遊☆戯☆王ＡＲＣ-Ｖ

ついに舞網チャンピオンシップが開幕する。出場デュエリストたちが着々と準備を進める中で遊矢は、父・遊勝の言葉を思い出していた。いよいよ開会式が始まり、ＬＤＳの北斗、真澄、刃をはじめ、各塾の代表ともいえる強敵が続々と会場に姿を見せるが、その中にはなんと遊矢の周囲で騒動を巻き起こしている謎の男の姿もあったのだった…。

選手権出場を賭け、親友・権現坂と対峙する遊矢。プロへの道と親友への想い…その間で揺れる遊矢の前で炸裂する権現坂の「新たな不動のデュエル」！遊矢もまた、ペンデュラムの先に見え始めたかすかな光を頼りに、全力で権現坂にぶつかっていく！その時、闘いを見守る柚子や素良たちの想像をはるかに超えた遊矢のデュエルが幕を開ける！

デュエルを終えた謎の男の前に零児が姿を現し、一触即発の緊迫感に包まれていた。
一方、選手権出場を目指し3勝を手にした遊矢は、ラストを飾る一戦を前に気合を入れていた。この最終決戦にふさわしいと選ばれたデュエリストは、なんと権現坂…！権現坂もまた、選手権出場を賭けた大事な一戦。これまでの修行で得た新たな力を発揮する！

LDSでは零児を筆頭に、「襲撃犯」の追跡が続いていた。
恩師の仇を討つため必死になる真澄の前に「謎の男」が姿を現し、真澄、北斗、刃を巻き込んだ3対1のデュエルが始まろうとしていた…！一方、危険を察知し止めに入ろうとする柚子の前には「黒マスクの男」が現れ、この事件の真相を話し始める…。

不吉な予言にとまどいながらも必死の攻防を続ける遊矢だが、先を読むミエルの占いデュエルに戦略を封じ込められ、身動きが取れなくなってしまう。
遊矢はアクションカードでミエルの予言を振り払い、波に乗ろうとするが、なんとドローカードで躓いてしまう…。絶望する遊矢の脳裏に、謎のシルエットがよぎる…！

選手権出場を賭けた3戦目、遊矢を待つのは占いデュエリスト・方中ミエル！
開始早々、リバースモンスターを駆使するミエルのペースに翻弄されてしまう遊矢は、「先が見えない」という悩みまで言い当てられてしまう。そんな遊矢を尻目に、ミエルは得意の儀式召喚で遊矢に追い打ちをかけ、更なる不吉な予言をするのだった…！

選手権出場を賭けた4連戦で、2勝を手に入れた遊矢だったが、零児の言う「ペンデュラム召喚の進化の可能性」が見えないことに頭を悩ませていた。
一方、「LDS襲撃事件」の犯人捜しに躍起になっている真澄は、LDSの威信を賭け、特訓中の柚子と素良にデュエルを仕掛ける。しかしその時、あの男が姿を現す…！

遊矢と九庵堂の「クイズ・デュエル」はエクストラ・ステージへ！2人はそれぞれトロッコに乗り、クイズが仕掛けられたフィールドを駆け巡る！しかもクイズに不正解なら罰ゲームがあるという…。相変わらず不正解続きで疲弊気味の遊矢だが、そのリアクションに観客の心が奪われていく…。その変化に気付いた遊矢は逆転の一手を模索し始める！

選手権出場を目指す遊矢の二戦目の相手は、進学塾に通い「キング・オブ・クイズ」の称号をもつ「九庵堂栄太」。知識が求められるクイズ・フィールドでは、難問・奇問が次々と出題される！そんなクイズに全く答えられない遊矢をあざ笑う九庵堂。遊矢も思うようにデュエルを進めることができず、次第に焦り始める…。

遊矢が選手権出場を目指しているその頃、LDSでは零児による「ペンデュラム召喚」の研究が進んでいた。しかし、何者かによる三度目のLDS関係者襲撃事件が起きる。
強い危機を感じた沢渡の父親は、零児の制止を無視し、遊矢を追い詰める。逃げ惑う遊矢の前に、新たな「黒い影」が姿を現すのだった…！