次郎長をかぶき町に妄執させていたお登勢が消え満足する平子。彼女がいなくなり四天王勢力の均衡が崩れた今、かぶき町では戦争が始まろうとしていた。
一方、お登勢の安否を見守る万事屋一行のもとへ西郷が現れ、自分達の店が四天王勢力によって打ち壊される事を告げられる。居場所を奪われる彼らに、この町を去るように促すが・・・
そしてスナックお登勢の立ち退きの日がやってきた。

溝鼠組の構成員に手を出し窮地に立たされた銀時らは、全ては次郎長にかぶき町の天下をとらせるための策略に巻き込まれたことを知る。そして黒駒勝男も属する次郎長一家は、この町を手に入れるために既に動き出していた。
最初に狙われたのは次郎長が最も忌み嫌う人物、お登勢。彼女を救える方法はたった一つ、
銀時が次郎長一家に入ること！要求を呑まなければお登勢が狙われ、自分も命は無いと決断を迫られた銀時が下した決断は・・・。

ならず者ばかりが集まる町、かぶき町。
ここは四天王と呼ばれる四つの巨大勢力が、互いを牽制し均衡を保っている状態だった。
その四天王の一人、女帝お登勢。
勢力を持たない彼女が四天王に君臨し他の勢力に対抗できる理由・・・それはかぶき町最強の男が側にいるからに他ならない。そんな中、銀時のもとへ万事屋一家の舎弟にしてほしいと一人の女の子が現れる。彼女はもと植木蜂一家、「人斬りピラコ」の異名を持つ椿平子だった。

「劇場版銀魂　新訳紅桜篇」の大ヒットを受け再開したテレビシリーズも、はや２ヶ月が経とうとしていた。
だが油断することなかれ、「いつまでもあると思うな親とアニメ銀魂」前回のシリーズの反省を決して忘れてはいけない。

万全の護衛体制で滅殺仕置き人たちを迎え撃つ全蔵と万事屋一行。
しかし敵の気配が迫る最悪の事態の中、銀時らは買出しに出かけてしまい、全蔵の計画は台無しに！
一足先に屋敷に戻り、居眠りをこく神楽と定春の元に第一の刺客、寝込み専門の殺し屋の魔の手が忍び寄る・・・はたして最強の仕置き人ＶＳ必殺万事屋の戦いの行方はいかに！！

万事屋のテレビが壊れた！と、思ったら中にさっちゃんが潜んでいた。
銀時は定春にテレビごと捨ててくれと頼むが、その拍子にさっちゃんの大事な眼鏡が壊れてしまう。銀時は渋々さっちゃんに新しい眼鏡を買ってあげるものの、それはあきらかに度数が合っていない瓶底眼鏡だった。銀時からのプレゼントに喜ぶさっちゃんだったが、そのせいで始末屋稼業に失敗したため、責務を問われ消される危機に陥る！

どうやらキャサリンに恋人が出来たらしい･･･。全く信じない銀時だったが、恋する乙女の美しすぎる変貌を目の前にして動揺を隠せない。
相手はスナックお登勢の常連客の、末次郎という実業家。キャサリンは彼と一緒に店を出すことを決意しかぶき町を去ることに･･･しかし、お登勢は祝福どころか「そのツラ、もう見ないですむと思うと清々する」と冷たくあしらう。そして別れの日がくるが･･･。

「食事はバランスを考えろ」
ある日山崎は街で娘とぶつかりあんぱんを拾ってもらう。
「あの･･･あんぱんお好きなんですか？」と娘から問いかけられる山崎。
その娘は山崎の張り込み対象の居酒屋女主人・楢崎幸だった。
土方は山崎に、幸の弟・鈍兵衛が悪の組織に追われて逃げ込んでくると言う。
鈍兵衛と幸との接触をひたすらあんぱんを食べながら待つ山崎だったが･･････

「人は皆運命と戦う戦士」
断られると思いつつも妙を野球観戦に誘う近藤。
が、意外にも妙は野球が好きらしく、観戦デートの約束を取り付ける。
浮かれる近藤だったが、デートの待ち合わせ場所までの道中で苦難が次々に立ち塞がり大事な観戦チケットを落としてしまう･･･
そんなチケットを拾ったのはサチ子という少女だった。

「年賀状は筆ペンでいけ」
毎年、山のような年賀状にウンザリの銀時。
グチる銀時をよそ目に神楽と新八は年一回の仕分けを楽しんでいた。近況報告も兼ねた年賀状の中には馴染みの顔からも･･･
しかし差出人たちは年賀状でやりたい放題！宣伝、宣戦布告、グチ、偽造結婚報告、失踪者たちの行方を聞く者まで。そんな中、ネクロゴンドという妙なところからも年賀状が届いていた。差出人は失踪中の･･･！

「カカオよりココロ」
バレンタインなんて茶番はやめるべきだ！！と訴える万事屋の男子二名。
そんな彼らの傍らで、お妙に勧められてチョコを渡そうとする神楽がチャンスを伺っていた。
だが、いざとなると恥ずかしくてモジモジしてしまい勘違いされてしまう結果に。
そこで、月詠とさっちゃん二人の力を借りて一緒に渡すことにしたが･･･はたして三人はチョコを渡すことが出来るのか？

二年の月日が経過した世界。新八は自分以外何もかもが変わってしまった現実を受け止められずにいた。実は他にも二年後に取り残されていた人物が･･･真選組の土方もその一人だ。
新八と土方は現状を、ツッコミというポジションを忘れてこの世界をボケの飽和状態にした自分たちへの罰だとうなだれる。これから何も変わらないであろう世界に絶望を感じる二人の前に、あるニュースが流れ始める･･･