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クァイドゥールが告げたベルギャー人の過酷な運命。悲劇的な未来を変えるため遊飛たちは奔走する。シャポー星人の秘密の集会があることを知った遊飛は、予言能力を持つカモスにユウディアスたちの未来を尋ねようと、シャポー星人に扮して集会に潜入するが…。

衝突する運命にあるふたつの銀河、天の川銀河とアンドロメダ銀河。壮絶な闘いを繰り広げる二人の戦士は、その胸にそれぞれの銀河を宿していた。デュエルの果てにふたつの銀河の融合を図るクァイドゥール！そして、決着の訪れとともに衝撃の真実が明かされる！

クァイドゥール時空からの解放を懸けてぶつかり合うユウディアスとクァイドゥール！白熱するデュエルの最中、鮮やかな銀河の姿が二人の脳裏をよぎる。突如、異常をきたすクァイドゥールの身体！壮大な夢の行く先に待ち受ける、プロトベルギャーの運命とは…。

クァイドゥールの手駒として再び“時空教室”に集められた遊飛たちだったが、クァイドゥール時空の真実を理解したユウディアスの力で、クァイドゥールの支配から脱出することに成功する。ユウディアスたち４０人が心を一つにしてクァイドゥールに立ち向かう！

どうやら、クァイドゥールにはユウディアスをカードにできない特別な理由があるようだ。クァイドゥール時空の真実を理解できぬようユウディアスの意識に掛けられた強固なロックを外すため、“ユウディアスわからせ作戦”が発動される！どうするユウディアス。

アンジュ、リーム、カレン、なぜか“フェイザー”ガールズと名乗りフェイザーに付き従うトレモロの秘書３人。クァイドゥール時空ではずっとこんな様子らしい…。秘書たちを奪われ、フェイザーにデュエルを挑むトレモロ。ＭＩＫ総帥の座を狙う炬燵の乱、勃発！

目覚めるとそこは見知らぬ教室だった。集められていたのは遊飛たちクァイドゥール時空の存在を理解できた３９人。そして、教室の外にはユウディアスとクァイドゥール、二人の姿が…。３９人の解放をかけて、ユウディアスとクァイドゥールのデュエルが始まる！

「ナイッシュ～～」突如、言葉を発するバスケットゴール！その正体は、みつ子の友人の３メートル星人、バスケゴール子姉さんこと籠たま子(かごたまこ)だった！様子の変なゴール子とみつ子を目覚めさせるため、遊歩とエポックが２ｏｎ２デュエルに挑戦する！

“怪しい家”を発見したユウディアスたちは、そこで赤ちゃんをあやすユウナに遭遇する。ユウナの妄想に巻き込まれ、可愛らしい姿になってしまったユウディアスたち…。妄想から抜け出そうと、遊飛はユウナにデュエルを仕掛ける。「ラッチュデュエル、バブ！」

“あたいディノワ！町一番のパン屋さん「ボイルド・ベーグル・レクイエム」の看板娘、なんだかんね！”ズウィージョウたちもまたクァイドゥール時空に捕らわれていた。次第に暴走の度合いを深めていくディノワをズウィージョウがラッシュデュエルで迎え撃つ！