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ありとあらゆるダメージに対してライフポイントを回復し、次々に「聖蔓(サンヴァイン)」を呼び出す「聖天樹(サンアバロン)」の凶悪コンボを前にしても攻めの手を緩めないPlaymaker。そしてついに「聖天樹(サンアバロン)」の弱点を発見し、反撃へと転じる。だがそこで、スペクターはある"切り札"をPlaymakerに突き付けた。

「LINK VRAINS」の崩壊を防ぐため「ハノイの塔」へと向かうPlaymakerの前にスペクターが立ちはだかった。Playmakerはサイバースたちで大ダメージを狙うが、「聖天樹(サンアバロン)」のコンボにより防がれてしまう。そしてPlaymakerは、デュエルの中でスペクターの衝撃の過去を知る…。

成長するたびにブルーエンジェルを追い詰めていく、スペクターの「聖天樹(サンアバロン)」。徐々に動きを封じられていく苦しいデュエルの中で、ブルーエンジェルはスペクターの鉄壁の布陣を攻略する奇策を思いつく。守りに徹していたブルーエンジェルが、リンク召喚した新たな「トリックスター」とは…!?

「トリックスター」デッキで攻めるブルーエンジェルだったが、「聖天樹(サンアバロン)」に守られたスペクターに攻撃は届かない。そこでブルーエンジェルは一撃必殺のコンボをスペクターに浴びせるのだが、彼は不敵な笑みを浮かべる…。

「LINK VRAINS」に突然、不気味な塔が出現し、デュエリストたちを次々とデータ化する事件が発生。それを知ったPlaymakerは、ゴーストガールに託された情報を元に「LINK VRAINS」へと向かい、同じく危機を察知したGo鬼塚とブルーエンジェルに出会う。そして彼らは、情報を共有し、それぞれが別々にリボルバーを探しに行く。そして、ブルーエンジェルの行く手を阻むようにスペクターが現れるのだった…。

「LINK VRAINS」の地下を調査するゴーストガールと、彼女の前に姿を現したリボルバーのデュエルが始まった。ゴーストガールは強力な効果を持つ「トポロジック・ボマー・ドラゴン」を退け、切り札の「オルターガイスト」をリンク召喚。リボルバーにとどめの一撃を放つが…。

遊作は、「アナザー」事件にリボルバーが姿を見せなかった事に疑問を抱いていた。その疑問を解消するべく「LINK VRAINS」に入り調査を始めた遊作は、そこで同じく調査を進めていたゴーストガールと遭遇する。そして２人は内部に異変のある場所を発見するのだが…。

「ハノイの騎士」の魔の手は「LINK VRAINS」だけにとどまらず、現実世界にまで広がった。迫りくる脅威(きょうい)に危機を感じた草薙は、「ハノイの騎士」と「ロスト事件」の関係、そして「Den City」で起こった「アナザー」事件の真相を記録に残し始める…。

島を人質に取り、Playmakerを呼び寄せた「アナザー」事件の首謀者、ファウスト。彼は「電動蟲(モーターワーム)」と呼ばれるモンスターを操り、これまでにない奇怪な戦術でPlaymakerのリンク召喚を封じる。ファウストの巧みな罠を突破するために、Playmakerは頭上に吹きすさぶ「Data Storm(データ ストーム)」に突入。「Storm Access(ストーム アクセス)」で逆転を狙う！

現実世界にも影響を及ぼした「アナザー」事件によって人々はおびえ、「LINK VRAINS」は、いまだ厳戒態勢となっていた。そんな中、「LINK VRAINS」に人一倍の憧れを抱く島直樹は、あるきっかけによって「ハノイの騎士」に立ち向かう決意をする！

「トリックスター」の戦術をことごとく封じられたブルーエンジェルは、バイラが持つ「ダークマミー」の攻撃によって大ダメージを受けてしまう。後のなくなった彼女は、大きなリスクと知りながらも、残された最後のチャンスに懸けるのだった…。

「ハノイの騎士」とPlaymakerたちの死闘を知った葵は、ブルーエンジェルとして闘おうとする想いと、兄である晃と交わした、もう「LINK VRAINS」には入らないという約束との間で葛藤する。しかしそんな彼女のもとにエマが現れる。エマとの出会いで葵が出した答えとは!?