BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

連れ去られたサクラを助けることを決意したサラダが、サスケやナルト、チョウチョウとともにシンのもとへと向かう。次々と現れるシンのクローンたちに苦戦しながらサクラのもとへとたどり着いたサラダは、ずっと会っていないにもかかわらず、信頼しあっているサスケとサクラの姿を不思議そうに見つめる。だが突然、動きを封じられた“親”のシンが、“子供たち”に侵入者の抹殺を命じ……。
ちゃんと想いがあって、気持ちがつながっていれば――　サラダが始めた、出生の秘密を知る旅の結末は？

シンの術によってサクラが連れ去られ、呆然とするサラダ。だが、感知に優れたナルトの能力を使っても居場所がつかめず、ますます不安にかられる。そんな中サスケが、シンの腕に埋め込まれた無数の写輪眼に注目。一同はシンの手がかりを求め、禁術の研究をしている木ノ葉隠れの大罪人・大蛇丸（オロチまる）の研究所を訪れる。そこで、あの古い写真に写る、父のかつての仲間、鬼灯水月（ほおずき　スイゲツ）や重吾（ジュウゴ）と出会ったサラダは、水月に頼んで、自分の母親のことを調べてもらうことにする。

父・サスケのいる“峠塔（とうげとう）”にたどり着いたサラダは、はやる気持ちをおさえながら塔の中へと入ってゆく。ところが、やっと出会えた父の思いもよらない行動と言葉に深く傷つく。父と娘の気まずい様子に耐え切れないナルトとチョウチョウは、何とかしたいと考えるのだが……。　そんな中、一同は、互いに “うちはシン”と名乗る写輪眼の父子に襲われる！
一方、サラダが父親に会いに行ったと聞き、娘のことを心配するサクラは……？

極秘任務で各地を旅しているサスケからナルトに、うちは一族特有の血継限界“写輪眼（しゃりんがん）”を持つ者の情報が届いた。だが今生きているうちは一族は、サスケとその血を引くサラダだけのはず。この報せに、急ぎサスケに会うことにするナルト。
一方、父・サスケを探し、“本当の母親”について問いただそうと考えるサラダは「本当のパパとママを探す旅に出る」と言い出したチョウチョウとともに行動を開始。ナルトがサスケと会うことを知り、あとを追いかける。ところがその途中、何者かに襲われ危機に陥る！

“火影岩（ほかげいわ）”にイタズラし、父親に追い掛け回されるボルトを見てあきれるサラダ。しかしそんなボルトを見てサラダは、物心ついたときから会ったことのない父・サスケのことを思い寂しくなる。母のサクラに話を聞いても何も答えてもらえずつい反抗的な態度をとってしまうのだが、そんな中、父・サスケと写るメガネをかけた若い女性の写真を見たサラダは、ある疑惑に駆られ真相を確かめてみたくなる。　――うちはサラダ出生の秘密が明かされる!?

ボルトの妹・ヒマワリがカゼを引き、ドタバタするうずまき家。そういえば前にもヒマワリのせいで大変なときがあった……と、ボルトは思い出す――。　それは、父・ナルトの火影就任式の日。その日ヒマワリは白眼を覚醒させ、ボルトとナルトは死ぬ思いをしたのだった……。　そして――　火影になったその日から、父はあまり家に帰って来なくなった。今、妹のヒマワリがカゼで苦しんでいるというのに、父親であるナルトは帰って来ない。父への怒りがこみ上げてくるボルトだが――。

母・サクラにかわり、サラダが入院中の女の子にお気に入りのぬいぐるみを届けることになった。ところがうっかりして、“雷車（らいしゃ）”の中にぬいぐるみの包みを忘れてしまい慌てて追いかけることに。雷車の座席ではなく屋根に乗って移動するボルトたちをバカにしていたにもかかわらず、自分自身が雷車の屋根に登ったりぬいぐるみを追いかけて必死で里の中を駆け回るハメになるサラダ。そんなサラダを見かけたチョウチョウの助言で遺失物センターを訪れたサラダは、無事に包みを受け取るのだが……。

アカデミーの定期試験が近づき、準備を始める生徒たち。成績次第では留年の可能性もあるが、忍術の実技が苦手なデンキは “チャクラを使った壁登り”に苦労し、筆記問題が苦手なイワベエは、相変わらず教科書の内容が理解できず苦労していた。そんなふたりのためにボルトたちが修業や勉強につきあうが、ますます混乱させるばかり。それでも、みんなと一緒に忍者になりたいデンキは留年を恐れるあまりムチャな修業をしてしまう。果たしてデンキとイワベエは、留年を逃れることが出来るのか!?

木ノ葉隠れの里を襲ったゴースト事件が解決し、あのときボルトに発動した謎の力が再び目覚めることはなくなっていた。大人たちはその後のさまざまな処理に追われ、事件を起こした者の処遇についても、追って結論が出されようとしていた――。　里にもアカデミーにも、いつもの日常が戻りつつあったが、そんな中、ボルトやクラスメイトたちには、ひとつ気がかりなことがあって……。

特殊部隊・暗部の中でも、さらに特殊な存在である“根”を創設した木ノ葉隠れの元幹部・志村（しむら）ダンゾウ――　今回の事件の首謀者は、今は亡き彼の意志を受け継ぐ者だった。
不思議な“眼（め）”の力で異世界へと入ることができたボルトは、魔獣・鵺の力を利用した兵器“牛頭天王（ごずてんのう）”による里の壊滅を狙う相手を目の前に必死の説得を試みるが……。　ボルトの思いは過去からの呪縛を解き放つことができるのか!?