どうやら、クァイドゥールにはユウディアスをカードにできない特別な理由があるようだ。クァイドゥール時空の真実を理解できぬようユウディアスの意識に掛けられた強固なロックを外すため、“ユウディアスわからせ作戦”が発動される！どうするユウディアス。

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アンジュ、リーム、カレン、なぜか“フェイザー”ガールズと名乗りフェイザーに付き従うトレモロの秘書３人。クァイドゥール時空ではずっとこんな様子らしい…。秘書たちを奪われ、フェイザーにデュエルを挑むトレモロ。ＭＩＫ総帥の座を狙う炬燵の乱、勃発！

目覚めるとそこは見知らぬ教室だった。集められていたのは遊飛たちクァイドゥール時空の存在を理解できた３９人。そして、教室の外にはユウディアスとクァイドゥール、二人の姿が…。３９人の解放をかけて、ユウディアスとクァイドゥールのデュエルが始まる！

「ナイッシュ～～」突如、言葉を発するバスケットゴール！その正体は、みつ子の友人の３メートル星人、バスケゴール子姉さんこと籠たま子(かごたまこ)だった！様子の変なゴール子とみつ子を目覚めさせるため、遊歩とエポックが２ｏｎ２デュエルに挑戦する！

“怪しい家”を発見したユウディアスたちは、そこで赤ちゃんをあやすユウナに遭遇する。ユウナの妄想に巻き込まれ、可愛らしい姿になってしまったユウディアスたち…。妄想から抜け出そうと、遊飛はユウナにデュエルを仕掛ける。「ラッチュデュエル、バブ！」

“あたいディノワ！町一番のパン屋さん「ボイルド・ベーグル・レクイエム」の看板娘、なんだかんね！”ズウィージョウたちもまたクァイドゥール時空に捕らわれていた。次第に暴走の度合いを深めていくディノワをズウィージョウがラッシュデュエルで迎え撃つ！

ムツバタワーで様子が変なアサカと合羽井を見つけた遊飛たちは、二人を説得しようとするも逆に捕まり手荒な“おもてなし”を受けてしまう。話を聞いてもらうため、アサカにデュエルを仕掛けるユウディアスだったが、アサカたちにも何やら思惑があるようで…。

“高級宇宙家具店セツリ！達成、全宇宙８８８億店！”ついに夢を叶えたザイオン。しかし、全ては仮想空間、クァイドゥール時空での出来事だった。真実を伝えるためにセツリを訪れた遊飛は、聞く耳を持たないザイオンを目覚めさせようとデュエルで勝負を挑む！

少しずつ、何かがおかしい。六葉町を覆う“クァイドゥール時空”の中では、自らの変化に気づかない限り、本当の姿には戻れないらしい…。異変を察知して皆に事情を伝える遊飛たちだったが、異変を認めないマナブに対して遊歩がデュエルで説得を試みることに！

昼下がり、のんびりと公園を散歩するユウディアスたち。突然現れてメェ～グちゃんを返せと騒ぐチュパ太郎、フュージョンに喜ぶダマムー。ギャラクシーカップが終わり、六葉町は日常を取り戻していた。しかし、遊飛は一人、得も言われぬ違和感を感じていた…。

ギャラクシーカップ最後の闘い！遊飛とのデュエルに臨むユウディアスだったが、クァイドゥールと衝突し、その精神世界へと閉じ込められてしまう。クァイドゥールの心の奥底に封印されていた記憶とは…。哀しきベルギャー創造の物語に王道遊飛が終止符を打つ！