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何代も続いてきた宇宙家具屋『セツリ』。しかし、度重なる宇宙不況、外宇宙家具店の襲来。ザイオンが店長になってからはいつも火の車だった。ザイオンには夢があった。「めざせ！全宇宙８８８億店舗！」ユウディアスとのデュエルの果てに訪れた夢の結末とは。

突如六葉町に強襲してきた格安宇宙家具屋“セツリ”の代表、ザイオン！上城家に姿を現したザイオンは、お値段非情な見積もりで高性能歯車を作るようエポックに詰め寄る。脅迫に怯えるエポックを守るため、家庭教師のユウディアスがザイオンにデュエルを挑む！

遊歩たち特別チームは“人間をカード化するシステム”の解明を進めていた。チームメンバーのディノワは、フェイザーがイセキの秘密を隠していると疑いトレモロを問い詰める。兄を疑われたトレモロは逆にズウィージョウを疑い、ディノワにデュエルを仕掛ける！

デュエル家庭教師としてエポックにデッキ構築を教え、特訓で秘策を授るユウディアス。あとは実践あるのみ！ギャラクシーカップに参戦すべくエポックの対戦相手を探していると、ラッシュ・ブーターの光が遊飛を指し示す。エポックはじめてのラッシュデュエル！

ギャラクシーカップ中の六葉町に謎の仮面デュエリスト現る！スタディ総帥と名乗るそのデュエリストは、弱そうな相手を狙いポイントを荒稼ぎしているという。悪行を重ねるスタディ総帥の前に一人の男が立ち塞がる。その男の名は、“蒼月(そうげつ)マグト”！

地球人宇宙人入り乱れたラッシュデュエル大会、ギャラクシーカップがついに開幕！上城ギヤカンパニー当主、エポックこと上城慧方子(かみじょうえほこ)のデュエル家庭教師となったユウディアスは、エポックに生のデュエルを感じさせようと、遊歩に勝負を挑む！

地球宛の宇宙荷物を配達していたシューバッハは宛先が分からずに困っていた。そんなシューバッハを見かねて手伝いを買って出るユウディアス。伝票に記された“上城ギヤカンパニー”になんとかたどり着いた二人だったが、そこで異様な装いの住民に遭遇する…。

ついに露となるフェイザーの秘密。宇宙人から弟を護ると誓った優しき兄は、その身に悲しい運命を宿していた。強大なフェイザーの力に圧倒されてもユウディアスの覚悟は揺るがない。本当に大切な物、仲間を信じる強い心がユウディアスをさらなる高みへと導く！

カード化した遊飛たちを盾に取られ、フェイザーから“オペレーションＭＩＫ”に協力するよう迫られるユウディアス。選択に苦しむユウディアスだったが、カードから元に戻る方法があると知り、フェイザーとのデュエルに全ての仲間の命運を懸けようと決意する！

不思議空間から弾き出された遊飛、遊歩、アイツ。たどり着いた先はどこか六葉町を思わせる近未来都市。こんどはどうやらアイツが暮らしていた世界に来てしまったらしい。ラッシュデュエルを生み出した理由を語っていたアイツは、道すがらある人物に巡り合う。