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ムツバタワーで様子が変なアサカと合羽井を見つけた遊飛たちは、二人を説得しようとするも逆に捕まり手荒な“おもてなし”を受けてしまう。話を聞いてもらうため、アサカにデュエルを仕掛けるユウディアスだったが、アサカたちにも何やら思惑があるようで…。

“高級宇宙家具店セツリ！達成、全宇宙８８８億店！”ついに夢を叶えたザイオン。しかし、全ては仮想空間、クァイドゥール時空での出来事だった。真実を伝えるためにセツリを訪れた遊飛は、聞く耳を持たないザイオンを目覚めさせようとデュエルで勝負を挑む！

少しずつ、何かがおかしい。六葉町を覆う“クァイドゥール時空”の中では、自らの変化に気づかない限り、本当の姿には戻れないらしい…。異変を察知して皆に事情を伝える遊飛たちだったが、異変を認めないマナブに対して遊歩がデュエルで説得を試みることに！

昼下がり、のんびりと公園を散歩するユウディアスたち。突然現れてメェ～グちゃんを返せと騒ぐチュパ太郎、フュージョンに喜ぶダマムー。ギャラクシーカップが終わり、六葉町は日常を取り戻していた。しかし、遊飛は一人、得も言われぬ違和感を感じていた…。

ギャラクシーカップ最後の闘い！遊飛とのデュエルに臨むユウディアスだったが、クァイドゥールと衝突し、その精神世界へと閉じ込められてしまう。クァイドゥールの心の奥底に封印されていた記憶とは…。哀しきベルギャー創造の物語に王道遊飛が終止符を打つ！

彼は、宇宙の果ての惑星に作り出され、その手で次々と同胞を増やし、巨大星団文明を誕生させた。やがて彼は、ラッシュデュエルに惹かれ、すべての物語を紡ぎ始めた。驚愕の事実が明らかとなる。第一号のカルトゥマータ、“クァイドゥール・ベルギャー”登場。

決勝ステージの対戦カードが決まる迷路で、次に巡り会ったのはユウディアスとフェイザー！ユウディアスの前に立ちはだかるフェイザーだったが、その心にはある思惑を秘めていた。一方、イセキの元へ向かった遊飛たちは恐るべき計画の存在を目の当たりにする。

決勝ステージ、ロヴィアンに挑んでいくユウナ。幼い頃からロヴィアンを慕ってきたユウナだったが、“アイツ”の存在が大きくなるにつれ、自分の気持ちに戸惑いを感じるようになっていた。ロヴィアンに全力でぶつかることで見出した“アタクシ”のロードとは。

熱いデュエルが続く決勝ステージ！アサカvs合羽井、ロヴィアンvsユウナ、遊歩vsニャンデスター、それぞれの想い、それぞれの誇りを懸けて三組が激突する中、不可思議な現象が発生する。存在しないはずのカードが、デュエリストたちの運命を狂わせていく。

ギャラクシーカップ決勝ステージ注目の初戦はみつ子vsズウィージョウ！ズウィージョウに冷たくされ怒りに燃えるみつ子だったがズウィージョウの猛攻の前に苦戦を強いられてしまう。反撃に転じようとしたみつ子は見知らぬ妖しいカードをドローしてしまい…。