全国大会の優勝者・インセクター羽蛾と遊戯のデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。

遊戯は祖父を救い出すため、ペガサス主催のデュエル大会に臨む。城之内も出場しようとする。彼には出場しなければならない事情があったのだ。

遊戯の元に届いたビデオ、それはデュエルモンスターズの生みの親ペガサス・J・クロフォードのものだった。千年アイテムを持つペガサスが闇のゲームを仕掛ける。

遊戯の祖父・双六が持つ超レアカード「青眼の白龍」を狙い海馬がデュエルを仕掛けてきた。倒れた祖父に代り遊戯が立ち向かう。