マスター・ファンの本には、「偉大なる魂」を手に入れる秘密が書かれているという。コナーは図書館でその本を借りて読もうと張り切るが、本は消えていた。

オオカミ団が謎の山に入り込んだ。賑やかに遊ぶオオカミ団に眉をひそめたアン・ユーは、笛を使ってオオカミ団を操り、犬のように躾けていて・・・。

ナイトニンジャがモンキー・グーの像を手に入れ、アン・ユーに姿を変えた。そしてパーティーをすると言ってパジャマスクの三人を謎の山に誘い出す。

ニンジャリーノたちがパワーを失い、技を使えなくなったと言う。話を聞いたグレッグは、ニンジャリーノたちにいい子の技を特訓することにした。

ルナ・ガールと楽しく遊ぶガルーキ。だが突然ルナ・ガールが姿を消してしまう。そこでガルーキはパジャマスクに助けを求めるが・・・。

コナーは「宇宙猫の冒険」というゲームに夢中。自分が主人公のニャー司令官になった気でいる。その時、ルナ・ガールから助けを求めるメッセージが届いて・・・。

コナーたちの元へ、ルナ・ガールが悪巧みをしているという手紙が届いた。夜になり、コナーとアマヤはすぐ調べに出かける。だがルナ・ガールは月の笛を吹いているだけで・・・。

記憶を取り戻したアマヤは、パジャマスクの大切な役目も思い出す。そしてルナ・ガールのことも助けようと決意し、ルナ・ガールと力を合わせてロミオと戦うことにする。

パジャマスクの記憶をなくしたアマヤ。コナーとグレッグは何とか思い出させようとするが、上手く行かない。諦めた二人はアマヤ抜きでロミオと戦うことに・・・。

月のクリスタルを奪おうと、ルナ・ガールの月の城へと侵入しようとするロミオ。
ルナを助けようと出動するパジャマスクだったが、戦っている途中でアウレットとルナがケンカをしてしまい・・・。