鳳仙の元へ向かう途中、神威の部下・阿伏兎と遭遇した銀時たちは、凄まじい戦闘力を持つ夜兎族の力に圧倒される。新八と神楽に促され、ひとり鳳仙のもとへ向かう銀時。残った２人は必死に阿伏兎と戦うも、圧倒的な力の差に追い詰められるばかりだった。激闘の最中、兄・神威への思いと自分が戦う理由をあらためて見据える神楽だったが、新八のピンチを前に、彼女の様子が一変し･･････

吉原にやって来た神楽の兄、神威。宇宙海賊・春雨の第七師団団長である彼は、元団長であった"夜王"鳳仙と会談を始める。円満に話が進んでいるかに見えたが、次第に不穏な空気が流れ始め･･････。一方、神威とその部下による襲撃から逃れていた銀時たちは、月詠のアジトに身を寄せていた。

法の通じぬ地下遊郭都市・吉原桃源郷で最高の地位にいる遊女・日輪に会うためにスリを働いていた晴太。しかしそれは、幼い頃に生き別れた母親に会いたい一心での行為だった。晴太を日輪に会わせるべく吉原桃源郷に乗り込んだ銀時たちは、吉原自警団・百華の頭領である月詠に手荒い歓迎を受ける。

スリなどで生計を立てる少年・晴太は、道ですれちがった銀時から財布をスる。しかし、中身はほとんどすっからかんだった上に、自分の財布をスり返されてしまう。結局あっさり銀時に捕まり、スリの現行犯をゆすられてパフェをおごらされるハメに･･･。その後、スナックお登勢に連行され事情を問い詰められた晴太は「遊女に会うために金が必要だった」と明かし一同を仰天させる。

いつもの万事屋。新八と神楽が大掃除をしている最中、部屋に飾ってある額の裏から一枚の写真が落ちてくる。その写真には、何と銀時と謎の美女のツーショットが写っていた！「昔の女か･･･？」と勘ぐる２人。そこに買い出しから帰ってきた銀時が意外な真実を告げる。一緒に写っている女性は、かつての万事屋の準レギュラー的なポジションだったと言うのだ。新八と神楽がやって来る以前、銀時がまだ万事屋を始めたばかりの頃の昔話が初めて明かされる･･･。

銀時への熱い想いが全く実らず、長らく放置されていたさっちゃんがついに攻勢に出る。糖分大好きな銀時の気を引こうと、ケーキを利用したアタックを試みるが、当然の如く失敗。そんな彼女の前に偶然近藤が通りかかる。彼もまた、お妙への恋心がいっこうに成就せず、いいようにあしらわれる（どころか使い走りをさせられている）人物だった。お互い「自分の方が相手に想われている！」と罵りあう２人。両者一歩も引かぬ口論の末、どういう訳か、互いに互いの恋のキューピッド役をすることになり･･･。

相変わらずダメな生活を送っているマダオ（まるでダメなオッサン）こと長谷川。別居中の妻･ハツとの電話中、会話の流れで彼女を家に招くことになってしまう。しかし諸々の不幸が重なり、堕ちに堕ちた長谷川の住処は、今や公園のダンボールハウスだった！！　ハツに見栄を張って「結構いい部屋に住んでいる」ということになっている長谷川は、銀時の助けを借りて急遽いい物件を捜すことに･･･。

かつて、銀時の適当なアドバイスによってジャンプで絶大な人気を獲得し、アニメ化までされたマンガ「ギンタマン」。ジャンプ編集部の大藤は、そんな人気作の担当を小西から引き継いだ･･･のだが、今やその人気は衰退する一方だった！　絶望的ともいえるそんな状況にテコ入れを試みるべく、再び銀時が力を貸すことに！　大藤と小西、原作者というメンバーに特別ゲストを加えて繰り広げられる、激しいダメ出しと熱い議論。彼らがたどり着いた打開策とはいったい何なのか！？

タゴサクを自らの肉体に憑依させて閣下と化したお岩。彼女は怒りと悲しみに満ちた怒涛の攻撃で銀時を追い込んでいく。しかし間一髪、銀時もスタンドを憑依させて自らも閣下化することに成功。荒廃した幽霊宿を潰すため、全身全霊を賭してお岩に立ち向かう！

お岩の横暴に嫌気が差し、レイと組んで旅館を潰そうと考えた銀時。信長、秀吉、光秀（のスタンド）のブリーフトリオを利用して宿の評判を落とそうと画策するも、女将であるお岩に邪魔されてしまう。お岩の操る最強のスタンド・タゴサクのパワーに圧倒される銀時だが、生きながらにしてスタンドとなった新八らの助けも借り、宿の客を次々と成仏させていく。そして自身と宿の運命を賭け、ついにお岩との一騎打ちに突入するが･･･。