勝舞とれく太のデュエマ中に「青銅の鎧」の兄弟が２体カードから突然現れる。真のデュエマでもないのに夢かと勝舞は勘違いするがそれは現実だった。兄弟は「救世主」を迎えにきたという。すると勝舞とれく太は光の中へ連れていかれ、そこには賢者「レイジ・アーム」が待っていた。そこはクリーチャーの世界だった。だがまさに崩壊の時が近づいていた。恐るべき災い、破滅をもたらす黒い影が解き離れようとしている。破滅を食い止めるには５つの文明の力が必要で、５つの力をひとつに合わせ黒い影に立ち向かう事ができる勇者が勝舞だという。そして勇者と共に戦う戦士が誕生する！

勇者と共に戦う戦士の名前はレッピ・アイニー。火文明のファイアー・バードだ。レッピは勝舞を父親だと勘違いして勝舞を追い回す。すると勝舞は勢い余って、深い森に落ちてしまう。すると茂みの奥から森に住むクリーチャーたちが奇声を発しながら次々と現れる。レッピは捕まってしまい、勝舞は森を荒らす侵入者と勘違いされ、森のクリーチャーにデュエマを挑まれる。カードを持っていない勝舞だったが、クリーチャーたちに呼びかけると森に散らばっていたクリーチャーたちが勝舞のデッキケースに次々と飛びこんでくる。そして勝舞が森のクリーチャーを倒した時、勝舞とれく太の体が光り出す。

クリーチャーの世界の話を勝舞とれく太がどんなにしてもミミやジョージは信じようとしない。勝舞がレッピ・アイニーを召喚するとクリーチャーがカードから飛び出し、しゃべり出す。すると青銅の鎧の兄弟も姿を現し、再び勝舞たちをクリーチャーの世界に引き込む。レイジ・アームと再び面会した勝舞たちは「火文明のとあるクリーチャーを仲間にする」使命が伝えられる。

「火文明のとあるクリーチャーを仲間にする」旅の途中、勝舞たちは落石に遭う。マグマの噴火によって、そこが火山である事に気付いた一向は逃げようとするが、山の頂上に眠る伝説のドラゴンを蘇らせるため、頂上を目指すことになった。しかし、その行く手を阻むように岩に囲まれる。すると噴火したマグマの中から山の番人である「エグゼドライブ」が現れ、勝舞ＶＳエグゼドライブのデュエマが始まる。するとレッピが何かを感じ火山口の方へ飛び立つ。すると巨大な炎の中から伝説のドラゴンが姿を現す。

勝舞は伝説のドラゴン「爆竜ＧＥＮＪＩ・ＸＸ」を手に入れた。れく太とのデュエマで早速使おうとするが、クリーチャー世界へ呼び出されてしまう。するとデッキケースのクリーチャーが次々と飛び出し、ＧＥＮＪＩ・ＸＸも吠えながら現れる。勝舞が優しく声をかけるが、ＧＥＮＪＩは無視して遠くへ行ってしまう。そして雄叫びをあげて闇文明に向かって凄まじい勢いで飛んでいく。ＧＥＮＪＩにはかつて力を競い合うライバルがいた。名前は「終焉の凶兵ブラック・ガンヴィート」。かつて争った両者だったがＧＥＮＪＩは戦いに破れ、命より大事な刀を奪われしまっていた。

命より大事な刀を取り戻すためＧＥＮＪＩは１体で闇文明に立ち向かうが、ガンヴィートの前には力が及ばない。そこへＧＥＮＪＩを助けるため勝舞がやってくる。そしてガンヴィートの子分であるヤミノストライクとのデュエマが始まる。勝負は一進一退の攻防が続き、お互いミスが許されない状況。すると勝舞のターンでレッピが勝手に攻撃してしまい、ヤミノストライクは強力なクリーチャー「死神の邪蹄ベル・ヘル・デ・ガウル」を召喚させる。自分の勝手な行動で勝舞をピンチに追い込んでしまい、落ち込むレッピに対して、勝舞はまだあきらめていなかった。

勝舞、れく太、ミミ、ジョージは青銅の鎧兄弟に連れられて、有名なリゾート地「クリスタルレイク」にやってくる。レイジ・アームのはからいでバカンスに招待されたのだ。近くにはクリーチャーの村も見える。ミミがアクア・サーファーと一緒に波乗りしていると後方から猛スピードでケロディ・フロッグが突っ走ってくる。水をかけられ、ずぶ濡れになったミミはケロディ・フロッグを追いかける。するとその背後から大波が押し寄せ２人は飲み込まれてしまう。ミミとケロディが気付くと突如湖から雄叫びが聞こえる。巨大なクリーチャー、サイバー・Ｇ・ホーガンが砲丸を振り回しながら村に向かっていくところであった。

