デュエル世界大会、日本予選に参加するため会場に集まる勝舞達。そこに突如ナゾの集団が現れ大会参加者達にデュエルを挑んでくる。大会前の腕試しにデュエルを受けて立つ参加者達だが次々に敗れ氷のような結晶に閉じ込められてしまう！ナゾの集団の目的は一体何なのか！？

ナゾの集団はザキラの命令で世界各地のデュエリスト達を消すために動いているという。大会参加者に襲い掛かるザキラの手下をとめる為、デュエルする勝舞達。一方、白凰は何者かの気配を察したかのように市街地の高層ビルに向かう。高層ビルに待ち受けているのは一体！？

デュエルマスターの証を奪うためヤエサル様を手にかけデュエリスト達を消していくザキラ。敵を討とうとザキラに挑む白凰のもとに駆けつける勝舞達。だが、目にしたものはザキラの圧倒的な強さに屈しようとする白凰の姿だった！

敗れた白凰を連れ円盤で飛び去るザキラたち。円盤が飛び立ち崩壊していくビルに取り残された勝舞達だったがデュエル世界大会実行委員のマッキーに助けられる。マッキーから明かされる要塞島での惨劇。その驚くべき内容とは！？

デュエル・マスターの証、ザキラの正体の手がかりを求めてドクター・ルートの研究所に向かう勝舞達。ドクター・ルートはデュエル・マスターの証を預かり保管していた。ザキラを知るドクター・ルートは勝舞達を巻き込みたくないと話すのをためらうが…そこにザキラの配下、バベルが迫る！！

ドクター・ルートを逃すためバベルにデュエルを挑む龍牙。だがあえなく敗れ追い詰められるドクター・ルートとジョージ。師匠を守るためバベルとデュエルするジョージだったが、バベルの恐るべき能力、闇眼（やみまなこ）がジョージを追い詰める！果たして、ドクター・ルートたちは逃げ切れるのか！？

谷底の急流に落ちたドクター・ルートをさがす勝舞達。だがドクター・ルートを見つけたのもつかの間、新たな敵、リッチ＆シズカが立ちふさがる！デュエル・マスターの証を追いかけるリッチ＆シズカを食い止めるためデュエルで立ち向かう勝舞とミミ。だが、予想以上の強さに苦戦を強いられてしまう…。

リッチ＆シズカとデュエルすることになった勝舞とミミ。相手の強力な攻撃に押されていく闘いの最中に二人は重要なことに気が付く。一方、ドクター・ルートに追いついたれく太とジョージだったが、そこでドクター・ルートから意外な言葉を聞かされる。

ドクター・ルートを救出することに成功した勝舞達。だがなんとドクター・ルートが記憶喪失に！激しい追っ手の攻撃に対して、勝舞は父から受け取ったバルバルザーク・紫電・ドラゴンを手に、ザキラを倒す決意を固める。しかし新たな追っ手の攻撃が迫っていた！

勝舞達の前に立ちふさがる強敵、イエスマン＆キサナデゥ。絶妙なコンビネーションで攻撃を仕掛けてくる相手に、勝舞の攻撃も通用しない。だが追い詰められたその時イエスマンに異変が...？逆転を信じて紫電ドラゴンで挑む勝舞に勝ち目はあるのか！？

川に落ちたDrルート。後を追っていくと謎のピラミッドの中に入って行ってしまう。勝舞たちも続いて中に入っていくがそこにはザキラの新たな手下、天帝トトが待ち構えていた。仲間同士で本気のデュエルを強要されている少年達を救うため見えない敵と戦うことになった勝舞とミミだが...？

少年達を救うため見えない敵と戦うことになった勝舞とミミ。お互い見えない敵に苦戦するが、実は壁を隔てて勝舞とミミがデュエルさせられていた！卑劣な罠の前にどうすることもできず見守るれく太達。果たして勝舞とミミのデュエルの行方は！？

