美術館のティーセットを盗み逃亡するルナ・ガールとガルーキ。
そんな2人を捕まえ、ティーセットを取り返そうとしゅつどうするパジャマスクだが、なかなかうまくいかず、逃げられてしまう。しかし負けじと必死にアウレットは追いかけて行って・・・。

パジャマスクの三人が謎の山へ行っている間に、ロミオが巨大なボールで基地を攻撃した。ミニボットと呼ばれて怒ったパジャロボはロミオを追い払おうと、パジャ探査カーで出動する。だが探査カーごとロミオに捕まってしまった。

空が苦手なグレッグは、水の中の戦いなら得意だ。堀にロミオがいることに気がついたグレッグはさっそく一人で調べに出かけ、ロミオが水のクリスタルを探しているのを知る。

アマヤは友達のジェニーとマリーをパジャマ・パーティーに招待した。だが蛾が現れ、招待状を一枚盗んでいく。ルナ・ガールの仕業だ。アマヤはコナーとグレッグに見張りを頼んでパーティーを始めた。

ロミオの発明品「赤ちゃんビーム」をガルーキが盗んだ。そしてルナ・ガールを赤ちゃんにしてしまう。慌てて追いかけたロミオも、調べに行ったパジャマスクの三人もビームを浴びて赤ちゃんになる。

ニンジャリーノたちが町の運河で暴れている。水の戦いが得意なグレッグは、自分がリーダーだと言い張り切って飛び出して行った。基地にいるコナーとアマヤが手伝うと言っても、一人で大丈夫だと聞こうとしない。

堀の水底でグレッグはクリスタルを見つけた。そのクリスタルを持って違う場所を思い浮かべると、そこへテレポートできる。クリスタルはなぜかグレッグの手に貼りつき、他の誰も使えなかった。

ニンジャリーノたちが次々に姿を消した。怯えたナイトニンジャはパジャマスクに助けを求める。アン・ユーも謎の山で不思議な現象が起きていると言いに来た。アマヤは両方を手伝うと言うが、ナイトニンジャは不満顔だ。

今日は学校のイベント「海賊の日」。ところが海賊の旗を何者かに盗まれ、中止になってしまう。パジャマスクの三人は海賊となって犯人を探すことにした。

パジャロボがロミオの空飛ぶ工場を倒す作戦を思いついた。フライボットをリモコンで操作していいロボットに変えるのだ。パジャロボはフライボットを次々と味方につけ、パーティーのやり方を教えた。フライボットが楽しく遊んでいれば、ロミオも悪いことはできないはず・・・。