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Playmakerの正体について調べる別所エマと財前葵は、Playmakerの親友と豪語する島直樹に目を付ける。そしてエマは、ゴーストガールへと変身し島のアバターであるブレイヴ・マックスを見つけ出し、デュエルを持ちかける。

過去に「Den City」をパニックに陥(おとしい)れた「アナザー」事件の後、首謀者の一人として収容所に収監(しゅうかん)されていた「ハノイの三騎士」のバイラ。厳重な監視下に置かれている彼女の前に、ある男が姿を見せる…。

変貌したボーマンの猛攻により大ダメージを受けるPlaymakerだったが、勝利を掴むために闘志を燃え上がらせ、凶悪な「ハイドライブ」の布陣を突破する。だがその時、ボーマンは誰もが予想だにしなかった驚愕(きょうがく)の行動に出る…。

ついにボーマンの居場所を突き止めたPlaymakerは、奪われた草薙仁の意識を取り戻すためにデュエルを挑む。過去にボーマンとのデュエルに勝利していたPlaymakerは、相手の戦術を予測しながらデュエルを進めるが、以前のデュエルよりも格段に強化されたボーマンのデュエルにより、逆に追い込まれてしまう…。
そして、ボーマンが語り出す自身の過去。果たしてボーマンの正体とは…。

風のイグニスからの依頼を受けたSoulburnerは、風のエリアへと侵入したブルーガールとのデュエルを開始する。「トリックスター」のダメージを受けながらも「転生炎獣(サラマングレイト)ヒートライオ」を呼び出し攻勢に出るSoulburner。しかし、ブルーガールは「ヒートライオ」の攻撃をものともせず、弱点を克服した「トリックスター」の新戦術でSoulburnerを追い詰める。

風が吹き荒れる断崖を訪れたPlaymakerとSoulburner(ソウルバーナー)。不思議な力により遺跡へとたどり着いた２人は、内部の調査を開始する。そんなPlaymakerたちを遺跡の奥で出迎えたのは、意外な人物だった…。

Playmakerのデッキを調べつくしていたブラッドシェパード。彼の「ドローン」デッキを前に、Playmakerは手も足も出ない。迫りくる「ドローン」の追撃にぎりぎりまで追い込まれたPlaymakerは、ブラッドシェパードの作戦を打ち破るために、ある秘策を実行する。

賞金首であるPlaymakerにデュエルを強制するバウンティーハンターのブラッドシェパード。彼は、Playmakerの布陣を予測し、「ドローン」デッキによる連携コンボでPlaymakerの戦略を徹底的に封じ込める。

Go鬼塚の操る「ダイナレスラー」デッキの猛攻を、「転生炎獣(サラマングレイト)」の効果で耐え抜くSoulburner(ソウルバーナー)。最強を証明するために迫るGo鬼塚に対し、負けられない理由を持つSoulburner(ソウルバーナー)がその拳に逆転の炎を宿す！

SOLテクノロジー社のバウンティーハンターとなったGo鬼塚は、指名手配中のPlaymakerとイグニスであるAiを見つけ出しデュエルを強要する。だがそこで、Go鬼塚の前にSoulburner(ソウルバーナー)が立ちふさがりPlaymakerを守るためにデュエルを挑む。

遊作と同じ学校へと転校してきた穂村尊(ほむらたける)の正体は、Playmakerに手を貸したSoulburner(ソウルバーナー)だった。遊作の同級生となった彼は、自身の持つイグニスと共にサイバース世界の崩壊、そして新たなる敵の存在について遊作に語り始める。

仁(じん)の意識を奪ったボーマンと名乗るデュエリストの後を追うPlaymaker。しかし、新たに彼の前に現れた２人のデュエリストによって行く手を阻まれてしまう。そんな時、謎のデュエリストSoulburner(ソウルバーナー)が駆けつけ、Playmakerに代わってデュエルを引き受ける。そのSoulburner(ソウルバーナー)のデュエルディスクには、なんとイグニスが!?