三方に分かれたDrルートの反応を追って、手分けして探す勝舞たち。ミミと龍牙はそこでザキラに連れ去られたはずの白凰に出会う。再開を喜ぶミミと龍牙だったが、白凰はザキラの手下Ｗ（ホワイト）に成り果てていた！立ちふさがるＷ（ホワイト）を前に勝舞はデュエルを挑む！

激しい戦いを繰り広げる勝舞とＷ（ホワイト）。Ｗ（ホワイト）になっても変わらない白凰の強さに追い詰められていく勝舞！だがあきらめずに戦う勝舞は必死で白凰に呼びかける。徐々に記憶を取り戻していく白凰は「デュエルが好き」という勝舞の言葉に正気を取り戻したかに見えたが...。

Ｄｒルートを追いかける勝舞達はジュラとジューンに再会する。彼らもザキラと戦っていたのだった。喜びもつかの間、オクトたちがザキラの手下との戦いで行方不明になったことを聞かされる。そのとき、Drルートの反応がある洞窟にオクトたちもいることが判明するが、駆けつけようとする勝舞達の前に力を解放したイエスマン＆キサナドゥが現れる！

洞窟に閉じ込められた勝舞たち。そこで、勝舞の戦いに戸惑う様子を指摘するジュラ。そして、洞窟の奥でオクトを発見するが、すでにデリートされていた。そこにイエスマン＆キサナドゥが現れる！勝舞の戦いに戸惑う心を見抜いたジュラは代わりにデュエルで迎え撃とうとするが･･･？

Drルート探索の途中でだべべ村を通りかかった勝舞達の前に懐かしい顔、カブト丸が現れる。勝舞との再会を喜ぶカブト丸だったが、突如襲い掛かるザキラの手下を相手にあえなく敗北してしまう。怖気づいて逃げ出す村人達を尻目にデュエリストとしての意地をみせようとするカブト丸。一方、ミミは新たに現れたリッチと対峙していた！

デュエリストとしての意地。それはデュエルを愛する気持ちから生まれたカブト丸の想いだった。村人からデュエルを奪おうとしている敵を許すわけにはいかない！同じ思いでミミはリッチと戦い、勝舞もカブト丸を手助けする。その気持ちが村人に伝わったとき、奇跡が起きる・・・？

ようやくDrルートを見つけた勝舞達。だがＤｒルートはまたしても走り去り、古城に逃げ込んでしまう。後を追いかける勝舞達だったが、そこには共同作戦を練りバベルとトトが待ち構えていた！立ちふさがるバベルと円盤から様子をみるトト。二人の共同作戦とは一体？！

立ちふさがるバベルとデュエルするジョージ。そのとき突然の振動と共に上空に円盤が現れ城を破壊し始めた。なんとトトが城ごとデュエルマスターの証を奪おうと仕掛けた罠だった！捨て駒にされたことに怒るバベルとジョージのデュエルは激しさを増していく。一方、バベルを出し抜き作戦に成功したかに見えたトトだったがその前に黒城が現れた！

トトは現れた黒城をデュエルで排除しようと戦いを始める。お互いに譲らぬデュエルを繰り広げていく中、勝舞達はカプセルに入れられたDrルートを見つけ出すことに成功する。そのまま脱出しようとした勝舞達だったが、そのとき異変が！？

Ｄｒルートを救い出した勝舞達。記憶が戻ったルートから聞かされる記憶喪失の真実。ヤエサル様からデュエルマスターの証を守るように言われたルートが最終手段として敵に見つからないようにあえて記憶喪失になるように仕向けたのだった。そんな中、またしてもザキラの手下、イエスマンとキサナドゥが現れる！

龍牙対イエスマン、ジョージ対キサナドゥの激しいデュエルが始まった！そして勝舞は立ちふさがるＷ（ホワイト）と、ミミはリッチとデュエルをすることに！それぞの強敵に苦戦する勝舞達！そして龍牙、ミミ、ジョージはそれぞれの相手に追い詰められていく。残された勝舞はＷ（ホワイト）に勝利することができるのか！？

