銀時と桂により、宇宙海賊の船が墜とされた。これを契機に、海賊や天人と癒着し違法薬物で利益を上げる幕府高官を誅しようとする攘夷志士の動きが活発化する。これに応じるべく、真選組にも要人警護の命が下った。幕府に拾われてなければ、真選組の今はない……。愚直なまでに幕府に尽くそうとする近藤に対し、不正をはたらく天人や高官たちへの不満をあらわにする隊士たち。そんな中、警護対象であるカエル天人を庇い、攘夷志士の兇弾が近藤の肩を貫く。隊士たちの不満が爆発しかけたそのとき、土方の声が響いた……。

万事屋に人捜しの依頼が舞い込んだ。幕府に仕える由緒正しい家の娘が、家に帰らず行方不明だという。この件を穏便に解決したい依頼人の頼みを、しぶしぶ引き受け捜索を始めた銀時たちは、娘がよく遊びに来てたというクラブに聞き込みに行く。手がかりを得られず、人捜しに飽きた神楽は、娘に容姿が似ている男を連れて帰ろうとするが、その男の様子が急変する。駆けつけたウェイターの話では、最近この界隈に怪しげな薬が出回っているらしい。一方、ひとり席を外し、二日酔いでトイレに籠もる銀時は、扉の外から声をかけられた……。

銀時たち万事屋の大家・お登勢はある夜、路地裏で腹を空かせ途方に暮れる猫耳の天人・キャサリンと出会い、彼女をスナックお登勢に迎え入れた。熱心に働き、よく気がつく彼女をお登勢はいたく気に入る。万事屋はといえば、神楽の旺盛な食欲に、財政はますます困窮。銀時たちは常に空腹を抱えているのだった。一方、店の売り上げを何者かに奪われる事件が繁華街に頻発するようになる。そんなある日、警察が事件の捜査への協力を求め、スナックお登勢を訪ねてくるのだった。

交通事故に遭い、入院している新八のお見舞いに行った銀時と神楽。病院でも相変わらず騒々しい万事屋の面々。そんな銀時たちの話が聞こえたのか、向かいのベッドのじじいからある依頼を引き受けることに。それはじじいの甘酸っぱい想い出の女性を探し出すことだった。手がかりは、かつてじじいがどさくさの中で手にしたかんざしと、その持ち主が団子屋の看板娘だったという情報のみ。捜索を始める万事屋だが、今ではその団子屋を知るものもなく、早くも行き詰まる。一か八かでかんざしを定春に嗅がせ、匂いを辿らせようとする神楽。定春が導いた先は驚くべき場所だった……。

ハタ皇子が再び江戸を訪れた。ペスを失ったことに心を痛める皇子は、今度こそ可愛いペットを得ようと、江戸市中の動物園を巡る。一方、酢昆布をむさぼる神楽は、万事屋の前におかれた箱に愛らしい姿を見つけ、満面の笑みを浮かべる。それは、ちょっと……いや、かなり大きい犬のような生き物だった。銀時の反対を押し切り、神楽はその生き物を飼いたいという。定春と名付け、力の限り戯れる神楽とは対照的に、ことあるごとに噛みつかれ満身創痍の銀時と新八。定春に手を焼く二人は．．．。

局長が女を賭けた決闘で負けた。土方から沖田へ、沖田から真選組内へと噂は瞬く間に広がり、隊内に動揺が走る。おまけに近藤の無様な姿がTVで放映されたとあって、土方はどうにかして真選組の威信を取り戻したいと考えていた。それには、近藤を負かしたという銀髪の侍を消すしかない……。隊士達が銀時を探し回るなか、自らも市中に赴く。一方、自分が真選組の殺意を一手に引き受けているとも知らず、銀時は万事屋に手伝いを依頼に来た大工に、半ば強引に連行されていた。悪態をつきながらも仕事を手伝う銀時に、真選組の刃が迫る……。

真選組が江戸の治安を守るために奮闘しているのを他所に、局長の近藤はスナックで働くお妙相手にくだを巻いていた。自分はダメな奴だと落ち込む近藤に、愛する人なら欠点ごと愛することが出来ると微笑むお妙。その彼女に近藤は一目惚れし、結婚を申し込むがグーで殴られる。しかし近藤は諦めきれず、拒絶するお妙にあの手この手で熱烈なアピールを繰り返す。堪忍袋の緒が切れたお妙は、銀時を巻き込んで一芝居打とうとするが、事態は意外な方向へと発展してしまう……。

央国星のハタ皇子の下から、ペットのペスが姿を消した。捜索を命じる天人を苦々しく思いつつ、入国管理局は万事屋に捜索を依頼する。天人絡みの依頼と聞いて一度は断る彼らだったが、積まれた大金にあっけなく尻尾を振ることを決めた。さっそく依頼をこなそうと、行動を開始する銀時たち。港のタコ漁師、タコ焼き屋、スナックと手がかりを求めて彷徨うが、ぺスはなかなか見つからない。途方に暮れる銀時は、最終兵器を持ち出すが……。

桂の爆弾から結果的には皆を守った銀時たちだったが、その後警察の取り調べを受けていた。銀時たちの仕業だろうと疑い続ける警察に、じっと時計を見つめていた新八がついに切れる。その剣幕に、彼らはようやく釈放されるのだった。警察署の前で恨み言を並べる銀時と神楽をおいて、新八は一人足早に去っていく。そして残された銀時と神楽の前に、脱獄囚が警察に追われやってきた。男は神楽を人質にとり、銀時にパトカーを運転させ逃走を図る。なぜ逃げたのかを問う銀時に男は「今日は特別な日だから……」とだけ答えるのだった。

いつもと変わらぬ万事屋の喧噪。そんな中、階下のスナックお登勢に飛脚スクーターが突っ込んだ。息も絶え絶えに、大事な小包を届けてくれるよう万事屋の面々に頼む飛脚。銀時たちは、やむなくそれを届けに宛先である戌威星大使館へと向かう。しかし小包が爆発し、銀時たちはテロリストと間違えられてしまうのだった。とっさに逃げようとするが、今一歩のところで新八が捕らえられ、銀時、神楽を巻き添えにして門番に囲まれてしまう。もうダメか……その時、助けに入ってきたのは銀時の旧友、ヅラこと桂小太郎だった。そして、その様子を密かに見守っていた幕府の警察組織・真選組が動き出す……