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草薙の弟である仁(じん)を襲った謎の人物を追いかけデュエルを挑むPlaymaker。しかし、謎の人物の使う未知なるカードによって苦戦を強いられる。勝利への糸口を探るPlaymakerは、Aiから手渡された新たなカードを使い攻勢へと転じる！

Playmakerの活躍で落ち着きを取り戻したものの、「ハノイの騎士」の計画により壊滅的なダメージを受けていた「LINK VRAINS」。そこでSOLテクノロジー社は、「LINK VRAINS」を再建し「新生LINK VRAINS」を公開する。生まれ変わったデュエルの世界に人々は歓声を上げ、再び活気に満ち溢れる。しかし、その「新生LINK VRAINS」では、ネットワークを救ったはずのPlaymakerに懸賞金がかけられていた…。

残り僅かなライフで耐え抜くも、ついに後が無くなってしまったPlaymakerとAi(アイ)。しかし二人はまだ諦めてはいなかった。リボルバーが作り上げた完璧な戦術を乗り越えるため、Playmakerは最後のドローに全てをかける。「ハノイの塔」の完成もいよいよ目前、果たしてリボルバーとの闘いに勝利し計画を止めることができるのか!?

リボルバーの猛攻が続く中、幾多もの「コード・トーカー」の力を使って反撃の体制を整えたPlaymaker。しかしリボルバーは、エースモンスター「ヴァレルロード・ドラゴン」でそれを迎撃。人知を超越する「究極の布陣」を作り出し、Playmakerを絶望の淵へと追い込む。

イグニスに隠された真実と「ロスト事件」の真相を知ったPlaymakerは、「ハノイの塔」の完成を止めるようにリボルバーを説得する。しかし、彼の想いはリボルバーには届かない。窮地へと追い込まれたPlaymakerは、新たなエースモンスターに最後の望みを託す！

デュエルの最中、リボルバーの正体に気付いたPlaymaker。しかし、「Data Storm」内で突如発生した衝撃の影響で強制的にログアウトをさせられてしまう。「Den City」へと戻った遊作は、「ハノイの塔」の完成を止めるべく現実の世界でリボルバーがいると思われる場所へと向かう…。

リボルバーが操るリンクモンスターの強襲を耐え抜いたPlaymakerは、「ハノイの塔」の中心部にうごめくモンスターの気配を感じ取る。そして内部へと突き進み、勝敗を懸けて決死のドローに挑む！

完成が目前となる「ハノイの塔」を前に、ついに宿命の敵リボルバーと対面したPlaymaker。ネットワークの崩壊が迫る世界の命運、そして「ロスト事件」の真実を懸けた二人の最終決戦が今始まる…。

リボルバーの戦略によって次々にモンスターを破壊されるGo鬼塚。しかし不屈の闘志で立ち上がり、絶体絶命の窮地を乗り越えて最強のエースモンスター「剛鬼ザ・ジャイアント・オーガ」を呼び出す！

「LINK VRAINS」のあらゆるものを次々に飲み込み、完成へと近づくハノイの塔。タイムリミットが迫る中、塔を目指すGo鬼塚はリボルバーと対面する。そしてGo鬼塚は、「LINK VRAINS」の崩壊を目論み、人々を混乱の渦に巻き込むリボルバーに対しデュエルを挑むのであった。

「ハノイの塔」の脅威が刻一刻と「LINK VRAINS」へと広がる最中、リボルバーはこれまでの戦いの中で、より覚悟を強くしていった。そして鴻上博士の想いを受け継ぎ作戦を遂行(すいこう)するために動き出す。

エースモンスターの「エクスコード・トーカー」で「聖蔓(サンヴァイン)」の猛攻に耐えるPlaymaker。彼を仕留めるべく、「聖天樹(サンアバロン)」はいよいよ最終段階へと成長。恐るべき効果を手に入れPlaymakerに襲い掛かる。絶体絶命のPlaymakerにスペクターがとどめの一撃を放つその時、Playmakerは…。