Ｗとのデュエルに全力をかける勝舞！クロスデッキで猛攻を仕掛ける勝舞だったが、Ｗのブロッカー、シールド・トリガーの前にあえなく敗れてしまう。そこに、復活したザキラがトドメを刺すために現れるが、待ち構えていた黒城がザキラにデュエルを挑む。果たして勝負の行方は！？

ついにデュエルマスターの証をザキラに奪われてしまった！証を奪い取ることに成功したザキラは、手下を使い各地でデュエリスト達を次々とデリートしていく！マッキーに手当てを受けていた勝舞達は、その惨状を目の当たりし、新たにザキラを倒す決意を固めるのだった。

ザキラからデュエルマスターの証を取り戻そうと、要塞島に乗り込む勝舞達。勝舞たちが接近していることを知ったザキラは自らデュエルでデリートしようと勝舞たちの前に現れる。そしてついに勝舞とザキラのデュエルが始まった！！壮絶なデュエルの結末は･･･！？

敗れた勝舞にトドメを刺そうとするザキラ。だが、トドメの攻撃を受ける瞬間、デュエルマスターの証から不思議な力があふれ出し勝舞を守る！しかしその衝撃で勝舞達は海に投げ出されて散り散りになってしまう。無人島で目を覚ました勝舞、れく太、ルーペットはそこでバケツマンという謎の男に出会うが･･･！？

バケツマンと命がけのデュエルを繰り広げる勝舞。だがデュエルの最中にバケツマンに異変が起こる。苦しむバケツマンだったが勝舞もザキラとの戦いの傷が癒えずお互いに満身創痍でのデュエルは引き分けに終わる。そしてバケツマンの口から意外な事実が知らされるのだった。

島で出会ったバケツマンと共にザキラのもとに向かう勝舞たち。だがそこにまたしてもトトとバベルが現れる！筏で移動していた勝舞たちはトトの海上ピラミッドに捕らえられ、勝舞はトトと、バケツマンはバベルとデュエルすることに･･･。二人は勝てるのか！？

勝舞とトト、バケツマンとバベルのデュエルは激しさを増していく。だがそのとき、またしてもトトが卑劣な罠を仕掛けてきた。なんと海上ピラミッドをそのまま海面に沈めてバベル共々バケツマンを沈めようとしたのだ！窮地の中、バケツマンとバベルはデュエルを休止して脱出しようとするが･･･！？

ザキラの本拠地、要塞島に到着した勝舞達。だがバケツマンは一人、手にした写真を見つめたたずんでいた。何か目的があるようだったが、それを隠すバケツマン。そのとき突如、幽と名乗るデュエリストが現れる。幽こそバケツマンが探していた人物だったのだ！だがすでに彼女はザキラの手下になっていたのだった･･･。

バケツマンが探していた幽は、なんとザキラの妹だったのだ！過去にバケツマンは幽と共に、デュエルマスターになり世界に君臨しようとしたザキラを止めようとしたのだが、敢え無く敗れてその体に呪いを受け、幽もまたザキラの力によりその手下に成り果ててしまう。幽を救うために奮闘する勝舞だったが･･･！？

幽とのデュエルでデッキを失ってしまった勝舞。立ちふさがるザキラの手下達を前にどうすることもできない中、代わりにバケツマンが命を削り敵を防ぐ。一方、おとりとなっていた龍牙、ジョージ、ミミ、ルーペットは敵をひきつける為に一方が残り、もう一方は勝舞と合流する。ミミたちと合流した勝舞達一行はキサナドゥ＆イエスマンの円盤から逃げるために駆け込んだ地下道でドラゴン達の導きにより驚くべきものを発見する･･･！

