謎の天人によってドライバーに改造された体を元に戻すため、奴らが潜んでいると思われるネットゲームをプレイする銀時たち。開始早々ゲーム内の秩序を乱したあげく強敵に襲われた３人は、大ピンチの所をあるハンターに救われる。歴戦の勇者のような風情をかもし出すそのプレイヤーの正体は、なんと銀時たちと同じくゲーマー星人に改造された、ある人物だった！　さらにその後ドライバー化した知り合いに次々と出会った一行は、天人の情報を得るべくゲーム内を奔走するが･･･。

ある日の万事屋、いつも通りダラダラと過ごしていた銀時たち。しかし、ふと気がつくと新八の指がプラスドライバーに改造されていた！　どうやら天人の仕業らしいが、突然の理不尽な出来事に怒りが収まらない新八。さらに、何と神楽と銀時までもが改造されていた事が判明。一同はどうにかして犯人の天人を捕まえようとするが、手がかりは「奴らは今人気のネットゲームにハマっているらしい」ということだけ。天人を見つけ出して元の体に戻してもらうため、３人はさっそくゲームをプレイするが･･････

寿司屋で厳しい修行を重ね、ついに店を任されたという長谷川に招待された銀時たち。食べ放題と聞いてうかれる一同だが、実は長谷川の力量には重大な問題が！　困り果てる彼を見かねて、仕方なく一同は店を手伝うことに。全くの素人の銀時たちは、各々の技術を駆使してなんとか寿司を握ろうと奮闘するが・・・。

沖田の提案で、真選組屯所が全面禁煙化することが決定。ヘビースモーカーの土方は必死に抵抗するが、隊士たちの意見に押されてしぶしぶ了解することに。せめて街中で一服しようと外回りの最中にタバコに火をつけるが、近ごろはどこもかしこも禁煙、禁煙、禁煙・・・。世の中の風潮か、喫煙者への風当たりは強くなる一方だった。さらに、松平の提案で江戸全域に渡って禁煙令が施工され、いよいよ追い詰められた土方の取った行動とは！？

大江戸中を巻き込んだ乙姫の恐るべき計画も、ついに最終段階へ突入する。彼女の野望を阻止するため、奔走する銀時、桂、新八、神楽ほか･･･。彼らの戦いの行方は？　そして、地球の運命やいかに！？

竜宮城に秘められた過去と、乙姫の恐ろしい計画を知った一行。その野望を阻止できるのは、もはや彼らしかいない。亀梨の提案で、一行は複数チームに分かれて乙姫のもとを目指すことにする。しかしチーム分けの途中で見張りに気づかれてしまい、いきなり窮地に立たされてしまうのだった。その頃、乙姫によって捕らわれていたお妙にも危機が迫っていた･･････！

竜宮城に行く途中に海に投げ出され、見知らぬ無人島に漂着してしまった銀時たち。遭難したものとばかり思っていた一同は生き残るために島を探索するが、その最中に亀梨と再会する。なんとこの島こそが竜宮城だったのだ。一方その頃、江戸の街には巨大な亀のロボットが出現。ＴＶのニュースでそれを知った銀時たちだが、亀梨によるとそれは竜宮城の主、乙姫がある計画を実行に移したためだという。

監視員の仕事で、海水浴客で賑わう浜辺にやってきた万事屋。仕事そっちのけで水着の女の子ばかり眺めている銀時と新八。神楽はというと、さっそく亀の格好をした怪しい人物・亀梨を発見しボコボコにしていた。水着の女の子を盗撮していたことがバレて必死に言い訳する亀梨だが、銀時たちは聞く耳を持たない。すると、亀梨は盗撮を見逃してもらうかわりに３人を竜宮城に招待すると言い出す。

娘・栗子がアルバイトの同僚に言い寄られていることを知り、大激怒の松平。娘から彼らを引き離そうと過激な作戦を実行に移そうとする。近藤や沖田もそれに同調し、過激さは増していくばかり、まったく収拾がつかない。見かねた土方は、同僚に栗子を諦めさせる役を買って出るが...。

新真選組屯所の掃除当番で、１週間便所を掃除することになった沖田ら一番隊。ぶつぶつと文句を言いながら仕方なく便器を磨く隊士たちの中に、ひとり不満を漏らさず嬉々として働く男、真新選組内でもキレイ好きで有名な隈無清蔵の姿があった。彼がは隊士たちに便所掃除の大切さを呼びかけるも、一番隊の面々は全く掃除のやる気を起こさない。あまりの便所の汚さに業を煮やした清蔵は、土方に厠の改善"厠革命"を進言する。