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施設の子供たちを守るために、復活したGo鬼塚は「剛鬼」による怒涛の攻撃で奮闘するも、Aiが呼び出した強力なモンスターにより一掃されてしまう。だが、不屈の闘志を燃え上がらせるGo鬼塚は、何度でも立ち上がりAiに挑み続ける。そんな姿を見たAiは、Go鬼塚に仲間を失った想いを口にする…。

ゴーストガールとブラッドシェパードを相手にトリッキーな戦術で２人を追い込むロボッピ。窮地(きゅうち)に立たされたゴーストガールは、ブラッドシェパードと協力して新たな切り札を呼び出し、反撃の態勢を整える。その一方で、Go鬼塚がオリジナルのAiを発見し、デュエルを開始する。

Aiと戦う決意を固めたPlaymakerは、財前を狙うAiを捜索する。しかし、見つけたのは時間を稼ぐために作られたコピーのAiだった。ほかの仲間たちも、現れたコピーAiとの戦いを繰り広げる中、ブラッドシェパードとゴーストガールは対戦相手を探していたロボッピと遭遇し、タッグデュエルを開始する。

SOLテクノロジー社の最高執行者・クイーンを襲撃したAiは、SOL社のシステム内部への侵入に必要なコードキーを奪うために財前に犯行予告する。これまで激闘を共にしたAiが人間を襲い始めた事実に、Playmakerは複雑な想いを抱く。一方で、リボルバーは対イグニス用AI「パンドール」を導入し、Aiとの決戦へと向かう。

Playmakerたちの活躍により、平穏が訪れた「Den City」。だが、その一方でAiはロボッピと共にSOLテクノロジ－社の船へと潜入し、最高幹部であるクイーンへの接触を試みる。Aiの目的とは…。

世界の命運をかけたボーマンとの激闘を終えたPlaymakerは、奪われた仲間たちの意識が解放されたことに安堵(あんど)する。だが、闘いによって力を使い果たしたAiや、ボーマンに取り込まれたイグニスたちが戻ることはなかった…。

「ニューロンリンク」の一部を破壊し、ボーマンのプログラム内へ侵入したAiは、その中で完全に取り込まれてしまった５体のイグニスたちを発見。 そのイグニスたちが残した最後の希望を、プログラム内から脱出したAiは、Playmakerへと託す。そしてボーマンとの闘いはいよいよ最終局面に突入、果たして人類とAIの未来は…。

ボーマンが「Data storm(データ・ストーム)」を作り出すために人間の意識を利用して起動させていた「ニューロンリンク」。ハノイの３騎士や財前・ゴーストガールによる命懸けの協力によって、ついに破壊される。しかし、すぐさま「ニューロンリンク」の復元を始めるボーマンを前に、さらに絶望的な状況に陥るPlaymaker。そんな中、Aiが危険な賭けに出る!!

「LINK VRAINS」の人々の意識を利用して「Data storm(データ・ストーム)」を作り出し、強力な「ハイドライブ」モンスターを召喚するボーマンに対して、Playmakerは打開策を見出せずにいた。それを見ていたハノイの３騎士たちは、状況を打開すべく動きだす。

Playmakerは仲間たちの想いを一身に背負い、イグニスを取り込んだボーマンと対峙する。だが、その一方で「LINK VRAINS」に閉じ込められたアバターが次々に倒れる謎の現象が起こり始める。すると突然、ボーマンは強大な「Data storm(データ・ストーム)」を巻き起こし、驚愕(きょうがく)のリンクモンスターを召喚する！

草薙仁を人質に取り、リボルバーの動揺を誘うライトニング。だが、その行為に失望したボーマンはライトニングを制止する。作戦に失敗したライトニングは、満身創痍(まんしんそうい)のリボルバーに向けて、鴻上博士にまつわる衝撃の真実を明かす…。２人の壮絶なデュエルがついに決着!!

それぞれのイグニスと人類がたどる未来に関してのシミュレーションにより、ライトニングの結果だけが人類とイグニス共に破滅の未来になるという真実を告げるリボルバー。デュエルにおいても優位に立ち、新たな「ヴァレルロード」を呼び出す。決着を付けようとしたその時、ライトニングは非道な手段に出る。