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驚異的な進化を遂げたボーマンは、新たな「ハイドライブ」の戦術を見せる。対するPlaymakerは、これまでのボーマンとの闘いから戦術を予測し、Aiの助言を受け入れて攻め込む。研ぎ澄まされた読み合いの中、２人の闘いは激化する！

人類とイグニス、お互いの共存を目指すPlaymakerの想いもむなしく、リボルバーの襲撃によって対立の意思を固めた光のイグニスは、人類に対して宣戦を布告し、人々をイグニスの支配下に置くために動き出す。さらに光のイグニスと共闘するボーマンが現れ、イグニスの使命を全うするためにPlaymakerへ闘いを挑んでくる。

ウィンディの巧妙なデュエルに追いやられていくリボルバー。そして闘いの中で、ウィンディに秘められていた凶悪な一面が明らかとなる。イグニスの真意を知るリボルバーは、父である鴻上博士の目的を遂行するため、新たな戦術でウィンディに勝負を仕掛ける！

イグニスを殲滅するために、ウィンディたちの居場所を襲撃するリボルバー。人類とイグニスの争いを止めようとリボルバーを説得するPlaymakerだが、その言葉は届かずリボルバーはウィンディとのデュエルを開始してしまう…。

デュエルディスクから突如姿を消したAi。その原因が他のイグニスにあると突き止め、Aiを捜索するために「LINK VRAINS」へと向かったPlaymakerは、光のイグニスと遭遇する。そこでPlaymakerは、光のイグニスの目的、そしてサイバース世界の崩壊に隠された真実を知る！

水のイグニスからサイバース世界の危機を知らされた地のイグニスは、人間という存在を見極めるため、Playmakerに勝負を挑む。強靭な「Ｇゴーレム」の攻撃を受け、窮地に立たされたPlaymakerは、僅かな可能性へと望みを託す！

ネット上に書かれた情報について調査を進めるAiは、ある時、イグニスに関する不審な書き込みを発見した。その書き込みの真偽を確認するために、「LINK VRAINS」へと向かったPlaymakerとAiを待ち受けていたのは、なんと地のイグニスだった…。

都市伝説として記された「LINK VRAINS」に眠る謎のダンジョン。張り巡らされた数々の罠。そして、その先に待っていたものとは…。草薙から語られるPlaymakerの誕生秘話が遂に明らかに!?

ある日、草薙のもとへと向かおうとする遊作と尊の前に、島が現れて遊作を呼び止める。仕方なく一人で向かった尊は、草薙に遊作との出会いについて尋ねた。草薙が語ったその内容とは…。

Soulburnerの記憶を探り、その弱点を見抜いたブラッドシェパードは、「ドローン」モンスターによる凶悪なコンボで圧倒的な優位を築く。絶望的な状況となり追い込まれてゆくSoulburner。彼は、弱点を克服しデュエルに勝利する事ができるのか…!?

捕らわれたSoulburnerを救出するために、Playmakerはバウンティーハンターの剣持と鎧坂に勝負を挑む。一方、Soulburnerは、ブラッドシェパードの罠により、過去の秘められた記憶を掘り起こされてしまう！弱点を見抜かれた不利な状況の中、Soulburnerとブラッドシェパードのデュエルが始まる…。

草薙の連絡を受けて、新たに出現したゲートへと向かったPlaymakerとSoulburner。しかし、そこに仕掛けられていたブラッドシェパードの罠によって、Soulburnerは捕らわれてしまう。そしてブラッドシェパードは、Soulburnerの秘められた記憶を探り始める…。