聞いてみることにする。
一方、自来也から素性を疑われ言葉を失うサスケ。だが自来也は、危険な存在であるウラシキから本気でナルトを守ろうとしているサスケに「詮索はしない」と告げ、ふたりは協力してウラシキを倒し、ナルトを守る策を考えることにする。

自来也の提案で、ボルトと少年のナルトが“お互いのチャクラを同調させる修業”をすることになった。ところが思った以上に難しくなかなか先に進まない。さらに、修業の途中でボルトがふいに、先日見た光景を思い出してしまったのをきっかけに気まずくなるふたり。そんな中、偶然ネジと出会ったボルトはネジに話を聞いてもらうことになる。　一方、すっかり気落ちし、ひとりでたたずむ少年のナルトを見たサスケは放っておけなくなり……？

ナルトが秘める“九尾”のチャクラを奪うため、ついにウラシキが少年のナルトの前に現れた。ところがなぜかチャクラを奪い取れず、ウラシキはやむをえずナルトを連れ去る。ナルトを救出するため自来也とともにウラシキを追うボルトとサスケだが、その途中サスケと自来也は、悪意に満ちた九尾のチャクラがあふれ始めたことに気付く。そして、たどり着いた場所でボルトは、禍々しく恐ろしいものを目にすることになる――。

ボルトとサスケが、少年のナルトや自来也の監視のもと木ノ葉隠れの里で過ごすことになった。ところがサスケと自来也がどこかに行ってしまい、ボルトはナルトとふたりきりに。　最初は何となく居心地の悪さを感じるボルトだが、次第にナルトと打ち解けてゆく。そんな中、中忍になったシカマルをリーダーに、サクラやヒナタ、ヒナタの従兄（いとこ）の日向ネジたち下忍に特別に招集がかかる。ボルトもナルトに誘われ指示された集合場所に向かうが、そこは……!?

ウラシキを追う途中、大筒木一族が使う奇妙な道具の力に巻き込まれたボルトとサスケは、ボルトが生まれるずっと前――　“過去”の木ノ葉隠れの里にやってきた。
ウラシキを追跡中にたどり着いた思いがけない場所に驚くボルトとサスケ。だがそこにウラシキの姿はなく、ボルトは初めて目にする風景に興味をそそられる。サスケは敵の動向がわからない今は慎重に行動すべきだと考えるが、ボルトはどこ吹く風で。　そんな中ふたりの前に現れたのは子供時代のナルトと師匠の自来也!? 　さらにボルトとサスケは、里に現れたよそ者として尋問を受け……？

尾獣のチャクラを狙うウラシキが木ノ葉隠れの里を襲撃。度重なる戦いによって多くの忍者がチャクラを奪われ戦闘不能に陥った。下忍たちにもウラシキの襲撃に対抗するための任務が与えられるが、つい先日ウラシキと接触し命を狙われたボルトには任務に出る許可は下りない。悔しいボルトは火影である父のナルトと言い争いになるが、そんな中、ウラシキを発見したとの報が入り、里の忍者がそろって追跡を開始。だがなぜかウラシキはこれを見てほくそ笑む。

父ナルトのかつての師匠、自来也（ジライヤ）の話を聞いたボルトは、自来也について知りたくなる。そんな中、師匠のサスケに修業をつけてもらおうと、うちは家を訪ねたボルトがサラダにそのことを話すと、サラダは自来也の著書“イチャイチャタクティクス”のことを思い出す。　作家の人柄を知るためにはその著書を読んでみるのが手っ取り早い。ということで、早速本を探し始めるボルトたち。　五代目火影・綱手（ツナデ）や大蛇丸とともに「伝説の三忍（でんせつ　の　さんにん）」と呼ばれた偉大な忍者、自来也が書いた“イチャイチャタクティクス”とは!?

ボルトたちが木ノ葉隠れの里に連れてきた守鶴が、しばらくの間うずまき家で過ごすことになった。ウラシキの目を逃れるため、不本意ながら小さな茶釜に入ったままうずまき家を訪れた守鶴。それを見たヒマワリは「シュカーク」と呼びすっかり気に入った様子だが、守鶴のほうはうっとうしくて仕方がない。そんな中、ナルトの七代目火影就任式の日にヒマワリが、ナルトだけでなくナルトの中に封印されている九尾（きゅうび）の尾獣“九喇嘛（クラマ）”にまでダメージを与え、そろって動けないようにしたという話を聞いた守鶴は、あることを企てる。

作戦を実行したボルトたちだったが、ついにウラシキに追いつかれてしまう。守鶴のチャクラを手に入れようと、容赦ない攻撃をしてくるウラシキに立ち向かうため、それぞれが得意とする術を駆使した共闘を開始するボルトとシンキ。だがウラシキは、サスケや我愛羅でさえ倒せなかった強敵で、さらには異空間を行き来する能力を持っている。　果たしてボルトとシンキは、ウラシキに対抗するすべを見出すことができるのか!?

シカダイ母子と別れたボルトとシンキは、自分たちに託された役目をやり遂げるため、ふたりで木ノ葉隠れの里を目指していた。そんなふたりの前に、守鶴の行方を突き止めたウラシキが立ちふさがる！　この窮地に、協力し合い、何とかウラシキの追跡を逃れたボルトとシンキ。だが、敵は想像を超えた力を持つ大筒木一族のひとり、このまま無事に逃げおおせるとは思えない。そんなとき、ふとしたきっかけからボルトがある作戦を思いつき……。