ドラゴンたちの導きにより、新たなデッキを手にする勝舞。それは勝舞の父勝利が残したデッキだった！新たに決意をかため、襲い掛かるキサナドゥを迎え撃つ勝舞。お互いにゆずらないデュエルを繰り広げる中、キサナドゥは勝利を確信した様子をみせるが、そのとき、新たなデッキの力が開放される！

再びザキラの元に向かう勝舞達。その前に立ちふさがるW（ホワイト）。Wとデュエルを開始しようとした瞬間、そこに黒城が現れ、Wと黒城のデュエルが始まった！有利にデュエルを進めていく黒城だったが、Wの攻勢を前に逆に押されていく。そんな中、黒城はザキラに対して異常な執念を抱いていることが判明する･･･。

Ｗに敗れた黒城だが、その執念はクリスタルを打ち砕く程強いものだった！しかし呪いの紋章を体に刻まれ真のデュエルの度に命を削っていく体になってしまう。ひとまずその場から逃げ込んだ洞窟で休む勝舞たち。洞窟の中で黒城の執念を疑問に思う勝舞だったが、黒城は過去にザキラとの深い因縁があった･･･。

ジョージと合流した勝舞達。だが、ジョージは呪いを受け、龍牙も海に消えてしまったことが判明する･･･。そのころザキラのもとでは囚われていた勝利が脱走する。ヴァルキリアス・ムサシを勝舞に届けようと満身創痍の身ながら必死に勝負を探す勝利。勝利の希望は届くのか･･･！？

勝舞にヴァルキリアス・ムサシを託した勝利はイエスマンとのデュエルを始める。勝舞は勝利が勝つことを信じ、ザキラの元に向かうが、その行く手を再び幽が阻む。だが幽と死闘を繰り広げる中、勝利の悲痛な声を聞く勝舞。その目に映ったのはイエスマンとのデュエルで力尽きようとしている勝利だった！

ザキラの元に向かう勝舞達。勝利を失った勝舞は再びザキラを倒す決意を固める。そんな中、勝舞たちの前に立ちふさがったのはリッチと眠りから覚めたシズカだった！「デュエルに愛はいらない」と、愛をなくしたリッチ＆シズカは非情な強さで勝舞とミミを追い詰めるが･･･？

愛をなくしたリッチ＆シズカに押される勝舞たち。しかし、眠っていたシズカを想い待ち続けたリッチの愛に気づいたミミは、リッチに愛を取り戻させようと必死で語りかける。そしてシズカも愛に戸惑い、リッチとの思い出から愛を取り戻したかに見えたが･･･。

ザキラの城の正門にたどり着いた勝舞達。だがそこには、バベルの指揮する手下たちが集結していた！ジョージ、バケツマンは身を挺して勝舞に血路を開く。ジョージ達の助けにより城を進む勝舞達だったが、たどり着いた白い部屋にはかつての仲間、W（ホワイト）が立ちふさがる！デュエルに勝てば、元の白凰に戻せるかもしれないと、微かな望みをかけWにデュエルを挑むミミだったが・・・

W（ホワイト）の繰り出す攻撃に、絶体絶命のピンチにおちいるミミ。それでも彼女は過去の白凰とのデュエルを思い出す。憧れていた白凰に初めて会った日のこと。少しでも近づきたいと、デュエルの腕を磨いてきたこと。その気持ちを隠すことなくWにぶつけるミミ。その想いは白凰に届くのか？そしてデュエルの行方は？

ミミを破り、ザキラのもとに戻るW（ホワイト）。だがその目はすでに白凰に戻っていた。激昂するザキラだったがその前に、黒城があらわれる！ついにザキラの居所を突き止めたのだ。激しいデュエルから繰り出される衝撃波に驚き、玉座の間に集まる勝舞たち。黒城VSザキラ、一騎打ちの結末は？

勝舞とザキラの目前で、白凰とイエスマンの、真のデュエルが始まった！お互い隙のない攻防の中、白凰はイエスマンのシールドをあと一枚のところまで追い詰める！だが、イエスマンの最後のシールドは、シールドトリガーだった。完全制圧を目前に、ザキラは白凰に、再び忠誠を誓えと宣告する。しかし、白凰の視線に淀みはなかった。

