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遊我のゆずれないものと遊飛の背負うもの、二人の強い気持ちが月面上でぶつかり合う！白熱するデュエルの裏では、遊我の思惑を超えて『ベルギャー人復活作戦』が進行し続けていた。デュエル制御システムから閃光が放たられるとき、禁断のカードが発動される！

クァイドゥールの残したロボ型記録装置には、“ベルギャー人復活カード”の情報が秘められていた。そのカードを完成させ、『ベルギャー人復活作戦』を実行しようとするアサカたちだったが、何者からかの妨害を受けてしまう。立ちはだかる者、その正体とは…。

本日宇宙人中学校は臨時休校。思いがけないお休みを使いみんなで遠足に出かけるユウディアスたち。思い出の場所を巡るうちにタウン誌で見つけた“超穴場テーマパーク”へとたどり着くが、ユウディアスはそこで目にした無気力なデュエルショーが我慢できず…。

悲劇の訪れを前に、ズウィージョウは抑えきれない衝動と喜びを感じていた。この不可解な感情の正体を知ったとき、彼はユウディアスとのデュエルを望んだ。誰もこのラッシュデュエルを止められない。ズウィージョウ・ズィル・ベルギャー、最後の闘いが始まる。

イセキから発見されたロボ型記録装置の解析中に乱入してきたミューダとディノワ。ベルギャー人の運命を受け入れた様子の二人は、ロボを奪い、遊飛と遊歩にタッグデュエルを仕掛ける！死力を尽くすミューダとディノワだったが、消滅の時が二人に迫っていた…。

遊我が現れるという自販機コーナーで待ち伏せをするユウナ。しかし、姿を現した遊我はマナブが仕掛けた捕獲装置に捕まってしまう。遊我に会いたい一心でユウナはマナブにデュエルを挑む。「アタクシが勝ったら、遊我に会わせなさい！」ユウナ対マナブ、再び！

８８８万人の同胞たちは、自分たちが消滅の危機に瀕していることをユウディアスに悟られないようにしてほしいと田崎に頼む。田崎は同胞たちの願いを聞き入れアサカに協力を仰ぐが取り付く島もなく断られてしまう。諦めきれない田崎はアサカにデュエルを挑む！

ベルギャー人の危機に対して自分がやるべき事を探そうとＵＴＳを訪れたロヴィアン。ＵＴＳ社員に混じり片づけをしていると、自身に宇宙ポエムを教えてくれた“プリンセス吟遊詩人”のギターを発見する。驚くロヴィアン。そして、そのギターの持ち主は何と…。

歯車を吐き出したザイオンは家具を創り出す能力を失っていた。イセキ修理のためにその能力を復活させたい遊飛たちは、再び歯車を飲むことを拒否するザイオンにデュエルを仕掛ける。ザイオンが対戦相手として指名したのは、長年従属させられてきたザ☆ルーグ！

ベルギャー人を救うには遊我の知識が必要だと考え、マニャのコネを使い遊我を捜すことになった遊歩たち。映画の撮影でスタジオを訪れた遊歩たちは“スタァになるまでお別れだ”と勝手に姿を消したボチと出くわす。マニャ対ボチ、お仕置きデュエル、スタート！