黒須ゼロが開催を宣言した真・Xタワーウォー。果たしてどんな刺客が待ち受けているのか考えを巡らすペルソナだったが、バードは誰が相手でも関係ないとチームに気合を入れ、真・Xタワーへと出発する。ファーストステージの舞台に到着すると、そこに待ち受けていたのは黒須一族最強のブレーダー、黒須ワンだった！まさかの相手の登場に驚くペルソナだったがワン曰く、先客が来ているという。果たしてその先客の正体とは…！？

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白星流道場でベイの修行に励むチームペルソナ。バードは稽古をつけてもらい、マルチとナインは新ベイ開発に取り組むなど、黒須一族との戦いに備える。数日後、特訓を重ねてきたバードたちは白星流の昇格試験に挑む。修行を終えペルソナがXシティへと戻ると、そこには以前のXシティとはすっかり変わってしまった異様な光景が広がっていた。驚くペルソナの上空に巨大な黒須ゼロが現れ、新たなバトルの開催を宣言する。

クロムを待つエクスに声をかける刃威斗。だが、クロムの事しか考えていないエクスには声が届いていない様子。再起を目指す戯画谷もエクスのもとにやってくるが、もう利用価値はないと判断した未来プロたちに連れ去られてしまう。まもなくしてクロムが現れ、喜ぶエクス。遅れてバードたちも追いつく。クロムはメテオドラグーン、エクスは新ベイ ドランストライクを構えて対峙する。互いに待ち望んだ闘いがついに幕を開ける！

クロムの前に立ちはだかり、ベイバトルを強いる戯画谷。そこへ現れたシエルが代わりにバトルを引き受け、クロムはエクスのもとへ向かう。戯画谷の卑劣な手段による超人的なパワーに苦戦するシエル。追い込まれたシエルに戯画谷の手が迫る。だが、それを制止したのは引き返したクロムだった。今度はクロムがバトルに挑む。一方、クロムたちの様子を遠くから眺めていたワンだったが、彼の背後に静かに歩み寄る意外な人物の姿が…

クロムのもとへ急ぐエクスを、ベイバトルで強引に阻止しようとする黒須兄妹。エクスを先に行かせるため、バトルを引き受けるバードたち。バードVSエイト、マルチVSファイブ、ナインVSスリー・フォーの激闘が始まる！だがゼロに見放されたくない黒須兄妹の執念を前に次第に追い込まれていく。そこへ白星流が駆けつけ、バトルは新たな局面へ向かう。同じ頃、クロムの目の前に、不気味な笑みを浮かべ待ち構える人物がいて…

未来プロとの混乱が続く中、ついにエクスの新ベイが完成。未来プロに対抗する最善の一手になると確信したマルチは、このベイで黒須一族との闘いを終わらせようと意気込んでいた。しかしクロムの伝言で頭がいっぱいのエクスは、新ベイを手に駒刃寿司を飛び出す。その行動をモニターで見守りながら、すべてが自分の予測通りだと満足気にワンに語るゼロ。クロムのもとへと急ぐエクスだが、その行く手には黒須兄妹が待ち受けていた！

廃駅でクロムが未来プロの群れを圧倒し、裏の世界から身を引く決意を固める。一方、Xシティ各地ではトッププロたちが未来プロとの激戦を繰り広げていた。そんな中、新ベイ完成に向け、最後の仕上げに励むマルチとナイン。二人への差し入れを買って帰る途中のバードとエクスの前に刃威斗が現れ、クロムからの伝言を告げると、エクスは表情を一変させる。その頃、真Xタワーでは黒須ゼロが子供たちに、計画のためのある指令を下す。

未来プロがXシティ各地でプロブレーダーを次々と倒し、黒須ゼロの計画は着実に進行していた。未来プロの管理を任されている戯画谷専務は、ゼロの描く未来に自身の野心を重ねて邪悪に微笑む。そこへ不満を募らせたファイブが現れ、戯画谷の進退を賭けたベイバトルへと突入。さらにゼロの最高傑作とされる未来ベイを手にするワンが姿を現し戯画谷に勝負を挑む。激闘の末、ワンは未来ベイを戯画谷に託し、意味深な依頼をもちかける…

新たな未来ベイ、オロチクラスタを完成させた黒須ファイブはゼロからの称賛を受け上機嫌に。ゼロは新ベイを増産させ、各地のインフィニティスタジアムへ謎の仮面ブレーダー、未来プロを派遣する。プロブレーダーたちとのバトルでベイファンの注目を集める中、特訓中のペルソナの前にも異様な雰囲気を放つ未来プロが出現。その手にしたオロチクラスタを見て驚くナインだが、未来ベイに興味津々のエクスを制し、自らバトルに挑む！

久々のタイトルマッチが決まり、龍宮クロムを欠いたペンドラゴンの挑戦者にズーガニックが選ばれる。その裏で戯画谷専務は、シグルとシエルにスラッシュタワーチャンピオンのタイトルを保持したまま真Xタワーへ移籍するよう強要し、負ければ解散と一方的に通告。揺るぎないシグルとは対照的に、追い詰められたシエルは迷いを抱えたまま当日を迎える。その迷いを見抜いた対戦相手のキングは、シエルを揺り動かすある行動に出る…！

ペルソナの面々が黒須一族とのバトルで存在感を示す一方、ナインは自分だけ何もできていないと落ち込んでいた。その頃、Xシティのあちこちに設置されたインフィニティスタジアムに、ベイブレードファンたちは熱狂する。ゼロが仕掛けた、プロだけでなくファンまでも巻き込む新たな一手に危機感を覚えるバードたちだが、マルチの了承を得て、ついにエクスも未来のスタジアムを体験することに！エクスは対戦相手にナインを指名する…