ケロディ・フラッグの師匠であるサイバー・Ｇ・ホーガンが砲丸を振り回し暴れながら村に向かっている。村のクリーチャーは全員避難したが、ケロディは怒りの理由を悟って１人ワナワナと震えている。怒りの理由、それはケロディが砲丸で遊んでいた時、手が滑ってホーガンが大切にしている鉢植えを壊してしまったからであった。戦うしかないとケロディはカードとなってミミのデッキに加わる。するとホーガンも自らカードとなりアクア・べララーのデッキに加わる。ところが召喚されたホーガンは、どこか調子がおかしい。まるで何かに苦しんでいるようだ。

デュエマ中にクリーチャー世界に再び呼ばれた勝舞たち。レイジ・アームから「幸福の精霊ファイブスター」に会ってもらうと言われる。光文明伝説のクリーチャーで計りしれない力を持っているという。クリーチャー世界の危機を救うため、力を貸してもらえるようお願いをしに光の谷の宮殿へ勝舞たちは向かう。その途中「ファイブスター」を名乗るクリーチャーに出会い喜ぶ勝舞だが、見るからに貧相ないでたちにミミとジョージは疑いの目を向ける。ファイブスターの言う通りに進んでいくと迷路に迷い込んでしまい、ますます怪しさを感じる一行。そんな折、勝舞とレッピは川に流されてしまう。

川に流された勝舞とレッピを救ったのは、流されたきっかけをつくったファイブスターだった。感謝の言葉を言われたファイブスターは自らを「ラッキー・クルト」だと正体をばらしてしまう。何とかその場をごまかし、１人神殿に入っていく。ホンモノのファイブスターに１人で帰ってきたとウソをついたラッキークルトは、勝無たちにウソがばれた事を隠すため、自らカードになってファイブスターにデュエマさせようとする。力を借りるためにやってきた勝舞は戸惑いながらデュエマに応じる。

レイジ・アームが行方不明になった。レイジ・アームが立ち寄ったと思われる場所へ捜索に向かうと食べかけのお菓子の袋が落ちている。好物の品を食べかけのまま立ち去るにはよっぽどの理由があるようだ。ボルメテウス・ホワイト・ドラゴンで空から捜索していると、強風にあおられてジョージが落ちてしまう。勝舞たちは地上で２班に分かれて探す事に。一方のジョージは愛車を探しているうちに、愛車で遊ぶ小熊に出会う。小熊がボタンを押すとキャノン砲で茂みを吹っ飛ばしてしまう。すると森の番人であるトーテムが現れ、小熊はピンチに。ジョージは小熊のピンチを救うため、トーテムとデュエマで対決する！

ジョージの強さに惹かれ、ついて行く事に決めた小熊。名前をベア子姫という。アース・ヒルという古代遺跡にいるクリーチャーと戦うために強くなりたいらしい。ミミたちと合流したジョージは「剛撃無双カンクロウ」を見かける。カンクロウこそ自然文明屈指の強さを誇るクリーチャーであり、ベア子姫が戦おうとしているクリーチャーだった。カンクロウを前にしておじけづいてしまうベア子姫。ジョージは代わりにデュエマするが、カンクロウの実力は本物でジョージは攻め込まれてしまう。ベア子姫は意地をみせて、カンクロウのシールドを破壊して突破口を開いてカンクロウに勝利する！と、そこへレイジ・アームが現れる。

勝舞たちはレイジ・アームと再会したが、クリーチャーの世界に恐るべき災いが迫ろうとしていた。レイジ・アームが見つけた場所に向かうとそこには5大文明のクリーチャーが描かれた壁画があり、そこはクリーチャーにとって神聖な空間だという。そこで遠い過去のクリーチャー世界の映像を見ることになった勝舞たち。そこに映っていたものは、あるクリーチャーによって荒らされ、荒廃した世界だった。暴れるクリーチャーに対抗すべく、力を合わせ、立ち向かった５大文明のクリーチャーたち。彼らによって、世界は救われ、戦いを終えたクリーチャーたちは眠りについたという。それをみた勝舞たちはクリーチャーと共に己自身を鍛えることを誓う。