父の墓前で道場復興を宣言するお妙。
すると後ろから聞き憶えのある声が…。
そこには恒道館かつての塾頭・尾美一の姿があった。
ターミナルの転送装置爆発事故以来、消息不明だった尾美の突然の来訪に驚きながらも、喜ぶ新八とお妙。
乗り気ではない銀さんと神楽を巻き込んで、道場再興計画が始まる!?

事件は収束に向かい、定定は罪に問われることとなった。冷たい牢の中、とある男が定定を訪ねて来る…。一方、傾城鈴蘭の約束を果たすため、銀時たちのとった行動とは!？

朧との死闘の際、身体の自由を奪われた銀時。定定によって、負傷した六転舞蔵を背負った新八たちも敵の攻撃により窮地に追い込まれてしまう…!!

幕府要人暗殺の濡れ衣を着せられた銀時たちは、真選組の手引きで牢を脱出。そよ姫を人質(!?)に黒幕のいる本丸へと乗り込むが…!!

神楽のおかげで難なく城に潜り込んだ銀時たち。厳重な警備の目をごまかす為、缶蹴りをすることになるが、銀時の蹴り上げた缶が不運にも…！？

月詠の紹介で、伝説の花魁・鈴蘭から逆指名された銀時!!
鈴蘭を迎えるべく入念に準備をするが、そこに現れたのは噂とはほど遠いひとりの老婆だった。
そして銀時は彼女の想い人の話を聞かされる…

かぶき町中の住人を敵に回したかに思われた銀時。だが、銀時の仲間達は次々に銀時のことを思い出し、形勢が逆転したかに見えた・・・しかし金時から恐るべき計画の全貌を聞かされる。
銀時ＶＳ金時の戦いはついに最終局面に突入する。

新八達から銀時の記憶を早く呼び起こそうと単独行動に出るたまの目の前に突如金時が現れる。
たまが洗脳されない事実を知る金時は、彼女を追い詰める。間一髪銀時に助けられるが、怪我を負い、静かに目を閉じるたま・・・銀時の表情は一変する。
一方、金時はかぶき町中に、たまが銀時にやられたと知らせまわる・・・今、金時による弔い合戦が始まろうとしていた。

誰も自分のことを覚えておらず路頭に迷う銀時は、たまと定春に助けられる。
たまから金時は、銀時の弱点を全て克服した源外の作ったプラモデルという事実を知る。
金時の目的は、かぶき町の住人の持つ銀時の記憶を抹消して、本物の万事屋リーダーになり代わること・・・銀時はたま、定春と一緒に完全超人たる金時を倒すため、仲間を取り戻す事を決意する。

半年ぶりの出番とともに万事屋に戻ってきた銀時。しかし、彼を出迎えるのは、新八と神楽、そして見知らぬ金髪ストレートヘアーの男性、坂田金時。
うっかり他人の家に間違ってお邪魔してしまったと思い、その場を後にする銀時・・・が、そこは紛れも無く自分の家。新八と神楽は、銀時のことを覚えていない様子。
一体、銀時不在の間で何が起こったのか！？