イエスマンにデリートされた白凰の姿に、茫然自失の勝舞。バベル・幽・ザキラの勝利宣言が、ただひとりのデュエリストとなった勝舞へと向けられる。だが信念を貫く勝舞は、臆することなくイエスマンとのデュエルに臨む。かつては尊敬し、崇拝していたヤエサル様だったイエスマンを差し向け、ザキラは勝舞に対し動揺を誘う。仲間たちの思いを超聖竜シデン・ギャラクシーに託して、勝舞は叫んだ・・・！

イエスマンから、本来の姿に戻ったヤエサル。勝舞とのデュエルに敗れたことで、ザキラから注がれたパワーを使い果たしたのだ。ヤエサルは息も絶え絶えに、因縁の過去を語り始める。ザキラは、元はヤエサルの弟子だったのだ。話を聞き、新たに覚悟を決めた勝舞たちは、いよいよザキラの城の屋上へとたどりつく。が、そこには幽が待ち受けていた・・・。

バケツマンと幽のデュエルは、最終ターンを迎えていた。しかし、幽の圧倒的な強さの前に、バケツマンは敗れる。恋人である幽を正気に戻そうと旅を続けてきたバケツマンの気持ちを受け継ぎ、幽とデュエルをする勝舞。容赦ない戦術を繰り出す幽だったが、彼女の耳に、どこからかバケツマンの声が響く。　「覚えているかい・・・幽・・・」デリートされたはずのバケツマンの無念の思いが、幽の脳裏に直接語りかけてきているかのようだった。

幽と勝舞のデュエルは、熾烈を極めていた。その時、風に舞った一枚の紙片が、幽の足元に舞い飛んできた。それはバケツマンが肌身離さず持っていた、昔の幽との笑顔のツーショットの写真だった。ハッとなる幽に、勝舞のダイレクトアタックが決まる。目覚めた幽は、バケツマンが、デリートされた身でありながらも必死に自分を救おうと、ここまでやってきたことを知る。

要塞島上空、透明な円盤の上で対峙する勝舞とザキラ。世界の未来がかかったデュエルがいよいよ始まる。
心配そうに見つめる、ミミ・ジョージ・バケツマンらボロボロの仲間たち。『デュエルが大好きな気持ちが何より大事』とする勝舞の願いと、『デュエルは力こそが全てだ』というザキラの信念が真正面からぶつかる！だが強力なナイト・マジック、ロマノフ・ストライクの連続攻撃に、勝舞の切札は沈黙したまま。自信を失う勝舞は、ついにデュエリストの未来をあきらめかけてしまう・・・。

要塞島でのデュエルに敗れ海に消えた龍牙は、世界中に残っている反ザキラ勢力を結集させたルートとマッキーに助けられていた。ザキラと戦う勝舞に、『お前は一人じゃない！』と声援を送る龍牙たち。勝舞は勇気づけられ、デュエルを愛する者すべてにデュエルマスターの証が宿ると確信する。だが、ザキラは嘲笑い、「まもなく決着がつく。お前は敗れる」と言い放つ。勝舞は返す。たとえこのデュエルに負けても、ザキラはデュエルマスターにはなれない。なぜなら、ザキラには「デュエルへの愛」がないからだ。仲間への愛、クリーチャーへの愛・・・・・・それらを持たず、力だけで全てを屈伏させようとするザキラには、証を同化することは決してできない！と叫ぶ。勝舞の言葉にザキラは怒り、ついにトドメを刺そうとするが・・・？

勝舞ＶＳザキラの闘いは、勝舞の勝利でひとまず終わりを告げました。あらたなデュエルが始まる前に、ザキラとの定められた決戦、仲間たちとの出会い、父との絆など、デュエル・マスターズ クロスのオイシイところだけをピックアップし、スペシャルバージョンでお届けします。