新八が万事屋に身を置いて半月。侍の魂を見たのは幻だったのか、銀時にその輝きを見いだせず、新八は早くも後悔しはじめていた。そんなある日、スクーターに二人乗りをしていた銀時たちの前に少女が飛び出し、勢い余って轢いてしまう。怪我をし、意識を失った少女を連れ、病院へ急ぐ銀時。その彼らの行く手を黒塗りの車が阻み、突然発砲をしてきた。慌てる銀時たちを余所に、意識を取り戻した少女は持っていた傘で銃撃を防ぎ、傘に仕込まれた銃で彼らをなぎ払う。ある理由で少女はヤクザに追われており、彼女を逃がすために新八は行動を開始するが……。

天人が降り立ち、侍たちが剣を捨ててなお、侍の誇りを失わずに剣の道を貫いた新八の父。死ぬ間際、姉弟に託したのは、侍の魂だった。父の遺した道場を守るべく、慣れないバイトに励む新八。しかし、剣の道一筋だった少年に世間は辛く、店長になじられ、天人には嘲笑を浴びせられる。そんな彼の前に一人の男が現れた。天人のちょっかいのせいで台無しになったチョコレートパフェのために店長を殴り倒し、天人たちをなぎ払う姿に、新八はまっすぐな侍を見る。そう、彼こそが万事屋銀ちゃんこと、坂田銀時。天然パーマがチャームポイントの、ラストサムライだった!?

突然獅子村に襲われる銀時だったが、油断した隙をつき事なきを得る。彼が神楽達に合流したとき、依頼人・加藤は修行に耐えられず、彼らの元を去っていた。銀時はひとり酒をあおる加藤を見つけると、共に酒を飲み、加藤に語りかける。本当に忘れたいことからは逃げても逃げ切れるものではない、と。その銀時の横顔を見つめ、加藤は強くなろうと思ったきっかけを語る。銀時は加藤の大切な物を取り戻すため、力になることを決意。神楽、新八とともに『ドリフト星大使館』へと乗り込む。そこに待ち受けていたのはご馳走の山だった!?

侍の国−そう呼ばれていたのは今は昔。かつて侍達が仰ぎ夢をはせた江戸の空には、突如舞い降り台頭した『天人』の船が飛び交い、街には天人達がふんぞり返って歩く。侍は剣も地位も、そして誇りも失った……。
そんな江戸の街で万事屋を営む坂田銀時の元に依頼人・加藤健が現れる。無くした物を取り戻したい。そのためには三千万ほど必要だという。身に続く不幸を語る加藤に、万事屋はやむなく協力することになる。一方そのころ、江戸の片隅では天人カリヤとその一味が、江戸掌握を目論み策謀を交わしていた……。